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- PDB-3rn3: SEGMENTED ANISOTROPIC REFINEMENT OF BOVINE RIBONUCLEASE A BY THE ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rn3
タイトルSEGMENTED ANISOTROPIC REFINEMENT OF BOVINE RIBONUCLEASE A BY THE APPLICATION OF THE RIGID-BODY TLS MODEL
要素RIBONUCLEASE A
キーワードHYDROLASE (NUCLEIC ACID / RNA)
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / lyase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribonuclease pancreatic
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Howlin, B. / Moss, D.S. / Harris, G.W. / Palmer, R.A.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A / 年: 1989
タイトル: Segmented anisotropic refinement of bovine ribonuclease A by the application of the rigid-body TLS model.
著者: Howlin, B. / Moss, D.S. / Harris, G.W.
#1: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 1987
タイトル: Ribonuclease A. Analysis of the Hydrogen Bond Geometry, and Spatial Accessibility at the Active Site
著者: Harris, G.W. / Borkakoti, N. / Moss, D.S. / Palmer, R.A. / Howlin, B.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1986
タイトル: Comparison of Two Independently Refined Models of Ribonuclease-A
著者: Wlodawer, A. / Borkakoti, N. / Moss, D.S. / Howlin, B.
#3: ジャーナル: J.Crystallogr.Spectrosc.Res. / 年: 1984
タイトル: The Refined Structure of Ribonuclease-A at 1.45 Angstroms Resolution
著者: Borkakoti, N. / Moss, D.S. / Stanford, M.J. / Palmer, R.A.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1983
タイトル: Specificity of Pancreatic Ribonuclease-A. An X-Ray Study of a Protein-Nucleotide Complex
著者: Borkakoti, N. / Palmer, R.A. / Haneef, I. / Moss, D.S.
#5: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1983
タイトル: The Active Site of Ribonuclease A from the Crystallographic Studies of Ribonuclease-A-Inhibitor Complexes
著者: Borkakoti, N.
#6: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1982
タイトル: Ribonuclease-A. Least-Squares Refinement of the Structure at 1.45 Angstroms Resolution
著者: Borkakoti, N. / Moss, D.S. / Palmer, R.A.
#7: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1974
タイトル: The Structure of Ribonuclease At 2.5 Angstrom Resolution
著者: Carlisle, C.H. / Palmer, R.A. / Mazumdar, S.K. / Gorinsky, B.A. / Yeates, D.G.R.
履歴
置き換え1991年10月15日ID: 1RN3
登録1991年10月30日処理サイト: BNL
改定 1.01991年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIBONUCLEASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8042
ポリマ－13,7081
非ポリマー961
水1,928107
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)30.450, 38.369, 53.215
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.96, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Atom site foot note1: RESIDUES 93 AND 114 ARE CIS-PROLINES. / 2: SEE REMARK 5.

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要素

#1: タンパク質 RIBONUCLEASE A


分子量: 13708.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 器官: PANCREAS / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細A SECOND SITE HAS BEEN LOCATED AND REFINED FOR HIS 119.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.57 %

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解析

ソフトウェア名称: RESTRAIN / 分類: 精密化
精密化最高解像度: 1.45 Å
詳細: THE CARBOXAMIDE TERMINI OF RESIDUES ASN 24, ASN 27, ASN 67, GLN 69, ASN 71, GLN 74, ASN 94, AND ASN 103 WERE "FLIPPED" BY 180 DEGREES TO CONFORM TO THE ASSIGNMENT OBSERVED IN THE STRUCTURE ...詳細: THE CARBOXAMIDE TERMINI OF RESIDUES ASN 24, ASN 27, ASN 67, GLN 69, ASN 71, GLN 74, ASN 94, AND ASN 103 WERE "FLIPPED" BY 180 DEGREES TO CONFORM TO THE ASSIGNMENT OBSERVED IN THE STRUCTURE DEPOSITED BY WLODAWER ET AL (ENTRY 7RSA).
Rfactor反射数
obs0.2233 19238
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数957 0 5 107 1069
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.15
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.05
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.45 Å / Num. reflection obs: 19238 / Rfactor obs: 0.2233
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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