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- PDB-3rfi: Crystal structure of the saposin-like domain of plant aspartic pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rfi
タイトルCrystal structure of the saposin-like domain of plant aspartic protease from Solanum tuberosum
要素Asp
キーワードHYDROLASE / Aspartic protease / PSI / Saposin
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid metabolic process / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Phytepsin / Saposin-like / NK-Lysin / Saposin-like type B, region 1 / Saposin-like type B, region 1 / Saposin B type, region 2 / Saposin-like type B, region 2 / Saposin B type domain / Saposin-like / Saposin B type domain profile. ...Phytepsin / Saposin-like / NK-Lysin / Saposin-like type B, region 1 / Saposin-like type B, region 1 / Saposin B type, region 2 / Saposin-like type B, region 2 / Saposin B type domain / Saposin-like / Saposin B type domain profile. / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Solanum tuberosum (ジャガイモ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Bhaumik, P. / Wlodawer, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structure and Mechanism of the Saposin-like Domain of a Plant Aspartic Protease.
著者: Bryksa, B.C. / Bhaumik, P. / Magracheva, E. / De Moura, D.C. / Kurylowicz, M. / Zdanov, A. / Dutcher, J.R. / Wlodawer, A. / Yada, R.Y.
履歴
登録2011年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年8月10日Group: Database references
改定 1.32011年8月24日Group: Database references
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Asp


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7801
ポリマ－11,7801
非ポリマー00
水1,13563
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Asp

A: Asp


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5592
ポリマ－23,5592
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area3490 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area8530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.470, 56.470, 55.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-153-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Asp


分子量: 11779.507 Da / 分子数: 1 / 断片: StAP_PSI (UNP Residues 301-403) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum tuberosum (ジャガイモ) / プラスミド: pET32b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-gami B (DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q6B9W9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M Lithium sulfate monohydrate, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: OTHER / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→40 Å / Num. all: 8363 / Num. obs: 8355 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 24.1
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 2.87 / Num. unique all: 1159 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0104精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 7.179 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.143 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2498 417 5 %RANDOM
Rwork0.18697 ---
obs0.18995 7936 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.949 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å2-0.01 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数620 0 0 63 683
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.022645
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8081.978873
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.703580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg44.42327.30826
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.08415128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg34.286151
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1460.2101
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021460
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0491.5401
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9832653
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8073244
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.2984.5219
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.411 30 -
Rwork0.342 573 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.6669-2.33372.486.6758-0.51944.93680.0406-0.122-0.18840.04190.0140.15020.3919-0.0247-0.05460.1165-0.0414-0.02570.1940.0270.077921.53217.1377.673
22.36370.2094-0.54546.4362-4.89176.64840.0093-0.05190.21650.2657-0.0611-0.0592-0.54630.08290.05190.1224-0.0047-0.02880.1047-0.02840.07545.19632.676-2.875
313.2676-6.6944-3.62877.40461.59434.6212-0.1935-0.3067-0.72080.38810.13060.46530.4765-0.05160.06290.2093-0.02670.00350.12710.03510.165916.9029.2532.977
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 26
2X-RAY DIFFRACTION2A27 - 82
3X-RAY DIFFRACTION3A83 - 103

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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