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万見
- PDB-3rrs: Crystal structure analysis of cellobiose phosphorylase from Cellu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rrs
タイトルCrystal structure analysis of cellobiose phosphorylase from Cellulomonas uda
要素Cellobiose phosphorylase
キーワードTRANSFERASE / GH94 / alpha barrel / cellobiose phosphorylase / disaccharide phosphorylase
機能・相同性
機能・相同性情報


cellobiose phosphorylase / cellobiose phosphorylase activity / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
mpn423 like domain / Glycoside hydrolase, family 65, N-terminal domain / Maltose phosphorylase, domain 3 / Maltose phosphorylase, domain 3 / Cellobiose phosphorylase, N-terminal / Putative carbohydrate binding domain / Putative carbohydrate binding domain / cAMP-dependent Protein Kinase, Chain A / : / Glycosyl hydrolase 94 ...mpn423 like domain / Glycoside hydrolase, family 65, N-terminal domain / Maltose phosphorylase, domain 3 / Maltose phosphorylase, domain 3 / Cellobiose phosphorylase, N-terminal / Putative carbohydrate binding domain / Putative carbohydrate binding domain / cAMP-dependent Protein Kinase, Chain A / : / Glycosyl hydrolase 94 / Glycosyltransferase family 36 / Glycosyl hydrolase 36, catalytic domain / Glycosyl hydrolase 36 superfamily, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 65, N-terminal domain superfamily / Glycosyltransferase - #10 / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Distorted Sandwich / Up-down Bundle / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Cellobiose phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Cellulomonas uda (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Van Hoorebeke, A. / Stout, J. / Soetaert, W. / Van Beeumen, J. / Desmet, T. / Savvides, S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Cellobiose phosphorylase: reconstructing the structural itinerary along the catalytic pathway
著者: Van Hoorebeke, A. / Stout, J. / Soetaert, W. / Van Beeumen, J. / Desmet, T. / Savvides, S.
履歴
登録2011年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellobiose phosphorylase
B: Cellobiose phosphorylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,0622
ポリマ－183,0622
非ポリマー00
水40,1012226
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6300 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area49500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.690, 103.800, 98.500
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.510, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Cellobiose phosphorylase


分子量: 91530.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cellulomonas uda (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7WTR6, cellobiose phosphorylase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.27 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 4M Na Formate, 20mM alpha-glucose-!-phosphate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.98345 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月15日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98345 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→19.751 Å / Num. all: 187812 / Num. obs: 181274 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 13.01 Å2
反射 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / % possible all: 95.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→19.751 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.14 / FOM work R set: 0.8722 / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 20.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2086 1812 1 %RANDOM
Rwork0.1853 ---
obs0.1855 181260 96.59 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.53 Å / VDWプローブ半径: 0.7 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 64.83 Å2 / ksol: 0.477 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 78.46 Å2 / Biso mean: 16.5992 Å2 / Biso min: 2.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.4803 Å20 Å2-0.7311 Å2
2---0.8735 Å2-0 Å2
3---4.3539 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.751 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12901 0 0 2226 15127
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01613549
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.51618550
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.091967
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082477
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6184886
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7-1.76070.32121770.254176871786496
1.7607-1.83120.26141800.2317177341791496
1.8312-1.91450.24361800.2121178561803696
1.9145-2.01530.23091810.1953179741815597
2.0153-2.14140.19591810.1823178821806396
2.1414-2.30650.22921810.1758179151809697
2.3065-2.53820.22091830.1753181261830998
2.5382-2.90450.18721840.1753181901837498
2.9045-3.65560.1921830.1672181541833797
3.6556-19.7510.17321820.1807179301811295

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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