[日本語] English
万見
- PDB-3s0m: A Structural Element that Modulates Proton-Coupled Electron Trans... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s0m
タイトルA Structural Element that Modulates Proton-Coupled Electron Transfer in Oxalate Decarboxylase
要素Oxalate decarboxylase oxdC
キーワードLYASE / bicupin
機能・相同性
機能・相同性情報


oxalate decarboxylase / oxalate decarboxylase activity / oxalate metabolic process / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bicupin, oxalate decarboxylase/oxidase / : / Cupin / Cupin 1 / Cupin / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBONATE ION / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Oxalate decarboxylase OxdC
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Saylor, B.T. / Reinhardt, L.A. / Lu, Z. / Shukla, M.S. / Cleland, W.W. / Allen, K.N. / Richards, N.G.J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: A structural element that facilitates proton-coupled electron transfer in oxalate decarboxylase.
著者: Saylor, B.T. / Reinhardt, L.A. / Lu, Z. / Shukla, M.S. / Nguyen, L. / Cleland, W.W. / Angerhofer, A. / Allen, K.N. / Richards, N.G.
履歴
登録2011年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.22024年2月28日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Oxalate decarboxylase oxdC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1308
ポリマ－42,6681
非ポリマー4627
水6,305350
1
A: Oxalate decarboxylase oxdC
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)258,78048
ポリマ－256,0066
非ポリマー2,77342
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_554y,x,-z-11
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-11
crystal symmetry operation6_554-x,-x+y,-z-11
Buried area50410 Å2
ΔGint-284 kcal/mol
Surface area71460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.761, 154.761, 121.499
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-630-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Oxalate decarboxylase oxdC


分子量: 42667.746 Da / 分子数: 1 / 変異: T165V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: subsp. subtilis str. 168 / 遺伝子: BSU33240, oxalate decarboxylase, oxdC, yvrK / プラスミド: PET15B-T165V / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: O34714, oxalate decarboxylase

-
非ポリマー , 5種, 357分子

#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-CO3 / CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン


分子量: 60.009 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO3
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 350 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.51 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10% w/v polyethylene glycol 6000, 2 M aq. NaCl , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: APEX II CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月25日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.31→23.61 Å / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.68 % / Rmerge(I) obs: 0.1861 / Rsym value: 0.2635 / Net I/σ(I): 5.43
反射 シェル解像度: 2.31→2.4 Å / 冗長度: 4.07 % / Rmerge(I) obs: 0.4735 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.4326 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOLREP位相決定
PHENIX1.7_650精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SAINTデータ削減
APEXデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.31→23.61 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.3 / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2549 3353 8.06 %
Rwork0.1856 --
obs0.1912 41624 87.53 %
all-47554 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 33.239 Å2 / ksol: 0.366 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.0557 Å20 Å20 Å2
2---8.0557 Å2-0 Å2
3---4.8283 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→23.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3013 0 25 350 3388
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073114
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0234218
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8021144
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072444
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003554
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3101-2.3430.29881150.27571339X-RAY DIFFRACTION74
2.343-2.3780.311340.25361471X-RAY DIFFRACTION82
2.378-2.41510.30671430.24071566X-RAY DIFFRACTION86
2.4151-2.45470.38551400.2331648X-RAY DIFFRACTION88
2.4547-2.49690.31631410.22911574X-RAY DIFFRACTION88
2.4969-2.54230.32071390.2381593X-RAY DIFFRACTION89
2.5423-2.59110.32381370.23461618X-RAY DIFFRACTION89
2.5911-2.6440.28961400.22311601X-RAY DIFFRACTION87
2.644-2.70140.33221380.22331571X-RAY DIFFRACTION86
2.7014-2.76410.27811360.22731542X-RAY DIFFRACTION85
2.7641-2.83310.27681220.21311510X-RAY DIFFRACTION83
2.8331-2.90960.29631340.22931548X-RAY DIFFRACTION84
2.9096-2.9950.28051310.2031494X-RAY DIFFRACTION83
2.995-3.09150.31771420.18641503X-RAY DIFFRACTION82
3.0915-3.20180.25411370.17141567X-RAY DIFFRACTION87
3.2018-3.32960.22061430.16751603X-RAY DIFFRACTION88
3.3296-3.48070.22261370.15981610X-RAY DIFFRACTION88
3.4807-3.66360.25781340.17211556X-RAY DIFFRACTION85
3.6636-3.89220.21941330.1661623X-RAY DIFFRACTION88
3.8922-4.19110.18021500.12191683X-RAY DIFFRACTION93
4.1911-4.61010.17531480.11991708X-RAY DIFFRACTION93
4.6101-5.27070.1481580.10131775X-RAY DIFFRACTION98
5.2707-6.61620.21551570.14361775X-RAY DIFFRACTION98
6.6162-23.61420.18761640.15111793X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.00040.00020.00040.0003-0.00010.00060.00050.0002-0.00380.0034-0.0031-0.00410.00190.004200.0144-0.00080.00230.0346-0.00870.0182-31.5312-24.9591-68.3621
20.00460.0020.00220.0125-0.00110.0172-0.0024-0.0042-0.00050.0048-0.0122-0.0019-0.00360.0031-0.0697-0.00050.0013-0.01170.0060.016-0.002-4.1528-25.0859-46.461
30.00160.0022-0.00260.0048-0.00460.0044-0.00430.0002-0.0002-0.0009-0.0001-0.0031-0.00450.0028-0.00470.01490.0071-0.00630.01140.00710.010917.4828-28.3122-45.0978
40.0029-0.00240.00290.0051-0.00370.0063-0.0006-0.00190.00130.00060.00060.0033-0.0026-0.0011-0.00450.0455-0.00110.00270.03030.02180.0234-3.7209-22.9156-27.0165
50.01040.0044-0.00430.0134-0.00670.01770.0055-0.00440.00250.00460.00330.0037-0.0048-0.00210.0350.00020.00880.01060.00310.0050.007-19.1291-15.7509-42.2427
600-0.00010.0005-0.00070.00070.00190.00340.00590.00120.00330.0033-0.0034-0.00770.00780.02520.00420.0210.02520.00940.028-36.7511-7.9984-35.6364
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 6:24)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 25:155)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 156:213)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 214:240)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 241:353)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 354:382)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る