PDB-3rld: Crystal structure of the Y7I mutant of human carbonic anhydrase II

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3rld

タイトル

Crystal structure of the Y7I mutant of human carbonic anhydrase II

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE / zinc metalloenzyme / histidine ligands / Y7I mutation

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase activity / cyanamide hydratase / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Avvaru, B.S. / Mikulski, R. / McKenna, R.

引用

ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2011
タイトル: Kinetic and crystallographic studies of the role of tyrosine 7 in the active site of human carbonic anhydrase II.
著者: Mikulski, R. / Avvaru, B.S. / Tu, C. / Case, N. / McKenna, R. / Silverman, D.N.

履歴

登録	2011年4月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年2月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年3月14日	Group: Other
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3rld.cif.gz	70.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3rld.ent.gz	49.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3rld.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3rld_validation.pdf.gz	439.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3rld_full_validation.pdf.gz	441.6 KB	表示
XML形式データ	3rld_validation.xml.gz	13.7 KB	表示
CIF形式データ	3rld_validation.cif.gz	19.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/3rld ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/3rld	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2iliS 2nxt S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4mty-d 6syb-d 5e2m-1 2f14-d 5dog-d 6xwz-d 3s74-d 4ih4-4 3rz7-d 7k6x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.789, 41.598, 73.195
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.830, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 29239.047 Da / 分子数: 1 / 変異: Y7I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.89 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 1.7 M sodium citrate, 100 mM Tris, droplet is 1:1 mixture of the protein and reservoir, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 298 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年11月5日 / 詳細: mirror

放射

モノクロメーター: Osmic optic / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→20 Å / Num. all: 38853 / Num. obs: 36906 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.1 % / B_iso Wilson estimate: 23.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.099 / Χ²: 4.934 / Net I/σ(I): 10.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.5-1.55	2.9	0.417	3606	1.45	1	90.4
1.55-1.62	3.1	0.405	3682	1.926	1	92.8
1.62-1.69	3.1	0.362	3757	1.983	1	94.7
1.69-1.78	3.1	0.293	3849	2.389	1	96.3
1.78-1.89	3.1	0.23	3893	3.039	1	97.5
1.89-2.04	3.1	0.178	3974	4.801	1	99
2.04-2.24	3.1	0.136	3957	6.121	1	99.2
2.24-2.56	3.1	0.116	4006	7.133	1	99.5
2.56-3.23	3.1	0.094	4038	9.882	1	99.9
3.23-20	3	0.061	4097	9.464	1	99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELX		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
CrystalClear		データ収集
HKL-2000		データ削減
CNS		位相決定
SHELXL		精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2ili

2ili

解像度: 1.5→20 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.211	1934	-	random
R_work	0.166	-	-	-
obs	0.166	36906	94 %	-
all	-	38853	-	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 99.67 Å² / B_iso mean: 21.0801 Å² / B_iso min: 9.07 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.17 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2045	0	16	186	2247

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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