PDB-3rh0: Corynebacterium glutamicum mycothiol/mycoredoxin1-dependent arsen...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3rh0

タイトル

Corynebacterium glutamicum mycothiol/mycoredoxin1-dependent arsenate reductase Cg_ArsC2

要素

ARSENATE REDUCTASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Reductase

機能・相同性

機能・相同性情報

arsenate-mycothiol transferase / mycothiol-arsenate ligase activity / response to arsenic-containing substance / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Corynebacterium glutamicum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.724 Å

データ登録者

Messens, J. / Wahni, K. / Dufe, T.V.

引用

ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2011
タイトル: Corynebacterium glutamicum survives arsenic stress with arsenate reductases coupled to two distinct redox mechanisms
著者: Villadangos, A.F. / Van Belle, K. / Wahni, K. / Dufe, T.V. / Freitas, S. / Nur, H. / De Galan, S. / Gil, J.A. / Collet, J.F. / Mateos, L.M. / Messens, J.

履歴

登録	2011年4月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年11月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.2	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3rh0.cif.gz	114.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3rh0.ent.gz	87.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3rh0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3rh0_validation.pdf.gz	440.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3rh0_full_validation.pdf.gz	441.7 KB	表示
XML形式データ	3rh0_validation.xml.gz	14.3 KB	表示
CIF形式データ	3rh0_validation.cif.gz	20.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rh/3rh0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rh/3rh0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3t38C 1je3S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2mec-2 3lhm-d 6lfh-d 2bqe-d 2eql-d 1eqe-d 1iwy-d 1ix0-d 5if6-4 2vks-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ARSENATE REDUCTASE

B: ARSENATE REDUCTASE

31.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ARSENATE REDUCTASE

登録者が定義した集合体
15.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ARSENATE REDUCTASE

登録者が定義した集合体
15.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.350, 38.760, 43.860
Angle α, β, γ (deg.)	100.60, 102.54, 99.94
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	ARSENATE REDUCTASE / Protein-tyrosine-phosphatase 分子量: 15863.740 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (バクテリア) 遺伝子: arsX, Cgl0263, cg0319 / プラスミド: pet28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q8NTP3, UniProt: P0DKS7*PLUS, arsenate reductase (glutathione/glutaredoxin)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

ARSENATE REDUCTASE / Protein-tyrosine-phosphatase

分子量: 15863.740 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
遺伝子: arsX, Cgl0263, cg0319 / プラスミド: pet28a / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8NTP3, UniProt: P0DKS7*PLUS, arsenate reductase (glutathione/glutaredoxin)

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.5 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% PEG 10000, 0.1M Hepes pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月2日
放射	モノクロメーター: Silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.724→31.575 Å / Num. obs: 22115 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / B_iso Wilson estimate: 14.15 Å²
反射シェル	解像度: 1.724→1.82 Å / % possible all: 93.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6_289)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JE3

1je3

解像度: 1.724→31.575 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 27.63 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2369	1068	5.07 %	Random
R_work	0.1766	-	-	-
all	0.269	22115	-	-
obs	0.1796	21066	89.1 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 43.969 Å² / k_sol: 0.42 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.7023 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.3677 Å²	-11.5513 Å²	-4.537 Å²
2-	-	2.7884 Å²	6.7282 Å²
3-	-	-	-8.1561 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.724→31.575 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1921	0	0	230	2151

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1957
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.013	2648
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.717	746
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	302
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	358

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.724-1.8025	0.3431	112	0.2351	2077	X-RAY DIFFRACTION	74
1.8025-1.8975	0.2984	132	0.2124	2345	X-RAY DIFFRACTION	84
1.8975-2.0164	0.2989	122	0.1808	2478	X-RAY DIFFRACTION	88
2.0164-2.172	0.2187	146	0.1645	2541	X-RAY DIFFRACTION	91
2.172-2.3905	0.2075	115	0.1589	2627	X-RAY DIFFRACTION	93
2.3905-2.7363	0.2114	134	0.1725	2656	X-RAY DIFFRACTION	94
2.7363-3.4468	0.2507	151	0.1619	2628	X-RAY DIFFRACTION	94
3.4468-31.5802	0.2062	156	0.1653	2646	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.243	0.1835	-0.2009	0.1382	-0.049	0.4407	-0.0371	0.2407	0.0569	-0.0218	0.1124	0.0469	-0.1354	-0.0291	0.0125	0.0774	0.0187	0.0092	0.0885	-0.0075	0.1098	-9.6053	-8.8547	38.3747
2	0.0487	0.063	-0.1043	0.1957	-0.2239	0.3416	-0.0113	0.0592	0.0178	-0.0613	-0.0156	-0.0106	-0.087	-0.0033	-0.0068	0.0793	-0.0191	0.0024	0.1188	-0.01	0.0965	-8.566	-9.1518	34.9924
3	0.1143	0.0516	-0.0998	0.1788	-0.126	0.387	0.0585	-0.2122	-0.1063	0.0313	0.0626	-0.0372	-0.1497	0.1831	0.0042	0.1377	-0.0355	0.005	0.1413	0.0152	0.1203	-2.3569	-9.1002	47.327
4	0.2111	0.09	-0.0585	0.117	-0.089	0.2926	0.1435	-0.172	-0.1466	0.1462	-0.1882	-0.0746	-0.0598	0.5061	0.0139	0.2076	-0.119	-0.0636	0.3147	0.0995	0.2058	3.0655	-6.9877	50.331
5	0.0728	0.0692	-0.0478	0.1119	-0.0874	0.1809	0.205	-0.0355	-0.1386	0.0911	-0.006	-0.069	0.329	-0.1517	-0.0231	0.1864	-0.0629	-0.0316	0.1824	0.0385	0.1361	-20.0705	-19.1503	48.0088
6	0.2843	-0.1804	0.0676	0.3135	-0.2724	0.5938	-0.0766	-0.1593	-0.0997	-0.058	0.2155	0.1273	-0.0609	-0.2871	0.0758	0.0636	0.0464	0.0277	0.127	0.0036	0.1028	-18.8227	-9.295	45.8744
7	0.0752	-0.0331	0.004	0.0493	-0.0157	0.184	-0.0643	0.0099	-0.0113	0.0313	0.043	-0.015	-0.0821	0.0152	0.0014	0.0662	-0.0043	0.0043	0.055	-0.0121	0.065	0.7296	1.7173	25.6363
8	0.2058	-0.0219	-0.0617	0.1662	-0.1324	0.3841	-0.0111	-0.0067	-0.0336	0.0993	0.0951	0.1014	0.1148	-0.1273	-0.0006	0.1443	0.001	-0.029	0.1334	0.0233	0.1282	-2.0093	0.4604	28.9983
9	0.2092	-0.0412	0.1431	0.2362	-0.0155	0.3124	0.0122	0.0033	0.004	0.1323	-0.0019	0.0452	0.0205	0.0115	0.0022	0.1015	0.0001	0.0024	0.0975	0.0101	0.0921	2.2717	2.2496	28.4063
10	0.0402	-0.0194	-0.0153	0.0518	-0.0731	0.1778	0.0503	-0.0424	0.0026	0.0404	0.1212	-0.1096	0.0142	0.1036	0.0214	0.259	-0.0072	0.0437	0.1313	-0.0294	0.1772	8.4668	-8.0393	17.9854
11	0.1006	-0.0037	-0.0812	0.1212	-0.1204	0.5227	-0.0129	0.0385	-0.0087	-0.2095	0.0536	-0.1079	-0.1572	0.1074	0	0.1338	-0.0062	0.0123	0.0989	-0.0049	0.0905	4.1619	8.3396	19.5416
12	0.0664	-0.0558	-0.0521	0.0863	-0.06	0.2662	0.1535	0.1134	-0.0401	-0.1668	-0.0481	0.0411	0.0243	-0.0959	-0.0137	0.1369	0.0245	-0.0218	0.1062	0.0077	0.1104	-6.1872	6.8024	18.2729

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:49)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 50:71)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 72:85)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 86:98)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 99:109)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 110:128)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain C and resid 1:21)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain C and resid 22:41)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain C and resid 42:83)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain C and resid 84:89)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain C and resid 90:117)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain C and resid 118:129)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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