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- PDB-3s6j: The crystal structure of a hydrolase from Pseudomonas syringae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s6j
タイトルThe crystal structure of a hydrolase from Pseudomonas syringae
要素Hydrolase, haloacid dehalogenase-like family
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


sugar-phosphatase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / Putative phosphatase; domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 ...: / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / Putative phosphatase; domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hydrolase, haloacid dehalogenase-like family
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.198 Å
データ登録者Zhang, Z. / Syed Ibrahim, B. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of a hydrolase from Pseudomonas syringae
著者: Zhang, Z. / Syed Ibrahim, B. / Burley, S.K. / Swaminathan, S.
履歴
登録2011年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月20日Group: Structure summary
改定 1.22020年1月29日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details ..._pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydrolase, haloacid dehalogenase-like family
B: Hydrolase, haloacid dehalogenase-like family
C: Hydrolase, haloacid dehalogenase-like family
D: Hydrolase, haloacid dehalogenase-like family
E: Hydrolase, haloacid dehalogenase-like family
F: Hydrolase, haloacid dehalogenase-like family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,79815
ポリマ－156,4376
非ポリマー3619
水4,648258
1
A: Hydrolase, haloacid dehalogenase-like family
E: Hydrolase, haloacid dehalogenase-like family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2665
ポリマ－52,1462
非ポリマー1203
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2120 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area18610 Å2
手法PISA
2
B: Hydrolase, haloacid dehalogenase-like family
F: Hydrolase, haloacid dehalogenase-like family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2665
ポリマ－52,1462
非ポリマー1203
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2080 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area18340 Å2
手法PISA
3
C: Hydrolase, haloacid dehalogenase-like family
D: Hydrolase, haloacid dehalogenase-like family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2665
ポリマ－52,1462
非ポリマー1203
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2120 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area18490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.535, 74.887, 75.113
Angle α, β, γ (deg.)59.77, 67.49, 88.00
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Hydrolase, haloacid dehalogenase-like family


分子量: 26072.820 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 105-326 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア)
遺伝子: PSPTO0276, PSPTO_0276 / プラスミド: BC-pSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-coden+RIL(p)-Stratagene / 参照: UniProt: Q88AV7
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.12 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M Calcium chloride, 0.1 M HEPES, 28% PEG400, 0.1 M EDTA, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月4日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→50 Å / Num. obs: 59117 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2.19→2.27 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 93.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.198→49.89 Å / SU ML: 0.31 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 0.13 / 位相誤差: 26.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2427 2816 5.05 %
Rwork0.1952 --
obs0.1977 55731 92.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.354 Å2 / ksol: 0.386 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.6844 Å26.1935 Å2-9.4962 Å2
2---7.388 Å21.3708 Å2
3---4.7036 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.198→49.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9944 0 9 258 10211
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00910092
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.21213660
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.4253706
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081590
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051752
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1975-2.23540.30731080.22382162X-RAY DIFFRACTION75
2.2354-2.27610.31461160.20832309X-RAY DIFFRACTION81
2.2761-2.31980.24331350.1942408X-RAY DIFFRACTION84
2.3198-2.36720.27381260.19812507X-RAY DIFFRACTION88
2.3672-2.41870.2591560.20612629X-RAY DIFFRACTION91
2.4187-2.47490.27991540.20552629X-RAY DIFFRACTION93
2.4749-2.53680.31191160.21032629X-RAY DIFFRACTION93
2.5368-2.60540.27181490.19132720X-RAY DIFFRACTION94
2.6054-2.68210.23641460.1852707X-RAY DIFFRACTION94
2.6821-2.76860.26111410.18472751X-RAY DIFFRACTION95
2.7686-2.86760.27081330.19592713X-RAY DIFFRACTION95
2.8676-2.98240.24211500.20432688X-RAY DIFFRACTION95
2.9824-3.11810.27571500.19132756X-RAY DIFFRACTION96
3.1181-3.28240.22871630.18842734X-RAY DIFFRACTION96
3.2824-3.4880.25051570.18822751X-RAY DIFFRACTION96
3.488-3.75730.22061390.18152761X-RAY DIFFRACTION96
3.7573-4.13520.211550.1662733X-RAY DIFFRACTION96
4.1352-4.73320.20371480.17352752X-RAY DIFFRACTION96
4.7332-5.96180.25461350.21252781X-RAY DIFFRACTION97
5.9618-49.90280.22761390.21922795X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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