PDB-3ry3: Putative solute-binding protein from Yersinia pestis.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ry3

タイトル

Putative solute-binding protein from Yersinia pestis.

要素

Putative solute-binding protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / structural genomics / IDP00509 / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / solute-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia pestis (ペスト菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.43 Å

データ登録者

Osipiuk, J. / Zhou, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Putative solute-binding protein from Yersinia pestis.
著者: Osipiuk, J. / Zhou, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2011年5月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年5月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2019年7月17日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.location / _software.name / _software.type / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2019年8月14日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.location / _software.name / _software.type

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ry3.cif.gz	385.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ry3.ent.gz	329.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ry3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ry3_validation.pdf.gz	445.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ry3_full_validation.pdf.gz	452.6 KB	表示
XML形式データ	3ry3_validation.xml.gz	36 KB	表示
CIF形式データ	3ry3_validation.cif.gz	51.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ry/3ry3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ry/3ry3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5on9-1 4oes-d 4i8c-1 4oet-1 4dcx-2 6r4q-1 4ofl-1 3mvw-1 5on9-2 4dcx-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP00509

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative solute-binding protein

B: Putative solute-binding protein

ヘテロ分子

117 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative solute-binding protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Putative solute-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	157.036, 171.322, 128.842
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Putative solute-binding protein / Putative substrate-binding periplasmic protein of ABC transporter 分子量: 58665.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 株: CO92 / 遺伝子: oppA4, y1231, YPO2660, YP_2461 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7CJS8, UniProt: A0A2U2H355*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.69 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.8 M sodium acetate trihydrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月12日

放射

モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.43→43.1 Å / Num. all: 64629 / Num. obs: 64629 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / B_iso Wilson estimate: 56.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.121 / Χ²: 2.122 / Net I/σ(I): 8.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.43-2.51	6.8	0.804	2.32	3185	1.197	99.9
2.51-2.56	7.1	0.794		3202	1.31	100
2.56-2.61	7.2	0.723		3181	1.253	100
2.61-2.66	7.3	0.628		3210	1.306	100
2.66-2.72	7.4	0.569		3207	1.327	100
2.72-2.78	7.4	0.466		3189	1.249	100
2.78-2.85	7.5	0.401		3191	1.362	100
2.85-2.93	7.5	0.328		3235	1.24	100
2.93-3.01	7.5	0.286		3210	1.221	100
3.01-3.11	7.5	0.241		3204	1.255	100
3.11-3.22	7.5	0.19		3199	1.3	100
3.22-3.35	7.5	0.148		3228	1.456	100
3.35-3.5	7.5	0.122		3230	1.584	100
3.5-3.69	7.4	0.096		3234	1.82	100
3.69-3.92	7.4	0.083		3232	2.133	100
3.92-4.22	7.4	0.079		3236	2.698	100
4.22-4.65	7.3	0.074		3266	3.327	100
4.65-5.32	7.1	0.081		3268	4.345	100
5.32-6.7	7	0.086		3293	4.756	100
6.7-50	6.9	0.065		3429	6.424	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
HKL-3000		位相決定
PHENIX		精密化

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.43→43.1 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 13.171 / SU ML: 0.134 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.186 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.208	3265	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1728	-	-	-
all	0.1745	64459	-	-
obs	0.1745	64459	97.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 94.34 Å² / B_iso mean: 43.9043 Å² / B_iso min: 13.73 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.33 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.43→43.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7617	0	8	200	7825

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_refined_d	0.02	0.022	7902
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_other_d	0.001	0.02	5232
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_refined_deg	1.634	1.942	10782
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_other_deg	0.93	3	12799
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_1_deg	6.208	5	993
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_2_deg	39.568	25.054	368
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_3_deg	17.145	15	1245
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_4_deg	21.944	15	31
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.095	0.2	1150
X-RAY DIFFRACTION	f_gen_planes_refined	0.008	0.021	8937
X-RAY DIFFRACTION	f_gen_planes_other	0.001	0.02	1546
X-RAY DIFFRACTION	f_mcbond_it	0.983	1.5	4901
X-RAY DIFFRACTION	f_mcbond_other	0.179	1.5	1992
X-RAY DIFFRACTION	f_mcangle_it	1.929	2	7866
X-RAY DIFFRACTION	f_scbond_it	2.925	3	3001
X-RAY DIFFRACTION	f_scangle_it	4.734	4.5	2908

LS精密化シェル

解像度: 2.43→2.489 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.291	173	-
R_work	0.266	3383	-
all	-	3556	-
obs	-	3556	73.99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9008	0.3614	0.3213	0.5536	0.0861	0.131	0.0041	0.0473	0.0924	-0.1183	-0.0287	-0.1061	0.0062	0.017	0.0246	0.0728	0.0034	0.0401	0.0421	0.0213	0.1174	28.2209	17.3465	20.4858
2	1.2881	0.7277	-0.2465	0.5356	-0.1585	0.0515	0.0265	0.0284	-0.155	-0.0608	-0.0478	-0.0298	-0.0013	0.0122	0.0214	0.1108	-0.0091	-0.0286	0.0821	-0.0115	0.1038	50.7397	65.8668	18.6176

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	30 - 521
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	526 - 628
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	30 - 521
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	701 - 702
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	526 - 622

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