PDB-3s3w: Structure of chicken acid-sensing ion channel 1 at 2.6 a resoluti...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3s3w

タイトル

Structure of chicken acid-sensing ion channel 1 at 2.6 a resolution and ph 7.5

要素

Amiloride-sensitive cation channel 2, neuronal

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / ACID-SENSING / ION CHANNEL / CELL MEMBRANE / GLYCOPROTEIN / ION TRANSPORT / MEMBRANE / SODIUM TRANSPORT / TRANSMEMBRANE / TRANSPORT / TRANSPORT PROTEIN / MEMBRANE GLYCOPROTEIN / SODIUM CHANNEL

機能・相同性

機能・相同性情報

pH-gated monoatomic ion channel activity / Stimuli-sensing channels / ligand-gated sodium channel activity / cellular response to pH / protein homotrimerization / sodium ion transmembrane transport / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Dawson, R.J.P. / Benz, J. / Stohler, P. / Tetaz, T. / Joseph, C. / Huber, S. / Schmid, G. / Huegin, D. / Pflimlin, P. / Trube, G. ...

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2012
タイトル: Structure of the Acid-sensing ion channel 1 in complex with the gating modifier Psalmotoxin 1.
著者: Dawson, R.J. / Benz, J. / Stohler, P. / Tetaz, T. / Joseph, C. / Huber, S. / Schmid, G. / Hugin, D. / Pflimlin, P. / Trube, G. / Rudolph, M.G. / Hennig, M. / Ruf, A.

履歴

登録	2011年5月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年5月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年6月6日	Group: Structure summary
改定 1.2	2012年7月18日	Group: Database references
改定 1.3	2015年5月27日	Group: Refinement description
改定 1.4	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	3s3w_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/3s3w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/3s3w	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3s3xC 3ij4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6l6n-d 6x9h-d 4nyk-1 3ij4-1 5j9u-1 6erf-3 4fz1-1 6cmc-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Amiloride-sensitive cation channel 2, neuronal

B: Amiloride-sensitive cation channel 2, neuronal

C: Amiloride-sensitive cation channel 2, neuronal

ヘテロ分子

160 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.469, 142.689, 159.736
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain A and (resseq 71:140 or resseq 142:153 or resseq...
2	1	1	chain B and (resseq 71:140 or resseq 142:153 or resseq...
3	1	1	chain C and (resseq 71:140 or resseq 142:153 or resseq...

#1: タンパク質

Amiloride-sensitive cation channel 2, neuronal / Acid-sensing ion channel 1

分子量: 52622.848 Da / 分子数: 3 / 断片: sequence database residues 26-463 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: ACCN2, ASIC1 / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q1XA76

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 化合物

ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド

分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.15 %
結晶化	温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M Tris-HCL pH7.5, 0.1M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 286K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年8月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	1	1

反射

解像度: 2.6→49 Å / Num. obs: 78139 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.72 % / B_iso Wilson estimate: 68 Å² / R_merge(I) obs: 0.1566 / R_sym value: 0.1566 / Net I/σ(I): 8.59

反射シェル

解像度: 2.6→2.7 Å / 冗長度: 6.61 % / R_merge(I) obs: 0.8247 / Mean I/σ(I) obs: 1.18 / R_sym value: 0.8247 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
XDS	(VERSION May 10	データ削減
SADABS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ij4

3ij4

解像度: 2.6→47.937 Å / SU ML: 0.94 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.63 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2364	3920	5.03 %	random
R_work	0.2121	-	-	-
obs	0.2132	77969	99.67 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 44.991 Å² / k_sol: 0.292 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.8926 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-3.0711 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.8215 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→47.937 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9548	0	129	248	9925

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	9953
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.789	13442
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.059	3721
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	1473
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	1737

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	2782	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	2782	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.042
1	3	C	2782	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.034

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.6317	0.4405	140	0.412	2647	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6317-2.665	0.4696	129	0.409	2566	X-RAY DIFFRACTION	99
2.665-2.7001	0.436	126	0.3983	2611	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7001-2.7371	0.4892	145	0.375	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7371-2.7762	0.3575	134	0.353	2599	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7762-2.8176	0.378	127	0.3271	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8176-2.8616	0.4046	137	0.3184	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8616-2.9085	0.3559	149	0.3071	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9085-2.9587	0.3306	146	0.2781	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9587-3.0125	0.3019	157	0.2741	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0125-3.0704	0.2843	160	0.2418	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0704-3.1331	0.2912	145	0.2466	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1331-3.2012	0.2617	131	0.2342	2583	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2012-3.2756	0.2588	160	0.2241	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2756-3.3575	0.2338	121	0.2124	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3575-3.4483	0.2172	134	0.2085	2631	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4483-3.5497	0.2416	153	0.212	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5497-3.6642	0.2109	156	0.2032	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6642-3.7952	0.215	145	0.1955	2622	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7952-3.947	0.2035	129	0.1836	2666	X-RAY DIFFRACTION	99
3.947-4.1266	0.1823	114	0.1719	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1266-4.344	0.1669	135	0.1532	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
4.344-4.616	0.1496	133	0.1355	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
4.616-4.972	0.1307	142	0.1324	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
4.972-5.4718	0.1803	152	0.1509	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4718-6.262	0.256	138	0.1917	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
6.262-7.8838	0.2477	137	0.2028	2737	X-RAY DIFFRACTION	100
7.8838-47.9449	0.2311	145	0.2426	2847	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7885	-0.122	-1.8501	3.3147	-0.3828	1.9923	0.6565	-0.4603	-1.1163	0.3772	0.2065	-0.1402	0.3471	0.9641	-1.5214	0.665	0.0574	-0.34	1.7125	-0.0726	0.8312	55.8127	42.4386	55.7324
2	1.7766	0.3583	0.5825	2.1559	1.5615	3.6142	0.0755	0.1673	-0.0298	-0.1285	-0.075	-0.1735	-0.0546	0.1651	-0.029	0.086	0.0127	0.0468	0.1884	-0.0195	0.1528	16.9229	31.754	11.4501
3	2.0402	-0.9773	-0.7907	4.7699	2.1605	3.0209	-0.0712	0.6401	-0.5167	-0.6869	-0.2086	0.3749	0.2401	-0.37	0.1781	0.3882	-0.1063	-0.0087	0.4374	-0.0764	0.2452	8.8151	24.8936	-3.9568
4	3.0587	-3.3504	-1.7934	6.2847	4.8474	4.2276	0.2106	0.4658	0.3583	-0.6229	0.1215	-0.6092	-0.6962	0.4135	-0.2181	0.3158	-0.0638	0.0988	0.3504	0.0645	0.2951	16.9718	44.7963	9.3702
5	2.1237	0.3869	0.567	2.413	1.1936	2.68	-0.0101	0.1751	-0.0826	-0.1692	0.0741	-0.2611	-0.1046	0.2692	-0.073	0.2054	-0.0003	0.0277	0.2166	0.0081	0.1457	11.3076	36.1184	16.4523
6	1.4095	3.1985	2.3761	7.3783	5.5783	4.2613	-0.4247	0.246	-0.0239	-0.0428	1.0697	-0.8368	0.0266	1.8312	-0.7333	0.2898	-0.0101	-0.0145	0.6802	-0.0934	0.4565	34.6558	31.1798	20.2633
7	2.3169	-0.3206	0.0941	4.4885	-0.9754	7.4136	-0.265	0.0905	-0.3885	-0.4889	0.1757	-0.4058	0.3403	0.8941	0.0412	0.1666	0.0604	0.0139	0.4698	-0.1145	0.3818	26.4207	21.0039	6.2179
8	1.7788	-0.6449	0.4914	2.3665	0.0159	1.2557	0.071	0.2179	-0.0898	-0.0218	-0.0979	-0.1013	-0.0774	0.3609	-0.1414	0.2444	-0.0168	0.0333	0.3224	0.0232	0.1553	10.8457	37.3797	18.0396
9	2.5765	-1.063	0.6207	2.6551	-0.3125	2.6977	-0.1769	-0.2456	0.3405	0.2945	-0.0215	-0.1967	-0.3648	0.2913	0.0552	0.1564	-0.0582	0.0477	0.1641	0.0288	0.0517	14.4323	42.8775	25.6438
10	1.4478	-0.0757	0.8067	1.3784	-0.2292	0.4745	0.045	-1.4916	-0.3293	0.4951	0.2792	-0.7588	-0.8275	2.6414	-0.4407	0.9867	-0.3408	-0.277	2.3828	-0.3606	1.2574	58.2641	52.1887	54.9268
11	1.6921	-0.6855	-0.2314	1.3654	-0.5652	1.3601	0.0363	-0.5175	0.6281	0.608	-0.1509	-0.8656	-0.4087	0.8829	0.0164	0.4792	-0.1258	-0.301	0.4422	-0.1434	0.5961	27.0301	52.2815	47.9745
12	3.974	-1.073	0.9136	3.6158	-0.8954	3.6492	-0.2172	0.2917	0.3798	-0.4991	-0.0072	0.5446	-0.7362	-0.3552	0.1415	0.335	0.1946	-0.3061	0.1341	-0.0333	0.4051	-22.1902	57.3718	14.8756
13	1.2962	-1.3862	1.4359	5.3211	-3.3952	4.2656	-0.4216	-0.315	0.0821	0.7671	0.2247	0.256	-0.5706	-0.4253	0.1826	0.3671	0.0811	0.0882	0.3147	-0.0969	0.3317	-12.5237	48.3335	39.0285
14	1.8844	-0.5558	1.6578	2.4753	-0.4266	2.6802	-0.1484	-0.0482	0.1072	0.0973	-0.0075	0.1042	-0.2032	-0.0615	0.2046	0.1576	0.0265	0.0433	0.1918	-0.0378	0.191	-3.7966	43.626	32.3959
15	5.1376	-3.559	4.8657	2.4807	-3.5597	6.5129	-0.592	-0.9296	0.7686	0.2731	0.1815	-0.423	-0.6821	-0.5862	0.421	0.4856	-0.0702	-0.114	0.3357	-0.1719	0.315	8.4415	63.7981	37.5105
16	0.9856	0.0356	0.2055	1.3975	-0.5652	1.3142	-0.1315	-0.06	0.1317	-0.0424	0.0718	0.0315	-0.1746	-0.0271	0.0841	0.2296	0.0279	-0.0031	0.2324	-0.0728	0.1974	-5.4011	48.5612	29.9098
17	0.9271	-0.1257	-0.4728	2.1777	0.1349	1.5916	0.4094	-0.8634	0.1885	1.0797	0.0758	-1.2049	-0.5711	1.1997	-0.0018	0.6734	-0.2584	-0.3705	1.0052	-0.2495	0.5223	37.4276	56.9497	55.9054
18	2.142	1.302	0.6809	2.2474	1.2432	2.0572	0.1752	-0.4295	-0.1315	0.8616	0.118	-0.7598	0.0017	0.6543	-0.2394	0.6133	-0.0039	-0.2947	0.6345	-0.0462	0.5123	32.8122	41.6118	55.3423
19	5.9889	2.0412	-1.9707	2.3939	-1.2073	2.5572	0.0355	-0.1177	-0.3226	-0.0438	0.0478	0.2785	0.3735	-0.281	-0.0505	0.3288	-0.0268	-0.0658	0.1543	0.0298	0.2829	-8.0436	9.2056	36.3944
20	3.06	1.0359	0.2403	1.4798	-0.1171	1.8116	0.0267	-0.1925	-0.1631	0.1543	-0.0363	-0.0765	0.1543	0.0384	-0.0157	0.277	0.0203	-0.0198	0.1405	0.0041	0.2358	4.0474	21.8299	33.2618
21	8.6468	4.8089	0.0634	3.4919	-0.4419	0.3324	0.6564	-1.3599	-0.7585	0.6716	-0.5914	-0.5191	0.1096	0.469	-0.101	0.5725	0.0181	-0.093	0.5701	0.0755	0.3175	9.8891	22.9833	56.6218
22	1.1648	-0.0661	-0.1184	1.0633	-0.5157	1.5093	0.0026	-0.3777	-0.1436	0.5129	-0.0639	-0.2898	0.0112	0.252	-0.067	-0.1802	-0.0348	-0.3587	-0.2877	-0.0547	-0.4886	11.213	25.7682	42.3644

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 48:71)	A	48 - 71
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 72:122)	A	72 - 122
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 123:175)	A	123 - 175
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 176:208)	A	176 - 208
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 209:282)	A	209 - 282
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 283:322)	A	283 - 322
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 323:354)	A	323 - 354
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 355:396 or resseq 600:601 or resseq 700:701)	A	355 - 396
9	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 355:396 or resseq 600:601 or resseq 700:701)	A	600 - 601
10	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 355:396 or resseq 600:601 or resseq 700:701)	A	700 - 701
11	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resseq 397:426)	A	397 - 426
12	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resseq 427:449)	A	427 - 449
13	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 51:95)	B	51 - 95
14	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 96:154)	B	96 - 154
15	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 155:208)	B	155 - 208
16	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resseq 209:282)	B	209 - 282
17	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resseq 283:322)	B	283 - 322
18	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resseq 323:411 or resseq 600:601 or resseq 700:701)	B	323 - 411
19	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resseq 323:411 or resseq 600:601 or resseq 700:701)	B	600 - 601
20	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resseq 323:411 or resseq 600:601 or resseq 700:701)	B	700 - 701
21	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resseq 412:452)	B	412 - 452
22	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resseq 45:95)	C	45 - 95
23	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resseq 96:208)	C	96 - 208
24	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resseq 209:282)	C	209 - 282
25	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resseq 283:322)	C	283 - 322
26	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resseq 323:452 or resseq 600:601 or resseq 700:701)	C	323 - 452
27	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resseq 323:452 or resseq 600:601 or resseq 700:701)	C	600 - 601
28	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resseq 323:452 or resseq 600:601 or resseq 700:701)	C	700 - 701

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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