PDB-3s2m: Crystal structure of dipeptidase from Streptomyces coelicolor com...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3s2m

タイトル

Crystal structure of dipeptidase from Streptomyces coelicolor complexed with phosphinate pseudodipeptide L-Phe-D-Asp

要素

dipeptidase

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / (beta-alpha)8 barrel / dipeptidase / phosphinate pseudodipeptide L-Phe-D-Asp / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

metallodipeptidase activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces coelicolor (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.399 Å

データ登録者

Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Cummings, J. / Raushel, F.M. / Almo, S.C.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of dipeptidase from Streptomyces coelicolor complexed with phosphinate pseudodipeptide L-Phe-D-Asp
著者: Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Cummings, J. / Raushel, F.M. / Almo, S.C.

履歴

登録	2011年5月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年6月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3s2m.cif.gz	172.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3s2m.ent.gz	134.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3s2m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3s2m_validation.pdf.gz	808.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3s2m_full_validation.pdf.gz	807.9 KB	表示
XML形式データ	3s2m_validation.xml.gz	21.4 KB	表示
CIF形式データ	3s2m_validation.cif.gz	34 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s2/3s2m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s2/3s2m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3k5xS 3s2j 3s2l 3s2n S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3k5x-d 3isi-d 3s2j-d 3itc-d 3id7-d 3s2l-d 6rcw-1 1boa-d 3ly2-8 5bz2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (1)

登録構造単位

A: dipeptidase

ヘテロ分子

44.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.815, 96.815, 104.482
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-420- HOH
2	1	A-474- HOH

#1: タンパク質	dipeptidase 分子量: 43306.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア) 遺伝子: SCO3058, SCBAC19G2.13c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q93J45
#2: 化合物	ChemComp-P5D / (2R)-2-{[(S)-[(1R)-1-amino-2-phenylethyl](hydroxy)phosphoryl]methyl}butanedioic acid / L-PHE-D-ASP PHOSPHINATE PSEUDODIPEPTIDE タイプ: peptide-like / 分子量: 315.259 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₈NO₆P
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 565 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.32 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 22% Polyacrylic acid, 0.1M hepes, 0.02M magnesium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月21日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.399→32.163 Å / Num. all: 106285 / Num. obs: 106285 / % possible obs: 95.25 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
BALBES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.4_486)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3K5X

3k5x

解像度: 1.399→32.163 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.31 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1889	5305	4.99 %
R_work	0.171	-	-
all	0.1719	-	-
obs	0.1719	106285	95.25 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.04 Å / VDWプローブ半径: 0.4 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 67.951 Å² / k_sol: 0.425 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.0123 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-2.0123 Å²	-0 Å²
3-	-	-	4.0246 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.399→32.163 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2990	0	47	565	3602

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3149
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.053	4279
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.18	1161
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	474
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	575

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3992-1.4151	0.4555	97	0.4831	1968	X-RAY DIFFRACTION	57
1.4151-1.4317	0.4771	134	0.4556	2369	X-RAY DIFFRACTION	67
1.4317-1.4492	0.3983	144	0.4346	2672	X-RAY DIFFRACTION	76
1.4492-1.4675	0.3803	162	0.3868	2942	X-RAY DIFFRACTION	84
1.4675-1.4868	0.3348	177	0.3428	3118	X-RAY DIFFRACTION	90
1.4868-1.5072	0.3575	175	0.3079	3216	X-RAY DIFFRACTION	93
1.5072-1.5287	0.3085	178	0.286	3355	X-RAY DIFFRACTION	96
1.5287-1.5515	0.2872	153	0.251	3451	X-RAY DIFFRACTION	97
1.5515-1.5758	0.2639	175	0.2282	3446	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5758-1.6016	0.2101	183	0.2044	3487	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6016-1.6292	0.1964	188	0.1874	3465	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6292-1.6588	0.2126	181	0.1797	3521	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6588-1.6908	0.1896	190	0.1722	3496	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6908-1.7253	0.1854	173	0.1535	3536	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7253-1.7628	0.1841	161	0.1529	3571	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7628-1.8038	0.1893	186	0.1502	3502	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8038-1.8489	0.19	194	0.1468	3505	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8489-1.8989	0.1568	184	0.1464	3559	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8989-1.9547	0.1883	184	0.1474	3485	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9547-2.0178	0.1794	193	0.1604	3537	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0178-2.0899	0.1796	210	0.157	3476	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0899-2.1736	0.1908	186	0.1544	3530	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1736-2.2725	0.1784	175	0.1504	3570	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2725-2.3923	0.1638	182	0.1428	3543	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3923-2.5421	0.1432	195	0.1486	3565	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5421-2.7383	0.1718	178	0.1522	3552	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7383-3.0136	0.1845	201	0.1581	3558	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0136-3.4493	0.1723	187	0.1585	3589	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4493-4.344	0.163	192	0.145	3633	X-RAY DIFFRACTION	100
4.344-32.1715	0.1727	187	0.1766	3763	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -24.9911 Å / Origin y: 22.1223 Å / Origin z: -15.8558 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1165 Å²	0.003 Å²	0.0099 Å²	-	0.1132 Å²	0.0001 Å²	-	-	0.1212 Å²
L	0.0911 °²	-0.0151 °²	-0.0593 °²	-	0.2181 °²	0.0269 °²	-	-	0.2559 °²
S	0.0122 Å °	-0.0041 Å °	0.02 Å °	0.0248 Å °	-0.0052 Å °	-0.0021 Å °	-0.0132 Å °	-0.0129 Å °	-0 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: chain A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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