PDB-3rgk: Crystal Structure of Human Myoglobin Mutant K45R

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3rgk

タイトル

Crystal Structure of Human Myoglobin Mutant K45R

要素

Myoglobin

キーワード

OXYGEN TRANSPORT / HEME

機能・相同性

機能・相同性情報

Intracellular oxygen transport / enucleate erythrocyte differentiation / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / oxygen transport / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / brown fat cell differentiation / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Hubbard, S.R.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990
タイトル: X-ray crystal structure of a recombinant human myoglobin mutant at 2.8 A resolution
著者: Hubbard, S.R. / Lambright, S.G. / Boxer, S.G. / Hendrickson, W.A.

履歴

登録	2011年4月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2011年4月27日	ID: 2MM1
改定 1.0	2011年4月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3rgk.cif.gz	47.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3rgk.ent.gz	32.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3rgk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3rgk_validation.pdf.gz	796 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3rgk_full_validation.pdf.gz	796.7 KB	表示
XML形式データ	3rgk_validation.xml.gz	9.2 KB	表示
CIF形式データ	3rgk_validation.cif.gz	12.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/3rgk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/3rgk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2mm1 PDB 未公開エントリS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2mgh-d 1moc-d 5cnd-d 1u7r-d 2oha-d 5ycj-1 2spo-d 6e03-d 2mgf-d 1npf-d 5ilp-d 1pmb-2 5xkw-d 2bli-d 2mge-d 2myd-d 5cng-d 6ls8-1 1mnk-2 1yca-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (4) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Myoglobin

ヘテロ分子

18 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.200, 86.200, 35.660
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-298- HOH
2	1	A-299- HOH

#1: タンパク質	Myoglobin 分子量: 17079.600 Da / 分子数: 1 / 変異: K45R, C110S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02144
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.07 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 250 mM Tris-HCl, 80% Ammonium Sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 277 K
放射光源	由来: シンクロトロン / タイプ: OTHER / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: CEA Reflex 25 / 検出器: FILM / 日付: 1989年11月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→18.4 Å / Num. obs: 17640 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.08

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 2MM1

2mm1
PDB 未公開エントリ

解像度: 1.65→18.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 1.726 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.096 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19848	909	5.2 %	RANDOM
R_work	0.17455	-	-	-
obs	0.17574	16731	94.82 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.295 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.09 Å²	0.04 Å²	0 Å²
2-	-	0.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→18.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1159	0	58	100	1317

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	1283
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.995	2.076	1753
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.197	5	161
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.357	25.283	53
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.739	15	224
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.988	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	179
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	963
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.192	0.2	558
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.303	0.2	851
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.124	0.2	91
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.116	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.086	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.67	1.5	781
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.034	2	1216
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.931	3	562
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.007	4.5	530
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.189	68	-
R_work	0.233	1027	-
obs	-	-	79.23 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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