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- PDB-3rpf: Protein-protein complex of subunit 1 and 2 of Molybdopterin-conve... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rpf
タイトルProtein-protein complex of subunit 1 and 2 of Molybdopterin-converting factor from Helicobacter pylori 26695
要素
  • Molybdopterin converting factor, subunit 1 (MoaD)
  • Molybdopterin synthase catalytic subunit
キーワードTRANSFERASE / MCSG / PSI-Biology / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


molybdopterin synthase activity / molybdopterin synthase / Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Molybdopterin biosynthesis MoaE subunit / Molybdopterin biosynthesis MoaE / Molybdopterin biosynthesis MoaE subunit superfamily / MoaE protein / Sulfur carrier ThiS/MoaD-like / ThiS family / Molybdopterin synthase/thiamin biosynthesis sulphur carrier, beta-grasp / Aldehyde Oxidoreductase; domain 3 / Beta-grasp domain / Beta-grasp domain superfamily ...Molybdopterin biosynthesis MoaE subunit / Molybdopterin biosynthesis MoaE / Molybdopterin biosynthesis MoaE subunit superfamily / MoaE protein / Sulfur carrier ThiS/MoaD-like / ThiS family / Molybdopterin synthase/thiamin biosynthesis sulphur carrier, beta-grasp / Aldehyde Oxidoreductase; domain 3 / Beta-grasp domain / Beta-grasp domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Molybdopterin converting factor, subunit 1 (MoaD) / Molybdopterin synthase catalytic subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Nocek, B. / Stein, A. / Marshall, N. / Jedrzejczak, R. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Protein-protein complex of subunit 1 and 2 of Molybdopterin-converting factor from Helicobacter pylori 26695
著者: Nocek, B. / Stein, A. / Marshall, N. / Jedrzejczak, R. / Babnigg, G. / Joachimiak, A.
履歴
登録2011年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年1月11日Group: Structure summary
改定 1.32024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Molybdopterin synthase catalytic subunit
B: Molybdopterin synthase catalytic subunit
C: Molybdopterin converting factor, subunit 1 (MoaD)
D: Molybdopterin converting factor, subunit 1 (MoaD)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,18410
ポリマ－50,7444
非ポリマー4406
水2,162120
1
A: Molybdopterin synthase catalytic subunit
D: Molybdopterin converting factor, subunit 1 (MoaD)
ヘテロ分子

A: Molybdopterin synthase catalytic subunit
D: Molybdopterin converting factor, subunit 1 (MoaD)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,18410
ポリマ－50,7444
非ポリマー4406
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area8420 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area18670 Å2
手法PISA
2
A: Molybdopterin synthase catalytic subunit
D: Molybdopterin converting factor, subunit 1 (MoaD)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5925
ポリマ－25,3722
非ポリマー2203
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3030 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area10520 Å2
手法PISA
3
B: Molybdopterin synthase catalytic subunit
C: Molybdopterin converting factor, subunit 1 (MoaD)
ヘテロ分子

B: Molybdopterin synthase catalytic subunit
C: Molybdopterin converting factor, subunit 1 (MoaD)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,18410
ポリマ－50,7444
非ポリマー4406
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+11
Buried area8990 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area19230 Å2
手法PISA
4
B: Molybdopterin synthase catalytic subunit
C: Molybdopterin converting factor, subunit 1 (MoaD)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5925
ポリマ－25,3722
非ポリマー2203
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3070 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area11040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.187, 127.582, 187.945
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number22
Space group name H-MF222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-101-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Molybdopterin synthase catalytic subunit / MPT synthase subunit 2 / Molybdenum cofactor biosynthesis protein E / Molybdopterin-converting ...MPT synthase subunit 2 / Molybdenum cofactor biosynthesis protein E / Molybdopterin-converting factor large subunit / Molybdopterin-converting factor subunit 2


分子量: 16988.396 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: 26695 / 遺伝子: moaE, HP_0800 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56422, 転移酵素
#2: タンパク質 Molybdopterin converting factor, subunit 1 (MoaD)


分子量: 8383.478 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: 26695 / 遺伝子: HP_0801 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O25482
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.77 %
結晶化温度: 277 K / pH: 8.5
詳細: 0.2 M Ammonium sulfate 25% Peg 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月20日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→28 Å / Num. obs: 41239 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 25
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
ARP/wARPモデル構築
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→28 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 2 / 位相誤差: 27.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 1910 5.04 %
Rwork0.202 --
obs0.204 37921 91.1 %
all-39831 -
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 58.27 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-18.0801 Å2-0 Å2-0 Å2
2---1.8688 Å20 Å2
3----16.2113 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3281 0 26 120 3427
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073404
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9854603
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1771200
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069518
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004581
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9023-1.94980.34641280.30992101X-RAY DIFFRACTION76
1.9498-2.00250.37871030.27922266X-RAY DIFFRACTION80
2.0025-2.06140.2831200.26222319X-RAY DIFFRACTION83
2.0614-2.1280.29451440.23442418X-RAY DIFFRACTION87
2.128-2.2040.28441220.20892544X-RAY DIFFRACTION90
2.204-2.29220.27391230.2092539X-RAY DIFFRACTION90
2.2922-2.39650.28961380.20792580X-RAY DIFFRACTION92
2.3965-2.52280.28461430.22162644X-RAY DIFFRACTION94
2.5228-2.68080.29361320.22052708X-RAY DIFFRACTION96
2.6808-2.88760.27161480.21262756X-RAY DIFFRACTION98
2.8876-3.1780.23331430.20362780X-RAY DIFFRACTION98
3.178-3.63730.2141470.19652803X-RAY DIFFRACTION99
3.6373-4.58030.20371660.16152821X-RAY DIFFRACTION99
4.5803-31.32840.20311530.18912732X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3534-0.42220.05210.8975-0.19830.9331-0.11390.00890.2507-0.0890.04590.2451-0.041-0.2426-0.14660.04070.1864-0.40010.1520.06820.189711.1731-4.056378.2405
20.5508-0.1619-0.34622.431-1.33973.693-0.06870.00390.0713-0.1610.17670.8998-0.0527-0.8795-0.14510.18090.0263-0.07260.47310.01680.60276.1646-2.408888.438
31.30611.5372-1.78322.4659-1.05444.11030.1790.10280.10740.02360.05090.42420.1448-0.51370.06210.1476-0.00710.01610.25860.02240.366812.7306-11.339495.4225
41.7819-0.2182-0.12.0693-0.90371.15330.0372-0.14510.2442-0.196-0.00780.1919-0.11650.0619-0.0640.15720.0173-0.02380.170.00020.276216.87228.710485.6623
50.9806-0.11860.28171.8788-0.55161.82480.03160.28320.0595-0.5972-0.18010.15970.17540.05960.060.38620.102-0.08670.2440.02110.2718.42011.89273.593
60.6614-0.86930.4153.5641-0.67324.22950.15950.1299-0.1868-0.5141-0.1209-0.05650.3548-0.2008-0.05490.35270.133-0.0620.2764-0.00880.353624.2383-13.224182.0791
70.13710.0160.1370.1886-0.41241.73390.10150.0843-0.1537-0.10470.00440.27870.35910.22810.0420.35440.23970.00460.35380.05490.258626.4307-16.123588.9709
80.2436-0.03680.29530.3008-0.47080.9082-0.0199-0.05140.0895-0.2442-0.17490.06870.1763-0.0104-0.16870.14650.0459-0.07860.207-0.0020.292914.8935-0.6483.1492
91.8243-0.10780.08761.4453-0.56031.47510.0721-0.079-0.12780.0516-0.0943-0.19690.25960.28040.09250.20420.0791-0.07120.25090.02420.343526.1211-9.578698.1946
101.62120.3310.68720.8595-0.34183.0578-0.29650.05480.195-0.3314-0.0577-0.1435-0.40820.19070.17870.2810.02-0.0140.2167-0.01630.239622.22054.331676.8406
115.1799-0.42043.30520.2479-1.18535.9955-0.0674-0.26560.5815-0.1141-0.1466-0.0255-0.7240.11720.12180.56170.0049-0.07220.2539-0.05790.337425.866611.319271.8465
123.327-1.6567-3.98632.34390.84426.4991-0.0303-0.34390.0265-0.2572-0.0064-0.5537-0.02010.26260.02160.45020.21370.08120.6015-0.01940.343835.3752-0.150966.1585
130.6371-1.0495-0.18742.10731.15423.50020.16090.1631-0.0547-0.2593-0.13420.024-0.4766-0.489-0.07120.32950.0743-0.01610.32850.08110.3157-3.894943.728978.3294
142.04680.027-1.01680.1893-0.29831.76740.1374-0.04470.62120.04460.07710.0518-0.4882-0.0337-0.13970.43840.10550.04680.2217-0.01120.3302-4.454647.055590.6176
150.9037-0.1638-0.95470.21170.05671.3616-0.0730.1358-0.17770-0.03010.0845-0.358-0.281-0.01090.13450.0615-0.00170.23030.01670.261-4.458339.078492.4962
162.7954-1.9003-1.50822.3017-0.55993.7335-0.0012-0.70880.17-0.03210.27710.43830.07460.3381-0.27710.3274-0.01110.08750.3624-0.01950.39519.933939.665677.5351
171.2504-0.62231.19391.0328-0.00692.51370.220.04180.1633-0.2042-0.01470.1458-0.0465-0.3347-0.0650.2897-0.0107-0.04930.32210.0120.2532-1.43936.214871.4968
181.12320.5764-0.26380.9482-0.28483.39290.04210.15880.18870.02460.19120.34910.0772-0.8020.10270.2461-0.1089-0.05310.4387-0.00530.3403-12.845929.829682.6567
190.706-0.02650.36210.96660.61451.2927-0.00970.00770.004-0.32080.00390.0522-0.259-0.1815-0.01270.20150.0106-0.02470.13690.00640.1923-0.617739.479282.9054
202.0544-1.61051.21751.80460.57335.18950.1005-0.1139-0.3377-0.1081-0.1566-0.0849-0.1377-0.21950.07140.165-0.0282-0.0510.21750.03110.2822-10.106130.681597.4163
210.52740.143-0.81610.6211-0.73031.6839-0.0117-0.0537-0.0397-0.1664-0.08160.06370.36050.0728-0.0970.26880.0195-0.03640.1999-0.0270.2799-1.382328.082282.6224
220.59560.9974-0.21071.85330.31632.00340.3329-0.0075-0.116-0.2986-0.0227-0.3388-0.02490.0748-0.12430.35140.0003-0.01110.2567-0.01430.296613.03437.34569.0115
232.92421.213-0.17711.4882-1.34082.3278-0.30270.03970.019-0.2457-0.21050.07950.42550.06690.11660.46340.1208-0.0780.29720.01220.28438.628725.83172.8794
246.55552.8462-4.1383.403-4.67276.4407-0.17010.2332-0.2288-0.3889-0.0133-0.0173-0.23810.06540.16260.8254-0.18620.07360.3619-0.10870.38510.161218.168563.4683
250.96130.4494-0.72382.0546-0.73520.6272-0.41071.0063-0.012-0.29210.35110.17220.3962-0.47440.04960.3864-0.09450.00390.5643-0.01420.243-4.611929.933456.2404
261.2295-0.5221-1.15731.8999-0.61841.8897-0.2540.47360.2189-0.2401-0.00130.0724-0.0626-0.36030.07270.43920.03810.00730.51310.07710.26911.2833.116253.5094
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291.0734-1.8757-2.14624.32324.7935.33140.06950.0980.09620.51420.3253-0.21460.2616-0.1329-0.14380.81070.0306-0.0510.6301-0.13020.37692.784721.494450.4948
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360.2815-0.3968-0.07621.59961.53861.9679-0.1049-0.00330.0248-0.55290.01980.0213-0.13150.03070.13391.3095-0.0130.02880.326-0.06920.390826.0839-5.431750.6067
370.0677-0.15710.12080.3539-0.27510.21590.08210.09960.1545-0.51910.0522-0.2186-0.19210.2742-0.03511.3028-0.00910.45110.86580.00840.278833.2121.411551.3605
380.5231-1.83660.69886.4983-2.29871.4068-0.3616-0.0305-0.1923-0.2079-0.3614-0.2050.97020.60310.58091.093-0.27460.16180.6510.0920.476630.76687.398158.5229
391.0332-0.00690.08541.13170.60022.95040.2754-0.0648-0.0595-0.00410.1078-0.05720.85920.53670.48750.91050.33410.23590.49640.04780.213330.18-5.710764.4577
402.18841.77752.08416.23810.96832.38790.0131-0.2332-0.1962-0.7728-0.45710.02020.2861-0.1630.17751.21750.36260.35590.7648-0.01410.55632.8751-13.046257.5523
410.582-0.09460.42381.7297-0.18871.66060.06530.0107-0.1866-0.21430.131-0.07820.80630.5971-0.00311.10360.14250.14460.5247-0.01180.139526.9204-8.154558.378
421.0013-0.68910.88092.55992.39495.1248-0.0649-0.05960.0639-0.3423-0.36810.3782-0.13870.29440.30860.5437-0.10120.08070.3253-0.01610.315225.83253.572571.4867
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 0:9)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 10:16)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 17:30)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 31:40)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 41:59)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 60:64)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN A AND RESID 65:70)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN A AND RESID 71:95)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN A AND RESID 96:103)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN A AND RESID 104:128)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN A AND RESID 129:136)
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN A AND RESID 137:144)
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN B AND RESID 0:9)
14X-RAY DIFFRACTION14(CHAIN B AND RESID 10:20)
15X-RAY DIFFRACTION15(CHAIN B AND RESID 21:38)
16X-RAY DIFFRACTION16(CHAIN B AND RESID 39:44)
17X-RAY DIFFRACTION17(CHAIN B AND RESID 45:57)
18X-RAY DIFFRACTION18(CHAIN B AND RESID 58:68)
19X-RAY DIFFRACTION19(CHAIN B AND RESID 69:93)
20X-RAY DIFFRACTION20(CHAIN B AND RESID 94:102)
21X-RAY DIFFRACTION21(CHAIN B AND RESID 103:118)
22X-RAY DIFFRACTION22(CHAIN B AND RESID 119:132)
23X-RAY DIFFRACTION23(CHAIN B AND RESID 133:138)
24X-RAY DIFFRACTION24(CHAIN B AND RESID 139:145)
25X-RAY DIFFRACTION25(CHAIN C AND RESID 1:11)
26X-RAY DIFFRACTION26(CHAIN C AND RESID 12:16)
27X-RAY DIFFRACTION27(CHAIN C AND RESID 17:22)
28X-RAY DIFFRACTION28(CHAIN C AND RESID 23:28)
29X-RAY DIFFRACTION29(CHAIN C AND RESID 29:33)
30X-RAY DIFFRACTION30(CHAIN C AND RESID 34:43)
31X-RAY DIFFRACTION31(CHAIN C AND RESID 44:54)
32X-RAY DIFFRACTION32(CHAIN C AND RESID 55:61)
33X-RAY DIFFRACTION33(CHAIN C AND RESID 62:74)
34X-RAY DIFFRACTION34(CHAIN D AND RESID 3:9)
35X-RAY DIFFRACTION35(CHAIN D AND RESID 10:15)
36X-RAY DIFFRACTION36(CHAIN D AND RESID 16:24)
37X-RAY DIFFRACTION37(CHAIN D AND RESID 25:35)
38X-RAY DIFFRACTION38(CHAIN D AND RESID 36:40)
39X-RAY DIFFRACTION39(CHAIN D AND RESID 41:51)
40X-RAY DIFFRACTION40(CHAIN D AND RESID 52:61)
41X-RAY DIFFRACTION41(CHAIN D AND RESID 62:67)
42X-RAY DIFFRACTION42(CHAIN D AND RESID 68:74)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る