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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3s6j | ||||||
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タイトル | The crystal structure of a hydrolase from Pseudomonas syringae | ||||||
要素 | Hydrolase, haloacid dehalogenase-like family | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.198 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, Z. / Syed Ibrahim, B. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: The crystal structure of a hydrolase from Pseudomonas syringae 著者: Zhang, Z. / Syed Ibrahim, B. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3s6j.cif.gz | 255.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3s6j.ent.gz | 215.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3s6j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3s6j_validation.pdf.gz | 486.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3s6j_full_validation.pdf.gz | 517.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3s6j_validation.xml.gz | 50 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3s6j_validation.cif.gz | 68.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s6/3s6j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s6/3s6j | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26072.820 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 105-326 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア) 遺伝子: PSPTO0276, PSPTO_0276 / プラスミド: BC-pSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-coden+RIL(p)-Stratagene / 参照: UniProt: Q88AV7 #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.12 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M Calcium chloride, 0.1 M HEPES, 28% PEG400, 0.1 M EDTA, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月4日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.19→50 Å / Num. obs: 59117 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 13.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.19→2.27 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 93.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.198→49.89 Å / SU ML: 0.31 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 0.13 / 位相誤差: 26.65 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.354 Å2 / ksol: 0.386 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.198→49.89 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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