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- PDB-3re3: Crystal Structure of 2-C-Methyl-D-Erythritol 2,4-Cyclodiphosphate... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3re3
タイトルCrystal Structure of 2-C-Methyl-D-Erythritol 2,4-Cyclodiphosphate Synthase from Francisella tularensis
要素2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
キーワードLYASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / alpha-beta half sandwich / cytosol
機能・相同性
機能・相同性情報


2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase, conserved site / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase superfamily / YgbB family / 2C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase signature. / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / PYROPHOSPHATE 2- / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.645 Å
データ登録者Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of 2-C-Methyl-D-Erythritol 2,4-Cyclodiphosphate Synthase from Francisella tularensis
著者: Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2011年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
B: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
C: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
D: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,61116
ポリマ－72,5984
非ポリマー1,01312
水1,13563
1
A: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
ヘテロ分子

A: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
ヘテロ分子

A: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,43615
ポリマ－54,4483
非ポリマー98812
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area10030 Å2
ΔGint-200 kcal/mol
Surface area19900 Å2
手法PISA
2
B: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
C: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
D: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,13211
ポリマ－54,4483
非ポリマー6848
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8130 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area19960 Å2
手法PISA
3
A: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
B: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
C: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
D: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
ヘテロ分子

A: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
B: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
C: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
D: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
ヘテロ分子

A: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
B: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
C: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
D: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,83248
ポリマ－217,79312
非ポリマー3,03936
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area49060 Å2
ΔGint-515 kcal/mol
Surface area64200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.116, 96.116, 155.308
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / MECDP-synthase / MECPS


分子量: 18149.443 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア)
株: SCHU S4 / 遺伝子: FTT_1128, ispF / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic
参照: UniProt: Q5NFU1, 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

-
非ポリマー , 6種, 75分子

#2: 化合物 ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.88 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 0.1 M Na2HPO4/KH2PO4 pH 6.2, 35% (v/v) MPD, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97942 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月14日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97942 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→50 Å / Num. all: 23681 / Num. obs: 23681 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.2 % / Biso Wilson estimate: 68.48 Å2 / Rsym value: 0.112 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2.65→2.7 Å / 冗長度: 9.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 1165 / Rsym value: 0.734 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.645→41.619 Å / SU ML: 0.36 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 1211 5.15 %random
Rwork0.173 ---
all0.176 23529 --
obs0.176 23529 99.09 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.037 Å2 / ksol: 0.277 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 72.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-27.5441 Å2-0 Å20 Å2
2--27.5441 Å20 Å2
3----5.5734 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.645→41.619 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4531 0 54 63 4648
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084768
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1446411
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2081756
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079740
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004796
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.6451-2.7510.37031260.28732402252896
2.751-2.87620.29041420.22342437257999
2.8762-3.02780.26461600.19932453261399
3.0278-3.21740.29431280.19642492262099
3.2174-3.46570.23131210.196925042625100
3.4657-3.81430.22041230.16224962619100
3.8143-4.36570.19441460.136325102656100
4.3657-5.49830.19121350.136625012636100
5.4983-41.62460.22911300.18912523265399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3183-0.1246-0.32250.3532-0.04991.0891-0.21020.07480.0454-0.0852-0.10350.30630.5808-0.08110.14690.21130.06570.1170.8556-0.08680.199832.558834.936261.8525
20.6153-0.1223-0.34490.2056-0.16350.49320.0974-0.39450.24580.364-0.11770.06160.0662-0.0286-0.04370.8090.3274-0.0281.022-0.240.233727.277836.312668.2971
31.1371-0.05740.19861.44220.35120.17820.03830.0638-0.0933-0.1225-0.13150.0520.0274-0.32040.0580.28830.0462-0.00660.36120.05160.159734.908529.980449.2842
40.22740.1390.07560.3722-0.21720.3264-0.2197-0.17690.1313-0.0520.0980.01140.085-0.1035-0.01070.83060.00090.13370.09580.34210.189135.552420.7868105.4411
50.23120.0269-0.08211.0561-0.40160.6607-0.24660.0258-0.08080.047-0.0934-0.06370.1597-0.10790.11830.6777-0.26480.03160.71960.35010.292936.306724.662108.641
60.56730.4576-0.16020.7554-0.24121.1562-0.21-0.07020.14910.10820.25140.1657-0.04150.09920.00070.41340.00530.06180.34440.11310.380431.73865.4904106.5342
70.4680.0817-0.50180.5231-0.19680.53340.39110.3390.0970.2354-0.12370.1057-0.1019-0.4456-0.08770.515-0.1-0.05340.80110.19380.212126.26614.569275.1299
81.42420.0553-0.4692.54150.94780.5233-0.10030.3694-0.0479-0.0392-0.02060.16560.07490.0693-0.0290.9342-0.4387-0.10280.79740.45550.802226.188215.708673.5454
90.8088-0.5948-0.39350.55480.26631.69230.22540.34310.4144-0.13930.17140.1437-0.4548-0.82890.28840.3981-0.2276-0.34780.41450.13790.260621.23523.471886.8219
100.5745-0.04790.57340.7725-0.06780.5419-0.09890.6369-0.3363-0.00130.3873-0.0481-0.08330.292-0.20980.4789-0.14-0.0160.482-0.01140.473743.9863-0.906491.4372
110.9415-0.08170.58030.1385-0.17780.6780.4084-0.166-0.20930.16310.2898-0.16920.48930.00910.36430.8999-0.2954-0.02020.6103-0.35670.358368.63915.694883.3754
120.9079-0.4333-0.04730.6355-0.1441.01850.10030.0437-0.1666-0.30330.08950.31190.350.0731-0.12880.7037-0.0395-0.08530.34030.05480.294540.9168-6.832590.0476
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq -1:28)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 29:41)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 42:159)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resseq 1:28)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resseq 29:41)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resseq 42:159)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resseq 1:30)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resseq 31:41)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resseq 42:159)
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resseq 0:20)
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resseq 21:41)
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resseq 42:159)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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