+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3rse | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structural and biochemical characterization of two binding sites for nucleation promoting factor WASp-VCA on Arp2/3 complex | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | STRUCTURAL PROTEIN / Heteroheptamer / Heptameric heterocomplex / F-actin branch initiation / actin / cytosol | ||||||
機能・相同性 | ![]() NOSTRIN mediated eNOS trafficking / Nephrin family interactions / DCC mediated attractive signaling / : / protein-containing complex localization => GO:0031503 / negative regulation of membrane tubulation / spindle localization / positive regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / EPHB-mediated forward signaling / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation ...NOSTRIN mediated eNOS trafficking / Nephrin family interactions / DCC mediated attractive signaling / : / protein-containing complex localization => GO:0031503 / negative regulation of membrane tubulation / spindle localization / positive regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / EPHB-mediated forward signaling / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Arp2/3 protein complex / negative regulation of lymphocyte migration / Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / actin cap / actin filament-based movement / regulation of actin filament polymerization / Clathrin-mediated endocytosis / dendritic spine morphogenesis / Neutrophil degranulation / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / cilium assembly / positive regulation of lamellipodium assembly / actin filament polymerization / cell projection / actin filament / response to bacterium / structural constituent of cytoskeleton / actin filament binding / regulation of protein localization / cell migration / lamellipodium / site of double-strand break / actin binding / cell cortex / neuron projection / cell division / synapse / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pollard, T.D. / Jurgenson, C.T. / Ti, S. / Nolen, B.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural and biochemical characterization of two binding sites for nucleation-promoting factor WASp-VCA on Arp2/3 complex. 著者: Ti, S.C. / Jurgenson, C.T. / Nolen, B.J. / Pollard, T.D. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 355.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 281.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2p9sS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
-Actin-related protein ... , 7種, 7分子 ABCDEFG
#1: タンパク質 | 分子量: 47428.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 44818.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 41030.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 34402.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#5: タンパク質 | 分子量: 20572.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#6: タンパク質 | 分子量: 19697.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#7: タンパク質 | 分子量: 16251.308 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 209分子 Z![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#8: タンパク質・ペプチド | 分子量: 462.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#9: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.51 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100 mM HEPES 7.5, 8% PEG 8000, 200 mM KCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.65→50 Å / Num. all: 87036 / Num. obs: 87036 / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 23.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.65→2.74 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.817 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique all: 8474 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 2P9S 解像度: 2.65→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.65→50 Å
| ||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.65→2.71 Å /
|