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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ri4 | ||||||
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タイトル | Ets1 cooperative binding to widely separated sites on promoter DNA | ||||||
要素 |
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キーワード | Transcription/DNA / transcription (転写 (生物学)) / T-cell receptor alpha / DNA binding (デオキシリボ核酸) / autoinhibition / Ets domain / transcription factor (転写因子) / DNA (デオキシリボ核酸) / Runx2 / Runx1 (RUNX1) / Transcription-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 PML body organization / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / negative regulation of cell cycle / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / regulation of angiogenesis / positive regulation of endothelial cell migration / transcription corepressor binding / nuclear receptor coactivator activity / positive regulation of erythrocyte differentiation / 運動性 ...PML body organization / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / negative regulation of cell cycle / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / regulation of angiogenesis / positive regulation of endothelial cell migration / transcription corepressor binding / nuclear receptor coactivator activity / positive regulation of erythrocyte differentiation / 運動性 / Oncogene Induced Senescence / positive regulation of miRNA transcription / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of angiogenesis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / regulation of apoptotic process / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / 免疫応答 / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / response to antibiotic / クロマチン / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Babayeva, N.D. / Mino, K. / Tahirov, T.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2012 タイトル: Structural basis of ets1 cooperative binding to widely separated sites on promoter DNA. 著者: Babayeva, N.D. / Baranovskaya, O.I. / Tahirov, T.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3ri4.cif.gz | 106.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3ri4.ent.gz | 77.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3ri4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ri/3ri4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ri/3ri4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1gvjS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18938.465 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 280-441 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ETS1 / プラスミド: PETS280-441 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P14921 #2: DNA鎖 | 分子量: 4843.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #3: DNA鎖 | 分子量: 4954.214 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.08 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: sitting drop vapor diffusion, macroseeding / pH: 8.5 詳細: 200 mM ammonium chloride, 10 mM calcium chloride, 50 mM Tris-HCl buffer (pH 8.5), 18.5% v/v PEG MME 2000, 3% v/v glycerol, sitting drop vapor diffusion and macroseeding, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9793 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→30 Å / Num. obs: 9369 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.363 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 858 / % possible all: 87.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1gvj 解像度: 3→29.84 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Data cutoff high absF: 1515668.24 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 27.1762 Å2 / ksol: 0.282842 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→29.84 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.1→3.29 Å / Rfactor Rfree error: 0.045 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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