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- PDB-3s1j: Crystal structure of acetate-bound hell's gate globin I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s1j
タイトルCrystal structure of acetate-bound hell's gate globin I
要素Hemoglobin-like flavoprotein
キーワードOXYGEN TRANSPORT / OXYGEN STORAGE / GLOBIN / HEME / ACETATE-BOUND / AUTOXIDATION
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to nitrosative stress / nitric oxide dioxygenase NAD(P)H activity / nitric oxide catabolic process / FAD binding / oxygen carrier activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemoglobin-like flavoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Methylacidiphilum infernorum (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Teh, A.H. / Saito, J.A. / Baharuddin, A. / Tuckerman, J.R. / Newhouse, J.S. / Kanbe, M. / Newhouse, E.I. / Rahim, R.A. / Favier, F. / Didierjean, C. ...Teh, A.H. / Saito, J.A. / Baharuddin, A. / Tuckerman, J.R. / Newhouse, J.S. / Kanbe, M. / Newhouse, E.I. / Rahim, R.A. / Favier, F. / Didierjean, C. / Sousa, E.H.S. / Stott, M.B. / Dunfield, P.F. / Gonzalez, G. / Gilles-Gonzalez, M.A. / Najimudin, N. / Alam, M.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2011
タイトル: Hell's Gate globin I: an acid and thermostable bacterial hemoglobin resembling mammalian neuroglobin
著者: Teh, A.H. / Saito, J.A. / Baharuddin, A. / Tuckerman, J.R. / Newhouse, J.S. / Kanbe, M. / Newhouse, E.I. / Rahim, R.A. / Favier, F. / Didierjean, C. / Sousa, E.H.S. / Stott, M.B. / Dunfield, ...著者: Teh, A.H. / Saito, J.A. / Baharuddin, A. / Tuckerman, J.R. / Newhouse, J.S. / Kanbe, M. / Newhouse, E.I. / Rahim, R.A. / Favier, F. / Didierjean, C. / Sousa, E.H.S. / Stott, M.B. / Dunfield, P.F. / Gonzalez, G. / Gilles-Gonzalez, M.A. / Najimudin, N. / Alam, M.
履歴
登録2011年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月13日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin-like flavoprotein
B: Hemoglobin-like flavoprotein
C: Hemoglobin-like flavoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,09412
ポリマ－47,7793
非ポリマー2,3159
水4,648258
1
A: Hemoglobin-like flavoprotein
B: Hemoglobin-like flavoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3968
ポリマ－31,8522
非ポリマー1,5436
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4780 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area13210 Å2
手法PISA
2
C: Hemoglobin-like flavoprotein
ヘテロ分子

C: Hemoglobin-like flavoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3968
ポリマ－31,8522
非ポリマー1,5436
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area4850 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area12900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.034, 126.225, 148.395
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-236-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Hemoglobin-like flavoprotein / HELL'S GATE GLOBIN I


分子量: 15926.248 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylacidiphilum infernorum (バクテリア)
株: V4 / 遺伝子: hmp, Minf_1095 / プラスミド: PET-3A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA 2(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: B3DUZ7
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.16 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 2.0M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M SODIUM ACETATE, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年10月16日
放射モノクロメーター: VARIMAX HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→38.93 Å / Num. obs: 59437 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 2.93 % / Biso Wilson estimate: 32.95 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 2.01 % / Rmerge(I) obs: 0.263 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 88.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHENIX1.7.1_743精密化
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→38.48 Å / SU ML: 0.58 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2361 1961 3.3 %
Rwork0.2092 --
obs0.2101 59417 97.15 %
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.064 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 32.6131 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.9703 Å2-0 Å20 Å2
2---1.7226 Å20 Å2
3---3.693 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→38.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3132 0 156 258 3546
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083436
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9894699
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6221286
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068495
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004591
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.8450.40431230.39633646X-RAY DIFFRACTION87
1.845-1.89490.35921420.35013844X-RAY DIFFRACTION93
1.8949-1.95070.30051440.30024184X-RAY DIFFRACTION100
1.9507-2.01360.25581400.26524155X-RAY DIFFRACTION100
2.0136-2.08560.28421360.23814176X-RAY DIFFRACTION100
2.0856-2.16910.23731490.21994195X-RAY DIFFRACTION100
2.1691-2.26780.23781410.21844222X-RAY DIFFRACTION100
2.2678-2.38730.24741440.2124166X-RAY DIFFRACTION100
2.3873-2.53690.2921420.22444183X-RAY DIFFRACTION99
2.5369-2.73270.24691460.21014193X-RAY DIFFRACTION99
2.7327-3.00760.21151480.21324199X-RAY DIFFRACTION99
3.0076-3.44260.22451450.20134144X-RAY DIFFRACTION98
3.4426-4.33630.20781310.17514039X-RAY DIFFRACTION94
4.3363-38.48890.21881300.1924110X-RAY DIFFRACTION92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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