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- PDB-3rdu: Crystal structure of R7-2 streptavidin complexed with PEG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rdu
タイトルCrystal structure of R7-2 streptavidin complexed with PEG
要素Streptavidin
キーワードBIOTIN BINDING PROTEIN / Streptavidin variants / improved desthiobiotin binding / opened loop destabilization
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Avidin-like / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / : / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin ...Avidin-like / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / : / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptomyces avidinii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Malashkevich, V.N. / Magalhaes, M. / Czecster, C.M. / Guan, R. / Levy, M. / Almo, S.C.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2011
タイトル: Evolved streptavidin mutants reveal key role of loop residue in high-affinity binding.
著者: Magalhaes, M.L. / Czekster, C.M. / Guan, R. / Malashkevich, V.N. / Almo, S.C. / Levy, M.
履歴
登録2011年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Streptavidin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4815
ポリマ－15,9661
非ポリマー5154
水2,108117
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Streptavidin
ヘテロ分子

A: Streptavidin
ヘテロ分子

A: Streptavidin
ヘテロ分子

A: Streptavidin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,92420
ポリマ－63,8664
非ポリマー2,05816
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
Buried area15110 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area18040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.354, 57.354, 76.839
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-177-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Streptavidin


分子量: 15966.381 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 37-164 / 変異: T90S,W108V,L110T,F29L,S52G,R53S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア)
プラスミド: pCR2.1-TOPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: P22629
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.84 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10% PEG1000, 10% PEG8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 21154 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Χ2: 2.23 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.5-1.537.20.57310231.518199.9
1.53-1.557.40.49910331.51199.8
1.55-1.587.50.47210271.482199.9
1.58-1.627.40.41210381.585199.8
1.62-1.657.30.33510461.63199.9
1.65-1.697.20.29710371.6451100
1.69-1.737.10.25510311.717199.9
1.73-1.7870.2110621.7971100
1.78-1.836.80.17510431.884199.9
1.83-1.896.60.14710412.042199.8
1.89-1.966.30.11710342.201199.4
1.96-2.046.30.10310502.271199.7
2.04-2.1360.0910652.509199.7
2.13-2.246.10.0810482.624199.5
2.24-2.386.10.07610662.668199.8
2.38-2.566.30.07110592.709199.7
2.56-2.826.50.06510763.039199.6
2.82-3.236.70.0610803.361199.5
3.23-4.077.20.05511073.568199.8
4.07-507.10.04911883.028198.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 28.5 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å31.92 Å
Translation2.5 Å31.92 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3RDM

3rdm


解像度: 1.5→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / WRfactor Rfree: 0.2093 / WRfactor Rwork: 0.1722 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8711 / SU B: 2.498 / SU ML: 0.043 / SU R Cruickshank DPI: 0.0833 / SU Rfree: 0.0732 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.073 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2071 1089 5.2 %RANDOM
Rwork0.1696 ---
obs0.1714 21100 99.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 105.32 Å2 / Biso mean: 16.5569 Å2 / Biso min: 8.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.71 Å20 Å20 Å2
2---0.71 Å2-0 Å2
3---1.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数905 0 34 117 1056
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.021973
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3731.9261326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6325129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.48324.59537
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.29115127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.689153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2149
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02728
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2863.5616
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.70550982
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.02350357
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6284.5342
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.8663973
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.236 98 -
Rwork0.233 1404 -
all-1502 -
obs--99.34 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.6253 Å / Origin y: 3.9798 Å / Origin z: -3.0741 Å
111213212223313233
T0.0072 Å20.004 Å20.006 Å2-0.0137 Å2-0.0102 Å2--0.021 Å2
L0.8495 °2-0.0058 °2-0.0528 °2-0.8121 °20.054 °2--0.5169 °2
S0.0131 Å °0.0259 Å °-0.0077 Å °-0.0582 Å °0.0301 Å °-0.1222 Å °0.0331 Å °0.0781 Å °-0.0432 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A12 - 135
2X-RAY DIFFRACTION1A500 - 503
3X-RAY DIFFRACTION1A700

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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