PDB-3rlb: Crystal structure at 2.0 A of the S-component for thiamin from an...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3rlb

タイトル

Crystal structure at 2.0 A of the S-component for thiamin from an ECF-type ABC transporter

要素

ThiT

キーワード

THIAMINE-BINDING PROTEIN / S-component / ECF transporter / ABC transporter / Substrate-binding domain / membrane

機能・相同性

Arp2/3 complex 21 kDa subunit ARPC3 - #20 / Arp2/3 complex 21 kDa subunit ARPC3 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Chem-VIB / :

機能・相同性情報

生物種

Lactococcus lactis subsp. cremoris (乳酸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Erkens, G.B. / Berntsson, R.P.-A. / Fulyani, F. / Majsnerowska, M. / Vujicic-Zagar, A. / ter Beek, J. / Poolman, B. / Slotboom, D.J.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: The structural basis of modularity in ECF-type ABC transporters.
著者: Erkens, G.B. / Berntsson, R.P. / Fulyani, F. / Majsnerowska, M. / Ter Beek, J. / Poolman, B. / Slotboom, D.J.

履歴

登録	2011年4月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年6月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月20日	Group: Database references
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3rlb.cif.gz	163.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3rlb.ent.gz	130 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3rlb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3rlb_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3rlb_full_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示
XML形式データ	3rlb_validation.xml.gz	17.9 KB	表示
CIF形式データ	3rlb_validation.cif.gz	23.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/3rlb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/3rlb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4muu-1 5dju-1 6sat-d 5dju-2 4dvl-2 4mes-1 5kc4-1 2ff0-d 5kc0-d 3x0k-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ThiT

B: ThiT

ヘテロ分子

46.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ThiT

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ThiT

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.654, 84.654, 127.301
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.81, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 7 - 182 / Label seq-ID: 17 - 192

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質

ThiT

分子量: 21231.480 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Lactococcus lactis subsp. cremoris (乳酸菌)
株: NZ9000 / 遺伝子: LLNZ_01755
発現宿主:

Lactococcus lactis subsp. cremoris (乳酸菌)
株 (発現宿主): NZ9000 / 参照: UniProt: D8KFM5

#2: 糖

ChemComp-BNG / nonyl beta-D-glucopyranoside / Beta-NONYLGLUCOSIDE / nonyl beta-D-glucoside / nonyl D-glucoside / nonyl glucoside / ノニルβ-D-グルコピラノシド

タイプ: D-saccharide / 分子量: 306.395 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₅H₃₀O₆ / コメント: 可溶化剤*YM

#3: 化合物

ChemComp-VIB / 3-(4-AMINO-2-METHYL-PYRIMIDIN-5-YLMETHYL)-5-(2-HYDROXY-ETHYL)-4-METHYL-THIAZOL-3-IUM / THIAMIN / VITAMIN B1 / 3-(2-メチル-4-アミノピリミジン-5-イルメチル)-4-メチル-5-(2-ヒドロキシエチル)チアゾ-ル-3-イウム

分子量: 265.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₇N₄OS / コメント: 薬剤*YM

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.39 %
結晶化	温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 17% PEG3350, 0.2 M ammonium nitrate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.07225 / 波長: 0.9758, 0.9793, 0.9791

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月13日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.07225	1
2	0.9758	1
3	0.9793	1
4	0.9791	1

Reflection

数: 146525 / R_merge(I) obs: 0.041 / D res high: 2.14 Å / Num. obs: 48470 / % possible obs: 65.1

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs
6.36	47.585	2798	99	1	0.03
4.52	6.36	5015	98.8	1	0.034
3.69	4.52	6435	98.5	1	0.036
3.2	3.69	7630	98.8	1	0.047
2.86	3.2	8717	99.6	1	0.065
2.62	2.86	7953	82.1	1	0.087
2.42	2.62	5664	54.1	1	0.136
2.27	2.42	3282	29	1	0.214
2.14	2.27	976	8.1	1	0.439

反射

解像度: 2→47.585 Å / Num. all: 43288 / Num. obs: 43288 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.058 / R_sym value: 0.068 / Net I/σ(I): 13.4

反射シェル

解像度: 2→2.12 Å / R_merge(I) obs: 0.529 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / R_sym value: 0.618 / % possible all: 96.6

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing dm

FOM : 0.71 / FOM acentric: 0.72 / FOM centric: 0.68 / 反射: 15288 / Reflection acentric: 14532 / Reflection centric: 756

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
8.3-47.585	0.93	0.94	0.86	688	601	87
5.2-8.3	0.84	0.85	0.82	2052	1901	151
4.1-5.2	0.86	0.87	0.77	2561	2435	126
3.6-4.1	0.8	0.8	0.74	2566	2452	114
3.1-3.6	0.65	0.65	0.54	4562	4379	183
2.9-3.1	0.46	0.47	0.37	2859	2764	95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
SOLVE		位相決定
RESOLVE	2.15	位相決定
REFMAC	refmac_5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2→47.58 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 6.958 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23045	2165	5 %	RANDOM
R_work	0.20577	-	-	-
obs	0.20701	41123	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.193 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.03 Å²	-0 Å²	0.02 Å²
2-	-	0.04 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→47.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2741	0	194	72	3007

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	3021
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2075
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.633	2.017	4086
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.134	3	5086
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.469	5	353
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.459	21.395	86
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.031	15	452
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	26.002	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.134	0.2	493
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3085
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	643
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.799	1.5	1751
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.263	1.5	724
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.353	2	2821
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.225	3	1270
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.369	4.5	1265
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2264 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
loose positional	0.49	5
loose thermal	1.35	10

LS精密化シェル

解像度: 2.001→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.297	150	-
R_work	0.28	2856	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 30.0355 Å / Origin y: -14.4828 Å / Origin z: 32.143 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0172 Å²	0.0039 Å²	-0.0212 Å²	-	0.0736 Å²	0.0157 Å²	-	-	0.1134 Å²
L	1.1666 °²	-0.1374 °²	-0.3581 °²	-	1.4109 °²	0.9127 °²	-	-	3.3596 °²
S	-0.1034 Å °	-0.0146 Å °	0.0385 Å °	-0.0095 Å °	0.0941 Å °	0.0502 Å °	-0.0975 Å °	-0.128 Å °	0.0092 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 182
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	6 - 182
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	192 - 228
4	X-RAY DIFFRACTION	1	B	188 - 223
5	X-RAY DIFFRACTION	1	A	183 - 189
6	X-RAY DIFFRACTION	1	B	183 - 186
7	X-RAY DIFFRACTION	1	A	191
8	X-RAY DIFFRACTION	1	B	187

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