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- PDB-3rva: Crystal structure of organophosphorus acid anhydrolase from Alter... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rva
タイトルCrystal structure of organophosphorus acid anhydrolase from Alteromonas macleodii
要素Organophosphorus acid anhydrolase
キーワードHYDROLASE / organophosphorus acid anhydrolase / pita-bread fold / binuclear metal center / bi-functional / prolidase / nerve agents / Xaa-Pro dipeptides
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoric triester hydrolase activity / Xaa-Pro dipeptidase / proline dipeptidase activity / metalloexopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Xaa-Pro dipeptidase / : / Xaa-Pro dipeptidase, N-terminal domain / Peptidase M24B, X-Pro dipeptidase/aminopeptidase P, conserved site / Aminopeptidase P and proline dipeptidase signature. / Creatine Amidinohydrolase; Chain A, domain 1 / Creatinase/prolidase N-terminal domain / Creatinase/Aminopeptidase P/Spt16, N-terminal / Creatine Amidinohydrolase / Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily ...Xaa-Pro dipeptidase / : / Xaa-Pro dipeptidase, N-terminal domain / Peptidase M24B, X-Pro dipeptidase/aminopeptidase P, conserved site / Aminopeptidase P and proline dipeptidase signature. / Creatine Amidinohydrolase; Chain A, domain 1 / Creatinase/prolidase N-terminal domain / Creatinase/Aminopeptidase P/Spt16, N-terminal / Creatine Amidinohydrolase / Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / NICKEL (II) ION / PHOSPHATE ION / Xaa-Pro dipeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Alteromonas macleodii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Stepankova, A. / Koval, T. / Ostergaard, L.H. / Duskova, J. / Skalova, T. / Hasek, J. / Dohnalek, J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013
タイトル: Organophosphorus acid anhydrolase from Alteromonas macleodii: structural study and functional relationship to prolidases.
著者: Stepankova, A. / Duskova, J. / Skalova, T. / Hasek, J. / Koval, T. / Ostergaard, L.H. / Dohnalek, J.
履歴
登録2011年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月10日Group: Database references
改定 1.22018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Organophosphorus acid anhydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7865
ポリマ－51,5231
非ポリマー2644
水8,359464
1
A: Organophosphorus acid anhydrolase
ヘテロ分子

A: Organophosphorus acid anhydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,57310
ポリマ－103,0462
非ポリマー5278
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area5450 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area36090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.770, 49.190, 97.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 125.03, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Organophosphorus acid anhydrolase


分子量: 51522.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: construct with C-terminal non-cleavable HIS tag
由来: (組換発現) Alteromonas macleodii (バクテリア)
プラスミド: pET-30(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: F8UVJ4*PLUS, EC: 3.1.8.2, Xaa-Pro dipeptidase
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 464 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.67 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 0.056 M Sodium phosphate monobasic monohydrate, 1.344 M Potassium phosphate dibasic, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月19日 / 詳細: 2 mirrors and a double-crystal monochromator
放射モノクロメーター: KMC-1, Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→40 Å / Num. all: 48066 / Num. obs: 48066 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3.7 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 20.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 16.65
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.698 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 2405 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0111精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3L24

3l24


解像度: 1.8→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / SU B: 1.788 / SU ML: 0.055 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: Rfree throughout / σ(F): 0
立体化学のターゲット値: CCP4 6.1.3 stereochemistry library
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN GENERATED AND USED ONLY IN REFINEMENT. STRUCTURE SOLUTION AND REFINEMENT WERE PERFORMED USING FREE R FOR CROSS-VALIDATION THROUGHOUT: FREE R = 0.185 (FREE R = 0.2610 FOR ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN GENERATED AND USED ONLY IN REFINEMENT. STRUCTURE SOLUTION AND REFINEMENT WERE PERFORMED USING FREE R FOR CROSS-VALIDATION THROUGHOUT: FREE R = 0.185 (FREE R = 0.2610 FOR THE HIGHEST RESOLUTION SHELL) FROM A RANDOM TEST SET COMPRISING 5% OF REFLECTIONS (47975 TOTAL). FINAL REFINEMENT WAS PERFORMED USING ALL REFLECTIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rwork0.1559 ---
all0.1563 47975 --
obs0.1563 47975 99.43 %-
Rfree-2371 -random
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.099 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.88 Å20 Å2-1.39 Å2
2--0.05 Å20 Å2
3----0.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3579 0 8 464 4051
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0223776
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022543
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3371.9455151
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8736204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.5045.043466
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.39724.279201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.06415627
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6821524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2558
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214249
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02778
LS精密化 シェル解像度: 1.802→1.849 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rwork0.24 3274 -
Rfree-159 -
obs-3274 95.34 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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