PDB-3rpc: The crystal structure of a possible metal-dependent hydrolase fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3rpc

タイトル

The crystal structure of a possible metal-dependent hydrolase from Veillonella parvula DSM 2008

要素

possible metal-dependent hydrolase

キーワード

HYDROLASE / structural genomics / PSI-Biology / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG

機能・相同性

Beta-lactamase superfamily domain / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / metal ion binding / Alpha Beta / Lactamase_B domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Veillonella parvula (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.49 Å

データ登録者

Tan, K. / Marshall, N. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of a possible metal-dependent hydrolase from Veillonella parvula DSM 2008
著者: Tan, K. / Marshall, N. / Clancy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2011年4月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年5月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3rpc.cif.gz	456.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3rpc.ent.gz	392.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3rpc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3rpc_validation.pdf.gz	446.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3rpc_full_validation.pdf.gz	452.7 KB	表示
XML形式データ	3rpc_validation.xml.gz	51 KB	表示
CIF形式データ	3rpc_validation.cif.gz	76.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/3rpc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/3rpc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2wfl-d 6coc-d 6s8s-d 5gkp-d 4yk7-2 3x3h-3 3wwp-3 5ne2-d 1y7h-4 1dwq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC100818

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: possible metal-dependent hydrolase

B: possible metal-dependent hydrolase

C: possible metal-dependent hydrolase

D: possible metal-dependent hydrolase

ヘテロ分子

119 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: possible metal-dependent hydrolase

D: possible metal-dependent hydrolase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
59.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: possible metal-dependent hydrolase

C: possible metal-dependent hydrolase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
59.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.859, 97.104, 123.352
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

Experimentally unknown. It is predicted that the molecule is monomeric.

#1: タンパク質	possible metal-dependent hydrolase 分子量: 29682.209 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Veillonella parvula (バクテリア) 株: DSM 2008 / 遺伝子: Vpar_0210 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: D1BQT4
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1300 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.2 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.4M Sodium Malonate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97923 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月22日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.49→30 Å / Num. all: 167436 / Num. obs: 167436 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 33.7
反射シェル	解像度: 1.49→1.52 Å / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.657 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 8180 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
ARP		モデル構築
WARP		モデル構築
HKL-3000		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.49→30 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 0 / 位相誤差: 17.81 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.182	8113	5.03 %	random
R_work	0.1579	-	-	-
all	0.1591	161443	-	-
obs	0.1591	161443	96.01 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 41.065 Å² / k_sol: 0.351 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.9415 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.1136 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.8279 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.49→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8152	0	8	1300	9460

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	8429
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.039	11497
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.832	3107
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	1361
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1483

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4901-1.507	0.2956	249	0.2789	4401	X-RAY DIFFRACTION	84
1.507-1.5247	0.2871	210	0.2628	4610	X-RAY DIFFRACTION	87
1.5247-1.5433	0.2501	251	0.2374	4647	X-RAY DIFFRACTION	88
1.5433-1.5629	0.266	228	0.2281	4679	X-RAY DIFFRACTION	89
1.5629-1.5834	0.26	245	0.2247	4776	X-RAY DIFFRACTION	90
1.5834-1.6051	0.2579	279	0.2048	4763	X-RAY DIFFRACTION	91
1.6051-1.6281	0.2323	232	0.1968	4916	X-RAY DIFFRACTION	93
1.6281-1.6524	0.2258	287	0.1943	4921	X-RAY DIFFRACTION	93
1.6524-1.6782	0.2233	264	0.1888	4984	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6782-1.7057	0.2403	287	0.1793	5047	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7057-1.7351	0.219	281	0.1668	5018	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7351-1.7667	0.1921	233	0.1692	5132	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7667-1.8006	0.1972	257	0.1559	5096	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8006-1.8374	0.194	270	0.1583	5191	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8374-1.8773	0.1901	288	0.1543	5204	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8773-1.921	0.1961	297	0.1555	5200	X-RAY DIFFRACTION	99
1.921-1.969	0.1898	298	0.1518	5230	X-RAY DIFFRACTION	99
1.969-2.0223	0.1865	292	0.1569	5253	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0223-2.0818	0.1812	314	0.1543	5246	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0818-2.149	0.1721	295	0.1486	5278	X-RAY DIFFRACTION	100
2.149-2.2258	0.1835	284	0.1499	5290	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2258-2.3149	0.1755	282	0.1503	5343	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3149-2.4202	0.1706	273	0.1473	5322	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4202-2.5478	0.1923	266	0.1558	5362	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5478-2.7074	0.1946	293	0.166	5361	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7074-2.9164	0.1792	260	0.1615	5346	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9164-3.2097	0.1741	274	0.1575	5404	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2097-3.6739	0.1463	284	0.1481	5394	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6739-4.6275	0.1495	262	0.1293	5420	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6275-39.2772	0.1767	278	0.1592	5496	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 38.4737 Å / Origin y: -15.3066 Å / Origin z: 0.0965 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0898 Å²	0.0003 Å²	0.0039 Å²	-	0.1312 Å²	0.0116 Å²	-	-	0.1296 Å²
L	0.0798 °²	0.0018 °²	0.0881 °²	-	0.2026 °²	-0.068 °²	-	-	0.4006 °²
S	0.0065 Å °	-0.0184 Å °	-0.0078 Å °	-0.0028 Å °	0.0213 Å °	-0.0047 Å °	-0.0418 Å °	-0.027 Å °	-0.0131 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)