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- PDB-3rcp: Crystal structure of the FAPP1 pleckstrin homology domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rcp
タイトルCrystal structure of the FAPP1 pleckstrin homology domain
要素Pleckstrin homology domain-containing family A member 3
キーワードMEMBRANE PROTEIN / FAPP1 / PH domain / Lipid-binding / Membrane / seven-stranded-barrel capped by an helix at one edge / phospholipid Binding
機能・相同性
機能・相同性情報


receptor recycling / endosome organization / retrograde transport, endosome to Golgi / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / trans-Golgi network / recycling endosome / early endosome / Golgi membrane / Golgi apparatus ...receptor recycling / endosome organization / retrograde transport, endosome to Golgi / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / trans-Golgi network / recycling endosome / early endosome / Golgi membrane / Golgi apparatus / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
PH domain containing protein Boi1/Boi2-like / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pleckstrin homology domain-containing family A member 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Roy, S. / He, J. / Kutateladze, T.G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Molecular Basis of Phosphatidylinositol 4-Phosphate and ARF1 GTPase Recognition by the FAPP1 Pleckstrin Homology (PH) Domain.
著者: He, J. / Scott, J.L. / Heroux, A. / Roy, S. / Lenoir, M. / Overduin, M. / Stahelin, R.V. / Kutateladze, T.G.
履歴
登録2011年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pleckstrin homology domain-containing family A member 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0802
ポリマ－11,9881
非ポリマー921
水1,17165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Pleckstrin homology domain-containing family A member 3
ヘテロ分子

A: Pleckstrin homology domain-containing family A member 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1604
ポリマ－23,9762
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area3090 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area11980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.025, 31.025, 216.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Pleckstrin homology domain-containing family A member 3 / PH domain-containing family A member 3 / Phosphatidylinositol-four-phosphate adapter protein 1 / ...PH domain-containing family A member 3 / Phosphatidylinositol-four-phosphate adapter protein 1 / FAPP-1 / Phosphoinositol 4-phosphate adapter protein 1


分子量: 11988.104 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 1-99, PH domain / 変異: C94S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FAPP1, PLEKHA3 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q9HB20
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.44 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: precipitant solution containing 0.1 M NaAc, pH 4.6, 50mM (NH4)2SO4 and 15% PEG1000., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月5日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: SI(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30.7118 Å / Num. all: 15767 / Num. obs: 15364 / % possible obs: 96.42 % / Observed criterion σ(F): 0 / Biso Wilson estimate: 35.2 Å2
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.517 / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / Num. unique all: 455 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
HKL2Mapモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
HKL2Map位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→29.826 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2553 1513 9.85 %Random
Rwork0.2302 ---
all0.265 15767 --
obs0.2328 15364 96.43 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.281 Å2 / ksol: 0.421 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.1745 Å2-0 Å20 Å2
2---4.1745 Å2-0 Å2
3---8.349 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.826 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数806 0 6 65 877
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.017829
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5731117
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.89304
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.113119
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01138
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9003-1.96170.3041350.27261207X-RAY DIFFRACTION92
1.9617-2.03180.26461340.26231188X-RAY DIFFRACTION91
2.0318-2.11310.30731370.24811210X-RAY DIFFRACTION94
2.1131-2.20920.23731370.2311276X-RAY DIFFRACTION95
2.2092-2.32570.28311300.23191239X-RAY DIFFRACTION96
2.3257-2.47130.3361390.24841264X-RAY DIFFRACTION98
2.4713-2.6620.28291300.24611297X-RAY DIFFRACTION98
2.662-2.92970.25451370.2311280X-RAY DIFFRACTION98
2.9297-3.35310.22241460.21471298X-RAY DIFFRACTION99
3.3531-4.22270.21771430.20041290X-RAY DIFFRACTION100
4.2227-29.82990.25151450.23231302X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 1.1866 Å / Origin y: 11.0703 Å / Origin z: 15.0538 Å
111213212223313233
T0.0989 Å2-0.0008 Å20.0586 Å2-0.1238 Å20.0022 Å2--0.1415 Å2
L0.8327 °2-0.3922 °20.3915 °2-0.2563 °2-0.0948 °2--0.3015 °2
S0.0312 Å °-0.1805 Å °-0.1962 Å °0.0401 Å °0.0787 Å °0.1756 Å °-0.0067 Å °-0.0718 Å °0.3386 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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