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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3rlc | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the read-through domain from bacteriophage Qbeta A1 protein, hexagonal crystal form | ||||||
![]() | A1 protein | ||||||
![]() | STRUCTURAL PROTEIN / Beta-barrel / polyproline helix | ||||||
機能・相同性 | Read-through domain / Read-through domain / Levivirus coat protein / Levivirus coat protein / Bacteriophage RNA-type, capsid / viral capsid / structural molecule activity / Minor capsid protein A1![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rumnieks, J. / Tars, K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the read-through domain from bacteriophage Qbeta A1 protein 著者: Rumnieks, J. / Tars, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 49.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 34.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21794.596 Da / 分子数: 1 / 断片: Read-through domain, UNP residues 145-329 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: A1 / プラスミド: pBAD / 発現宿主: ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-PG4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.51 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 40% PEG 300, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月17日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Bent Si (111) crystal, horizontally focusing プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.03874 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.9→34.555 Å / Num. obs: 5773 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1.4 / Observed criterion σ(I): 1.4 / 冗長度: 9.5 % / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 17.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 67.75 Å2 / Biso mean: 41.5926 Å2 / Biso min: 16.93 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→29.93 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.9→2.976 Å / Total num. of bins used: 20
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