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万見
- PDB-3rj0: Plant steroid receptor BRI1 ectodomain in complex with brassinolide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rj0
タイトルPlant steroid receptor BRI1 ectodomain in complex with brassinolide
要素Protein BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / superhelix / island domain / Leucine-rich repeat / steroid receptor / hormone receptor / receptor kinase / brassinosteroid binding / N-glycosylation / plasma membrane and endosomes
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of brassinosteroid stimulus / brassinosteroid homeostasis / anther wall tapetum cell differentiation / pollen exine formation / seedling development / skotomorphogenesis / positive regulation of flower development / brassinosteroid mediated signaling pathway / leaf development / microtubule bundle formation ...detection of brassinosteroid stimulus / brassinosteroid homeostasis / anther wall tapetum cell differentiation / pollen exine formation / seedling development / skotomorphogenesis / positive regulation of flower development / brassinosteroid mediated signaling pathway / leaf development / microtubule bundle formation / response to UV-B / steroid binding / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / receptor protein-tyrosine kinase / non-specific serine/threonine protein kinase / endosome membrane / protein kinase activity / endosome / protein heterodimerization activity / phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein homodimerization activity / protein-containing complex / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Dna Ligase; domain 1 - #310 / Brassinosteroid receptor BRI1, island domain / Brassinosteroid receptor island domain / Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine rich repeat ...Dna Ligase; domain 1 - #310 / Brassinosteroid receptor BRI1, island domain / Brassinosteroid receptor island domain / Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Dna Ligase; domain 1 / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Brassinolide / Protein BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.541 Å
データ登録者Hothorn, M.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: Structural basis of steroid hormone perception by the receptor kinase BRI1.
著者: Hothorn, M. / Belkhadir, Y. / Dreux, M. / Dabi, T. / Noel, J.P. / Wilson, I.A. / Chory, J.
履歴
登録2011年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,8858
ポリマ－83,4941
非ポリマー3,3907
水2,054114
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)175.170, 67.236, 119.246
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 121.42, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-876-

HOH

21A-888-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Protein BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1 / BRI1 / Brassinosteroid LRR receptor kinase / AtBRI1


分子量: 83494.398 Da / 分子数: 1 / 断片: ectodomain (UNP residues 29-788) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At4g39400, BRI1, F23K16.30 / プラスミド: pBAC-6 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5
参照: UniProt: O22476, receptor protein-tyrosine kinase, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-BLD / Brassinolide / (3aS,5S,6R,7aR,7bS,9aS,10R,12aS,12bS)-10-[(2S,3R,4R,5S)-3,4-dihydroxy-5,6-dimethylheptan-2-yl]-5,6-dihydroxy-7a,9a-dime thylhexadecahydro-3H-benzo[c]indeno[5,4-e]oxepin-3-one / ブラシノリド


分子量: 480.677 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H48O6 / コメント: ホルモン*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.72 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 14% PEG4000, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M citric acid, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年12月22日 / 詳細: osmic mirrors
放射モノクロメーター: copper Ka / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.54→24.64 Å / Num. all: 39452 / Num. obs: 38900 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 51.8 Å2 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 2.54→2.63 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 5904 / Rsym value: 0.482 / % possible all: 93.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
StructureStudioデータ収集
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.541→24.637 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 2 / 位相誤差: 25.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2408 1943 5 %RANDOM
Rwork0.1839 ---
obs0.1867 38849 98.85 %-
all-39300 --
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 54.746 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 51.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.1532 Å2-0 Å2-4.786 Å2
2--3.0658 Å20 Å2
3---3.0874 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.541→24.637 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5557 0 226 114 5897
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065974
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0538141
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.2292279
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067990
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041023
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5411-2.60450.36061290.2822335X-RAY DIFFRACTION88
2.6045-2.67490.33041400.25782623X-RAY DIFFRACTION99
2.6749-2.75350.27051380.23392634X-RAY DIFFRACTION100
2.7535-2.84220.29151370.22652644X-RAY DIFFRACTION100
2.8422-2.94370.33031370.2322626X-RAY DIFFRACTION100
2.9437-3.06130.32221420.23832659X-RAY DIFFRACTION100
3.0613-3.20040.29171380.22872639X-RAY DIFFRACTION100
3.2004-3.36870.27751390.21362653X-RAY DIFFRACTION100
3.3687-3.57920.25441410.19822639X-RAY DIFFRACTION100
3.5792-3.85460.24881380.16022659X-RAY DIFFRACTION100
3.8546-4.24070.16641410.14252683X-RAY DIFFRACTION100
4.2407-4.85020.19311390.12792668X-RAY DIFFRACTION100
4.8502-6.09550.22091420.17032693X-RAY DIFFRACTION100
6.0955-24.6380.22331420.18752751X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.01550.82910.2632.2058-0.39920.9031-0.05270.20050.3685-0.21730.13940.3139-0.1595-0.0713-0.06930.1685-0.01540.02460.06370.0210.230272.215679.4859-9.0839
23.3254-0.4763-2.12450.64551.1232.1667-0.5595-0.5236-0.77650.00310.22780.12080.56280.51730.33160.24950.17010.10570.21710.1280.451971.696948.131313.2125
34.4158-0.5302-0.49810.90030.16881.679-0.6893-1.76330.72090.430.45-0.3323-0.05880.28760.12190.26240.2381-0.18830.7495-0.26120.249653.69167.828837.2174
45.0963-1.58080.18521.58660.27560.3621-0.6424-1.01220.37410.20850.4735-0.1763-0.0752-0.03430.13980.40580.1839-0.06530.4554-0.04010.219939.299167.198827.0471
52.7553-1.26870.88661.553-0.42780.2843-0.4271-0.70150.4855-0.05030.290.1024-0.1965-0.43990.14410.39730.198-0.10240.4673-0.05050.277219.525171.274823.0892
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 29:221)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 222:416)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 417:587)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 588:702)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 703:771)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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