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- PDB-3rqr: Crystal structure of the RYR domain of the rabbit ryanodine receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rqr
タイトルCrystal structure of the RYR domain of the rabbit ryanodine receptor
要素
  • (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)
  • Ryanodine receptor 1
キーワードMETAL TRANSPORT / RYANODINE RECEPTOR / RYR domain
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-gated ion channel activity / terminal cisterna / ryanodine receptor complex / ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / ossification involved in bone maturation / skin development / organelle membrane / cellular response to caffeine / outflow tract morphogenesis ...ATP-gated ion channel activity / terminal cisterna / ryanodine receptor complex / ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / ossification involved in bone maturation / skin development / organelle membrane / cellular response to caffeine / outflow tract morphogenesis / intracellularly gated calcium channel activity / toxic substance binding / smooth endoplasmic reticulum / voltage-gated calcium channel activity / skeletal muscle fiber development / striated muscle contraction / muscle contraction / release of sequestered calcium ion into cytosol / sarcoplasmic reticulum membrane / cellular response to calcium ion / sarcoplasmic reticulum / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / sarcolemma / Z disc / intracellular calcium ion homeostasis / disordered domain specific binding / protein homotetramerization / transmembrane transporter binding / calmodulin binding / calcium ion binding / ATP binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Globin-like - #160 / : / Ryanodine receptor junctional solenoid repeat / Ryanodine receptor, SPRY domain 2 / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor / Ryanodine receptor, SPRY domain 1 / Ryanodine receptor, SPRY domain 3 / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor Ryr ...Globin-like - #160 / : / Ryanodine receptor junctional solenoid repeat / Ryanodine receptor, SPRY domain 2 / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor / Ryanodine receptor, SPRY domain 1 / Ryanodine receptor, SPRY domain 3 / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor Ryr / RyR domain / RyR/IP3 receptor binding core, RIH domain superfamily / : / RyR/IP3R Homology associated domain / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / RyR and IP3R Homology associated / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / MIR motif / MIR domain / MIR domain profile. / Domain in ryanodine and inositol trisphosphate receptors and protein O-mannosyltransferases / Mir domain superfamily / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / SPRY domain / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / Globin-like / Ion transport domain / Ion transport protein / EF-hand domain pair / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Ryanodine receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Nair, U.B. / Li, W. / Dong, A. / Walker, J.R. / Gramolini, A. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Dhe-Paganon, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2012
タイトル: Structural determination of the phosphorylation domain of the ryanodine receptor.
著者: Sharma, P. / Ishiyama, N. / Nair, U. / Li, W. / Dong, A. / Miyake, T. / Wilson, A. / Ryan, T. / Maclennan, D.H. / Kislinger, T. / Ikura, M. / Dhe-Paganon, S. / Gramolini, A.O.
履歴
登録2011年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年9月5日Group: Database references
改定 1.32012年10月17日Group: Database references
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 999Author state that Chain U2047-U2050 is likely belong to chain A but due to the poor quality of the ...Author state that Chain U2047-U2050 is likely belong to chain A but due to the poor quality of the electron density, they can not assign the correct sequence to them. So they are modeled as UNK.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ryanodine receptor 1
U: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8382
ポリマ－26,8382
非ポリマー00
水2,126118
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area560 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area11520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.770, 68.770, 91.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Ryanodine receptor 1 / RYR-1 / RyR1 / Skeletal muscle calcium release channel / Skeletal muscle-type ryanodine receptor


分子量: 26479.762 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 2733-2940 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: RYR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P11716
#2: タンパク質・ペプチド (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)


分子量: 358.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.89 %
結晶化温度: 291 K / pH: 8.5
詳細: 1.2M Na Citrate, 100mM Tris pH8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長
回転陽極RIGAKU FR-E+ DW12.29
シンクロトロンAPS 19-ID21.00724
検出器
タイプID検出器日付詳細
RIGAKU RAXIS IV++1IMAGE PLATE2011年4月10日VARIMAX CR
ADSC QUANTUM 3152CCD2011年4月21日SI(111)
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1VARIMAX CRSADMx-ray1
2SI(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
12.291
21.007241
反射解像度: 2.16→50 Å / Num. obs: 12353 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.2 % / Biso Wilson estimate: 31.33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 19.7
反射 シェル解像度: 2.16→2.2 Å / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.846 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.846 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
SHELXS位相決定
SOLVE位相決定
RESOLVEモデル構築
BUSTER2.8.0精密化
Coot0.6モデル構築
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.16→42.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 917 7.94 %RANDOM
Rwork0.231 ---
obs0.238 11546 --
all-12353 --
原子変位パラメータBiso mean: 36.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4322 Å20 Å20 Å2
2---0.4322 Å20 Å2
3---0.8644 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.16→42.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1530 0 0 118 1648
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011587HARMONIC1.6
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.032156HARMONIC1.6
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d537SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes43HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes226HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1587HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.26
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.58
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion204SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1867SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.16→2.37 Å / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3018 179 7.29 %
Rwork0.2596 2278 -
all0.2626 2457 -
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 59.8992 Å / Origin y: 21.9141 Å / Origin z: 41.0532 Å
111213212223313233
T-0.0723 Å20.006 Å2-0.0143 Å2--0.0963 Å2-0.0181 Å2---0.0453 Å2
L1.0611 °20.3556 °20.2333 °2-1.8479 °20.0639 °2--0.6615 °2
S0.0812 Å °-0.0222 Å °0.0414 Å °0.1762 Å °-0.0341 Å °-0.1627 Å °0.0855 Å °-0.0451 Å °-0.0471 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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