PDB-3rdx: Crystal structure of ligand-free R7-2 streptavidin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3rdx

タイトル

Crystal structure of ligand-free R7-2 streptavidin

要素

Streptavidin

キーワード

BIOTIN BINDING PROTEIN / Streptavidin variants / improved desthiobiotin binding / opened loop destabilization

機能・相同性

機能・相同性情報

biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces avidinii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.101 Å

データ登録者

Malashkevich, V.N. / Magalhaes, M. / Czecster, C.M. / Guan, R. / Levy, M. / Almo, S.C.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2011
タイトル: Evolved streptavidin mutants reveal key role of loop residue in high-affinity binding.
著者: Magalhaes, M.L. / Czekster, C.M. / Guan, R. / Malashkevich, V.N. / Almo, S.C. / Levy, M.

履歴

登録	2011年4月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年7月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3rdx.cif.gz	110.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3rdx.ent.gz	84.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3rdx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3rdx_validation.pdf.gz	454.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3rdx_full_validation.pdf.gz	458.3 KB	表示
XML形式データ	3rdx_validation.xml.gz	13 KB	表示
CIF形式データ	3rdx_validation.cif.gz	17.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rd/3rdx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rd/3rdx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3rdmC 3rdoC 3rdqC 3rdsC 3rduSC 3re5C 3re6C C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5n7x-4 5n7x-1 5n7x-2 2zsc-d 5n7x-3 4y6x-1 3dkz-d 6ljj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Streptavidin

B: Streptavidin

ヘテロ分子

32 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: Streptavidin

B: Streptavidin

ヘテロ分子

A: Streptavidin

B: Streptavidin

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
64 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.250, 81.640, 84.537
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-152- HOH
2	1	B-166- HOH

#1: タンパク質	Streptavidin 分子量: 15966.381 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 37-164 / 変異: T90S,W108V,L110T,F29L,S52G,R53S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア) プラスミド: pCR2.1-TOPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: P22629
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.55 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.1 M Na acetate, pH 4.5, 3 M sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月30日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.075 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 16282 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.099 / Χ²: 1.298 / Net I/σ(I): 7.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.1-2.14	5.6	0.818	795	1.219	1	99.6
2.14-2.18	6	0.752	804	1.103	1	99.8
2.18-2.22	6.3	0.659	800	1.24	1	100
2.22-2.26	6.4	0.597	816	1.318	1	100
2.26-2.31	6.4	0.602	789	1.243	1	99.9
2.31-2.37	6.4	0.505	803	1.292	1	99.9
2.37-2.42	6.5	0.434	787	1.322	1	99.9
2.42-2.49	6.4	0.404	819	1.221	1	100
2.49-2.56	6.4	0.328	811	1.265	1	100
2.56-2.65	6.4	0.257	787	1.188	1	100
2.65-2.74	6.4	0.207	821	1.224	1	100
2.74-2.85	6.3	0.152	812	1.312	1	100
2.85-2.98	6.3	0.126	805	1.308	1	100
2.98-3.14	6.3	0.095	819	1.352	1	100
3.14-3.33	6.4	0.079	814	1.369	1	99.8
3.33-3.59	6.3	0.064	814	1.339	1	100
3.59-3.95	6.3	0.056	822	1.525	1	100
3.95-4.52	6.3	0.051	824	1.564	1	99.9
4.52-5.7	6.1	0.039	850	1.276	1	99.8
5.7-50	6.2	0.037	890	1.254	1	99.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
CBASS		データ収集
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3RDU

3rdu

解像度: 2.101→19.81 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / WR_factor R_free: 0.2447 / WR_factor R_work: 0.1854 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.7188 / SU B: 11.829 / SU ML: 0.14 / SU R Cruickshank DPI: 0.1644 / SU R_free: 0.2139 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.214 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2777	817	5 %	RANDOM
R_work	0.2125	-	-	-
obs	0.2156	16197	99.36 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 96.3 Å² / B_iso mean: 22.1929 Å² / B_iso min: 9.31 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.04 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.02 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.101→19.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1819	0	6	109	1934

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.021	1926
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.385	1.9	2644
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.189	5	263
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.242	24.605	76
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.005	15	263
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.594	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	303
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1478
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.277	3.5	1252
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.006	50	1993
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.558	50	674
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.325	4.5	646
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.36	3	1926

LS精密化シェル

解像度: 2.101→2.155 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.384	62	-
R_work	0.274	1047	-
all	-	1109	-
obs	-	-	95.27 %

精密化 TLS

T13: 0.0019 Å² / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4431	-1.0476	-0.452	3.1018	0.9835	0.8674	0.0535	0.095	0.113	-0.1578	0.0075	-0.0078	-0.1058	-0.0401	-0.061	0.0364	-0.0161	0.0416	0.0149	0.0119	22.5419	7.8031	-2.2707
2	1.8727	-0.7321	0.7561	2.1013	-0.9187	1.5616	-0.0113	0.1328	-0.1822	-0.1499	0.117	0.0815	0.1085	0.0244	-0.1057	0.0336	-0.0039	0.0494	-0.0107	0.0192	48.9827	-7.8264	-2.3703

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	11 - 134
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	141 - 196
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	11 - 135
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	141 - 193
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	300

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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