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- PDB-3s29: The crystal structure of sucrose synthase-1 from Arabidopsis thal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s29
タイトルThe crystal structure of sucrose synthase-1 from Arabidopsis thaliana and its functional implications.
要素Sucrose synthase 1
キーワードTRANSFERASE / Glycosyltransferase / Sucrose metabolism / sugar acceptor complex / Rossmann Fold / GT-B fold / UDP / Fructose / cytosol
機能・相同性
機能・相同性情報


sucrose synthase / response to flooding / sucrose synthase activity / response to mannitol / response to sorbitol / sucrose metabolic process / response to sucrose / response to water deprivation / plasmodesma / response to osmotic stress ...sucrose synthase / response to flooding / sucrose synthase activity / response to mannitol / response to sorbitol / sucrose metabolic process / response to sucrose / response to water deprivation / plasmodesma / response to osmotic stress / response to glucose / response to cold / cellular response to hypoxia / response to hypoxia / cytosol
類似検索 - 分子機能
Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1230 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #330 / Sucrose synthase, plant/cyanobacteria / Sucrose synthase / Sucrose synthase first GT-B domain / Glycosyl transferase, family 1 / Glycosyl transferases group 1 / Glycogen Phosphorylase B; / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) ...Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1230 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #330 / Sucrose synthase, plant/cyanobacteria / Sucrose synthase / Sucrose synthase first GT-B domain / Glycosyl transferase, family 1 / Glycosyl transferases group 1 / Glycogen Phosphorylase B; / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Roll / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-fructofuranose / : / MALONIC ACID / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Sucrose synthase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Zheng, Y.I. / Garavito, R.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: The Structure of Sucrose Synthase-1 from Arabidopsis thaliana and Its Functional Implications.
著者: Zheng, Y. / Anderson, S. / Zhang, Y. / Garavito, R.M.
履歴
登録2011年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年9月14日Group: Other
改定 1.22011年10月26日Group: Database references
改定 1.32015年4月29日Group: Non-polymer description
改定 1.42018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.52020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.62023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sucrose synthase 1
B: Sucrose synthase 1
C: Sucrose synthase 1
D: Sucrose synthase 1
E: Sucrose synthase 1
F: Sucrose synthase 1
G: Sucrose synthase 1
H: Sucrose synthase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)762,54774
ポリマ－753,4298
非ポリマー9,11866
水8,989499
1
A: Sucrose synthase 1
B: Sucrose synthase 1
C: Sucrose synthase 1
D: Sucrose synthase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)381,16936
ポリマ－376,7144
非ポリマー4,45532
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18550 Å2
ΔGint-263 kcal/mol
Surface area115870 Å2
手法PISA
2
E: Sucrose synthase 1
F: Sucrose synthase 1
G: Sucrose synthase 1
H: Sucrose synthase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)381,37838
ポリマ－376,7144
非ポリマー4,66334
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19090 Å2
ΔGint-273 kcal/mol
Surface area115220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)277.160, 261.500, 161.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.27, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 16分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Sucrose synthase 1 / Sucrose-UDP glucosyltransferase 1


分子量: 94178.617 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
株: col / 遺伝子: At5g20830, SUS1, T1M15.230 / プラスミド: pET17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rossetta(DE3) / 参照: UniProt: P49040, sucrose synthase
#3: 糖
ChemComp-FRU / beta-D-fructofuranose / beta-D-fructose / D-fructose / fructose / β-D-フルクトフラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DFrufbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-fructofuranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-FrufIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FruSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 557分子

#2: 化合物
ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#4: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4
#6: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 499 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 1.85-1.90 M AMMONIUM SULFATE, 80-100 MM SODIUM CITRATE pH 5.8, 0.15 M SODIUM POTASSIUM TARTRATE, 20 mM FRUCTOSE, 5 mM URIDINE DIPHOSPHATE, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月7日
放射モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→49.596 Å / Num. all: 249743 / Num. obs: 249743 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 2.6 % / Rsym value: 0.135 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.85-32.60.6811.194390364680.68199.5
3-3.192.60.4391.789113344940.43999.6
3.19-3.412.60.2862.583599324340.28699.5
3.41-3.682.60.177477499301680.17799.5
3.68-4.032.60.125.971257278250.1299.6
4.03-4.512.60.0848.664433251550.08499.7
4.51-5.22.60.06710.757017221950.06799.5
5.2-6.372.60.06810.748441187640.06899.6
6.37-9.012.60.04414.937158144460.04498.9
9.01-49.5962.50.02521.81916577940.02597.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
PHENIX1.7_650精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
XDSデータ削減
PHENIX1.7_650位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3S27

3s27


解像度: 2.85→24.964 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8443 / SU ML: 0.38 / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2337 11886 4.77 %
Rwork0.1846 --
obs0.1869 249276 99.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 26.056 Å2 / ksol: 0.322 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 148.86 Å2 / Biso mean: 46.1547 Å2 / Biso min: 15.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.032 Å20 Å23.3724 Å2
2--5.0575 Å20 Å2
3----3.0255 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→24.964 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数50443 0 538 499 51480
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01152156
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.07970715
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.087734
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0059041
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.73219389
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.85-2.88230.35483940.303279148308791499
2.8823-2.91620.3523970.3004788182787881100
2.9162-2.95170.30833910.272678668257786699
2.9517-2.9890.32784000.277279408340794099
2.989-3.02820.33533950.2741791983147919100
3.0282-3.06970.30493980.257794283407942100
3.0697-3.11340.31343980.2533791683147916100
3.1134-3.15980.32243940.24278808274788099
3.1598-3.20910.3153950.2393788082757880100
3.2091-3.26160.28393980.2248793683347936100
3.2616-3.31770.28573920.227785082427850100
3.3177-3.37790.25733990.211379578356795799
3.3779-3.44270.25653940.197179128306791299
3.4427-3.51280.24523960.187979328328793299
3.5128-3.5890.23273960.1831790483007904100
3.589-3.67220.24923980.188479168314791699
3.6722-3.76370.22413970.1731792983267929100
3.7637-3.86510.21063970.1598790282997902100
3.8651-3.97840.21173970.159795083477950100
3.9784-4.10630.20273970.1512790883057908100
4.1063-4.25240.19813950.1452794683417946100
4.2524-4.42170.18583970.1386793783347937100
4.4217-4.62180.16643970.130779478344794799
4.6218-4.86380.2043950.143279168311791699
4.8638-5.1660.19613990.150479048303790499
5.166-5.56080.22583990.1733796983687969100
5.5608-6.11290.23853970.178879318328793199
6.1129-6.98050.20993980.171679578355795799
6.9805-8.73170.18143950.150579188313791898
8.7317-24.9650.183910.166577318122773196

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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