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- PDB-3re1: Crystal structure of uroporphyrinogen III synthase from Pseudomon... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3re1
タイトルCrystal structure of uroporphyrinogen III synthase from Pseudomonas syringae pv. tomato DC3000
要素Uroporphyrinogen-III synthetase
キーワードLYASE / HemD-like family / uroporphyrinogen III synthase / HMB
機能・相同性
機能・相同性情報


uroporphyrinogen-III synthase / uroporphyrinogen-III synthase activity / uroporphyrinogen III biosynthetic process / protoporphyrinogen IX biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #10090 / Tetrapyrrole biosynthesis, uroporphyrinogen III synthase / Tetrapyrrole biosynthesis, uroporphyrinogen III synthase superfamily / Uroporphyrinogen-III synthase / Uroporphyrinogen-III synthase HemD / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uroporphyrinogen-III synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Chang, W.R. / Li, M. / Peng, S.X.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of uroporphyrinogen III synthase from Pseudomonas syringae pv. tomato DC3000
著者: Peng, S.X. / Zhang, H. / Gao, Y. / Pan, X. / Cao, P. / Li, M. / Chang, W.R.
履歴
登録2011年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uroporphyrinogen-III synthetase
B: Uroporphyrinogen-III synthetase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6452
ポリマ－58,6452
非ポリマー00
水4,954275
1
A: Uroporphyrinogen-III synthetase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3231
ポリマ－29,3231
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Uroporphyrinogen-III synthetase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3231
ポリマ－29,3231
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.668, 67.455, 112.035
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.37, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Uroporphyrinogen-III synthetase


分子量: 29322.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア)
株: DC3000 / 遺伝子: hemD / プラスミド: pHAT2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q88B90, uroporphyrinogen-III synthase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 275 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.17 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 20% PEG3350, 0.2M tri-Na citrate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 281K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97916 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97916 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 19467 / Num. obs: 19409 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 34.16 Å2
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
CNS1.2精密化
PHENIX1.6.4_486精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS1.2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→30 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7836 / SU ML: 0.34 / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.88 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: The structure was refined also with CNS 1.2.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2332 1003 5.18 %RANDOM
Rwork0.2179 ---
obs0.2187 19373 99.27 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 31.765 Å2 / ksol: 0.301 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 96 Å2 / Biso mean: 45.608 Å2 / Biso min: 5.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-21.6843 Å20 Å2-16.3884 Å2
2---12.499 Å20 Å2
3----6.0197 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3855 0 0 275 4130
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0133944
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4655393
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.091620
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009708
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0931457
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.63180.34631440.2832489263396
2.6318-2.79650.29941330.286226312764100
2.7965-3.01230.29641500.276126082758100
3.0123-3.3150.23341290.23926482777100
3.315-3.79380.25171500.221926592809100
3.7938-4.77640.18181460.18326562802100
4.7764-29.15560.19461510.17712679283099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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