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- PDB-3rlc: Crystal structure of the read-through domain from bacteriophage Q... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rlc
タイトルCrystal structure of the read-through domain from bacteriophage Qbeta A1 protein, hexagonal crystal form
要素A1 protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Beta-barrel / polyproline helix
機能・相同性Read-through domain / Read-through domain / Levivirus coat protein / Levivirus coat protein / Bacteriophage RNA-type, capsid / viral capsid / structural molecule activity / Minor capsid protein A1
機能・相同性情報
生物種Enterobacteria phage Qbeta (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Rumnieks, J. / Tars, K.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of the read-through domain from bacteriophage Qbeta A1 protein
著者: Rumnieks, J. / Tars, K.
履歴
登録2011年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月26日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.name
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: A1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5725
ポリマ－21,7951
非ポリマー7774
水36020
1
A: A1 protein
ヘテロ分子

A: A1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,14310
ポリマ－43,5892
非ポリマー1,5548
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area3450 Å2
ΔGint9 kcal/mol
Surface area17500 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.110, 69.110, 167.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質 A1 protein / A1 read-through protein


分子量: 21794.596 Da / 分子数: 1 / 断片: Read-through domain, UNP residues 145-329 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage Qbeta (ファージ)
遺伝子: A1 / プラスミド: pBAD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: Q8LTE1
#2: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.51 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 40% PEG 300, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.03874 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月17日
放射モノクロメーター: Bent Si (111) crystal, horizontally focusing
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03874 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→34.555 Å / Num. obs: 5773 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1.4 / Observed criterion σ(I): 1.4 / 冗長度: 9.5 % / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.9-3.06100.5431.479417960.543100
3.06-3.249.90.2922.676357710.292100
3.24-3.479.80.196471557310.196100
3.47-3.749.80.1226.266596790.122100
3.74-4.19.70.0829.261096330.082100
4.1-4.599.50.06111.955375810.061100
4.59-5.299.50.0611.549275210.06100
5.29-6.489.10.0778.241114520.077100
6.48-9.178.60.03716.831943710.037100
9.17-34.5557.30.02918.817262380.02998.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.96 Å40.8 Å
Translation2.96 Å40.8 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.16データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MAR345データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→29.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / WRfactor Rfree: 0.2542 / WRfactor Rwork: 0.1817 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7806 / SU B: 18.817 / SU ML: 0.355 / SU Rfree: 0.4537 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.454 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2969 263 4.6 %RANDOM
Rwork0.2128 ---
obs0.2166 5728 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 67.75 Å2 / Biso mean: 41.5926 Å2 / Biso min: 16.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.74 Å20.87 Å20 Å2
2--1.74 Å20 Å2
3----2.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→29.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1411 0 35 20 1466
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0221487
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3681.9712011
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5065175
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.09423.08868
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.39715224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4591511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2204
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0221146
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5841.5883
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.14621432
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6093604
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8884.5579
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.976 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.382 16 -
Rwork0.303 383 -
all-399 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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