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- PDB-3s4u: Crystal structure of open, unliganded E. coli PhnD H157A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s4u
タイトルCrystal structure of open, unliganded E. coli PhnD H157A
要素PhnD, subunit of alkylphosphonate ABC transporter
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Phosphonate binding / Globular protein
機能・相同性
機能・相同性情報


organic phosphonate transport / cell envelope / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport
類似検索 - 分子機能
Phosphonate ABC transporter, substrate-binding protein / Phosphate/phosphite/phosphonate ABC transporter, periplasmic binding protein / ABC transporter, phosphonate, periplasmic substrate-binding protein / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #90 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PhnD, subunit of alkylphosphonate ABC transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Alicea, I. / Schreiter, E.R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structure of the Escherichia coli Phosphonate Binding Protein PhnD and Rationally Optimized Phosphonate Biosensors.
著者: Alicea, I. / Marvin, J.S. / Miklos, A.E. / Ellington, A.D. / Looger, L.L. / Schreiter, E.R.
履歴
登録2011年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月21日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PhnD, subunit of alkylphosphonate ABC transporter


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7411
ポリマ－35,7411
非ポリマー00
水00
1
A: PhnD, subunit of alkylphosphonate ABC transporter

A: PhnD, subunit of alkylphosphonate ABC transporter


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,4832
ポリマ－71,4832
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
crystal symmetry operation7_565y,x+1,-z1
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.735, 103.735, 58.422
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質 PhnD, subunit of alkylphosphonate ABC transporter


分子量: 35741.379 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 27-338 / 変異: H157A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: UTI89 / UPEC / 遺伝子: phnD, UTI89_C4699 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: Q1R3F7

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.06 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris, pH 8.5, 25% w/v PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月20日
放射モノクロメーター: Diamond 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→20 Å / Num. all: 5149 / Num. obs: 5123 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SPECデータ収集
PHASERfor MR位相決定
REFMAC5.6.0111精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.824 / SU B: 70.628 / SU ML: 0.532 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.676 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28867 237 4.6 %RANDOM
Rwork0.19376 ---
all0.19833 5149 --
obs0.19833 4867 99.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.61 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.61 Å20 Å2
3----3.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2360 0 0 0 2360
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0222406
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021631
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8191.9583259
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.00934008
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.5775301
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg44.23825.909110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg24.16715426
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.052159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2363
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212676
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02457
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.383 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 17 -
Rwork0.201 290 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -5.836 Å / Origin y: -27.162 Å / Origin z: -5.571 Å
111213212223313233
T0.0193 Å20.0178 Å20.0034 Å2-0.0423 Å20.0126 Å2--0.0879 Å2
L1.9669 °20.113 °2-0.7312 °2-1.2098 °2-0.5079 °2--2.37 °2
S0.0764 Å °-0.1064 Å °-0.0947 Å °-0.1012 Å °-0.0889 Å °-0.0279 Å °0.1236 Å °0.31 Å °0.0124 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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