PDB-3rkx: Structural characterisation of staphylococcus aureus biotin prote...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3rkx

タイトル

Structural characterisation of staphylococcus aureus biotin protein ligase

要素

Biotin-[acetyl-CoA-carboxylase] ligase

キーワード

LIGASE / biotin protein ligase / 3 domains / enzyme DNA binding / biotin carrier coupling domains

機能・相同性

機能・相同性情報

SH3 type barrels. - #100 / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / SH3 type barrels. / Arc Repressor Mutant, subunit A / Roll / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Wilce, M.C.J.

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Structural characterisation of staphylococcus aureus biotin protein ligase
著者: Pendini, N.R. / Yap, M.Y. / Polyak, S.W. / Cowieson, N. / Traore, D.A.K. / Booker, G.W. / Wallace, J.C. / Abell, A. / Wilce, J.A. / Wilce, M.C.J.

履歴

登録	2011年4月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年4月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3rkx.cif.gz	138.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3rkx.ent.gz	107.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3rkx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3rkx_validation.pdf.gz	420 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3rkx_full_validation.pdf.gz	424.2 KB	表示
XML形式データ	3rkx_validation.xml.gz	15.1 KB	表示
CIF形式データ	3rkx_validation.cif.gz	21.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/3rkx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/3rkx	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3rkwC 3rkyC 3rirS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3v8j-d 6aqq-d 6apw-d 3v7s-d 3v8k-d 3rir-d 3v8l-d 4dq2-d 3v7c-d 3rky-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Biotin-[acetyl-CoA-carboxylase] ligase

37.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.132, 51.401, 67.584
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.00, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Biotin-[acetyl-CoA-carboxylase] ligase 分子量: 37186.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 株: ECT-R 2 / 遺伝子: ECTR2_1310 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: E5R5T0, biotin-[biotin carboxyl-carrier protein] ligase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.77 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: Peg 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.95364 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95364 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→35 Å / Num. obs: 18537 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.4_486)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3RIR

3rir

解像度: 2.1→34.956 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 26.65 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2655	938	5.06 %
R_work	0.1928	-	-
obs	0.1965	17599	96.01 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 48.802 Å² / k_sol: 0.386 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.2072 Å²	-0 Å²	1.357 Å²
2-	-	-0.8081 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.399 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→34.956 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2484	0	0	212	2696

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2528
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.062	3410
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.723	934
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	377
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	441

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.1001-2.2108	0.361	141	0.2564	2469	96
2.2108-2.3492	0.3026	122	0.2511	2495	95
2.3492-2.5306	0.2924	132	0.2183	2473	96
2.5306-2.7851	0.2915	133	0.2042	2527	96
2.7851-3.1879	0.2772	124	0.1844	2540	97
3.1879-4.0155	0.2408	124	0.1625	2541	96
4.0155-34.9604	0.2307	162	0.1783	2554	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2284	0.2658	0.1635	0.3384	0.2312	0.1571	0.1376	-0.0057	0.0004	0.1817	-0.055	-0.2083	0.3152	-0.1741	-0.0742	0.2223	-0.0401	-0.0911	0.2674	-0.07	0.1738	14.7351	7.3903	35.699
2	0.5268	-0.0297	0.1832	0.5495	0.2462	0.972	0.1427	-0.0658	-0.0117	0.0312	-0.052	-0.0195	-0.0505	0.0571	-0.078	0.061	-0.0165	0.0132	0.0689	-0.0166	0.0638	-4.1296	-0.9837	13.5277
3	0.2932	-0.2118	-0.0192	1.0037	-0.2028	0.2633	0.1014	-0.096	-0.0766	-0.249	0.033	0.4132	0.1354	-0.1126	-0.0906	0.1471	-0.0076	-0.0466	0.0827	0.0003	0.1768	-22.9604	-4.5851	-0.7441

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	RESSEQ 3:61
2	X-RAY DIFFRACTION	2	RESSEQ 67:261
3	X-RAY DIFFRACTION	3	RESSEQ 267:322

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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