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- PDB-3s40: The crystal structure of a diacylglycerol kinases from Bacillus a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s40
タイトルThe crystal structure of a diacylglycerol kinases from Bacillus anthracis str. Sterne
要素diacylglycerol kinase
キーワードTRANSFERASE / diacylglycerol kinases / structural genomics / The Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipid biosynthetic process / kinase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Diacylglycerol/lipid kinase / YegS/DAGK, C-terminal domain / YegS C-terminal NAD kinase beta sandwich-like domain / Tumour Suppressor Smad4 - #40 / : / Diacylglycerol kinase, catalytic domain / Diacylglycerol kinase catalytic domain / DAG-kinase catalytic (DAGKc) domain profile. / Diacylglycerol kinase catalytic domain (presumed) / Probable inorganic polyphosphate/atp-NAD kinase; domain 1 ...Diacylglycerol/lipid kinase / YegS/DAGK, C-terminal domain / YegS C-terminal NAD kinase beta sandwich-like domain / Tumour Suppressor Smad4 - #40 / : / Diacylglycerol kinase, catalytic domain / Diacylglycerol kinase catalytic domain / DAG-kinase catalytic (DAGKc) domain profile. / Diacylglycerol kinase catalytic domain (presumed) / Probable inorganic polyphosphate/atp-NAD kinase; domain 1 / NAD kinase/diacylglycerol kinase-like domain superfamily / Inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase, N-terminal / Tumour Suppressor Smad4 / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BmrU protein / BmrU protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Tan, K. / Zhang, R. / Xu, X. / Cui, H. / Peterson, S. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of a diacylglycerol kinases from Bacillus anthracis str. Sterne
著者: Tan, K. / Zhang, R. / Xu, X. / Cui, H. / Peterson, S. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.
履歴
登録2011年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: diacylglycerol kinase
B: diacylglycerol kinase
C: diacylglycerol kinase
D: diacylglycerol kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,4784
ポリマ－133,4784
非ポリマー00
水5,927329
1
A: diacylglycerol kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3691
ポリマ－33,3691
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: diacylglycerol kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3691
ポリマ－33,3691
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: diacylglycerol kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3691
ポリマ－33,3691
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: diacylglycerol kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3691
ポリマ－33,3691
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6380 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area44260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.608, 130.758, 72.794
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.04, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Experimentally unknown. It is predicted that the molecule is monomeric.

-
要素

#1: タンパク質
diacylglycerol kinase


分子量: 33369.434 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Sterne / 遺伝子: BAS4713, BA_5075, GBAA_5075 / プラスミド: p15Tv Lic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q81KC6, UniProt: A0A6L8P1L2*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 329 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.14 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 0.1M Bis-Tris, 0.4M NH4Cl, 16% PEG 3350, 4% Jeffamine M-600, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97924 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月13日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→44 Å / Num. all: 62575 / Num. obs: 62575 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.656 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2QVL

2qvl


解像度: 2.1→43.231 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2378 2979 5.07 %
Rwork0.1746 --
obs0.1778 58777 93.6 %
all-58777 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.943 Å2 / ksol: 0.341 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.1946 Å2-0 Å20.4934 Å2
2--0.2684 Å2-0 Å2
3---3.9262 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→43.231 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8600 0 0 329 8929
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0078776
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.07711902
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3333171
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0751382
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051528
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0997-2.13420.35271300.26042181X-RAY DIFFRACTION77
2.1342-2.1710.29711340.2382378X-RAY DIFFRACTION84
2.171-2.21040.31391220.20942432X-RAY DIFFRACTION86
2.2104-2.2530.30541340.19742453X-RAY DIFFRACTION87
2.253-2.29890.22221430.19312491X-RAY DIFFRACTION89
2.2989-2.34890.24481270.18542581X-RAY DIFFRACTION90
2.3489-2.40360.28951490.19522523X-RAY DIFFRACTION90
2.4036-2.46370.26051380.19052624X-RAY DIFFRACTION92
2.4637-2.53030.28351390.192617X-RAY DIFFRACTION93
2.5303-2.60470.25131560.19332667X-RAY DIFFRACTION95
2.6047-2.68880.32471280.19622717X-RAY DIFFRACTION95
2.6888-2.78490.24541560.19782704X-RAY DIFFRACTION96
2.7849-2.89630.29011530.19552764X-RAY DIFFRACTION97
2.8963-3.02810.30721430.21612793X-RAY DIFFRACTION98
3.0281-3.18770.28231320.18852818X-RAY DIFFRACTION98
3.1877-3.38740.22181670.18262769X-RAY DIFFRACTION99
3.3874-3.64880.21921560.16432847X-RAY DIFFRACTION100
3.6488-4.01580.20781440.14732820X-RAY DIFFRACTION100
4.0158-4.59630.17781580.14192848X-RAY DIFFRACTION100
4.5963-5.78860.19491400.14352880X-RAY DIFFRACTION100
5.7886-43.24060.21791300.16382891X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 25.7048 Å / Origin y: 33.0817 Å / Origin z: 37.1669 Å
111213212223313233
T0.1217 Å2-0.0028 Å2-0.0224 Å2-0.0942 Å20.0153 Å2--0.0958 Å2
L0.5572 °20.0478 °2-0.1427 °2-0.1781 °2-0.0095 °2--0.3274 °2
S0.0603 Å °-0.016 Å °-0.0759 Å °0.0355 Å °-0.0313 Å °-0.0081 Å °-0.0823 Å °0.0137 Å °-0.0009 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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