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- PDB-3rbx: MthK RCK domain D184N mutant, Ca2+-bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rbx
タイトルMthK RCK domain D184N mutant, Ca2+-bound
要素Calcium-gated potassium channel mthK
キーワードTRANSPORT PROTEIN / K+ channel / RCK domain / Rossman-fold / Ca2+ binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic cation transmembrane transporter activity / potassium ion transport / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Voltage-gated potassium channel / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain / : / TrkA-N domain / Regulator of K+ conductance, N-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain superfamily / TrkA-C domain / RCK C-terminal domain profile. / RCK N-terminal domain profile. ...Voltage-gated potassium channel / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain / : / TrkA-N domain / Regulator of K+ conductance, N-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain superfamily / TrkA-C domain / RCK C-terminal domain profile. / RCK N-terminal domain profile. / Potassium channel domain / Ion channel / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Alpha-Beta Plaits / NAD(P)-binding domain superfamily / Up-down Bundle / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcium-gated potassium channel MthK
類似検索 - 構成要素
生物種Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Samakai, E. / Rothberg, B.S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Structures of multiple Ca2+-binding sites in a K+ channel RCK domain
著者: Pau, V.P. / Smith, F.J. / Taylor, A.B. / Samakai, E. / Callaghan, M.M. / Abarca-Heidemann, K. / Parfenova, L.V. / Hart, P.J. / Rothberg, B.S.
履歴
登録2011年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium-gated potassium channel mthK
B: Calcium-gated potassium channel mthK
C: Calcium-gated potassium channel mthK
D: Calcium-gated potassium channel mthK
E: Calcium-gated potassium channel mthK
F: Calcium-gated potassium channel mthK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,96318
ポリマ－155,4826
非ポリマー48112
水00
1
A: Calcium-gated potassium channel mthK
B: Calcium-gated potassium channel mthK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9886
ポリマ－51,8272
非ポリマー1604
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7500 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area18610 Å2
手法PISA
2
C: Calcium-gated potassium channel mthK
D: Calcium-gated potassium channel mthK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9886
ポリマ－51,8272
非ポリマー1604
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7440 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area18210 Å2
手法PISA
3
E: Calcium-gated potassium channel mthK
F: Calcium-gated potassium channel mthK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9886
ポリマ－51,8272
非ポリマー1604
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7440 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area18130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.120, 119.120, 351.052
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
61

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (resseq 116:335 ) and (not element H) and (not element D)
211chain B and (resseq 116:335 ) and (not element H) and (not element D)
311chain C and (resseq 116:335 ) and (not element H) and (not element D)
411chain D and (resseq 116:335 ) and (not element H) and (not element D)
511chain E and (resseq 116:335 ) and (not element H) and (not element D)
611chain F and (resseq 116:335 ) and (not element H) and (not element D)

-
要素

#1: タンパク質
Calcium-gated potassium channel mthK


分子量: 25913.600 Da / 分子数: 6 / 断片: unp residues 107-336 / 変異: D184N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
株: Delta H / 遺伝子: mthK, MTH_1520 / プラスミド: PQE80 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-Blue / 参照: UniProt: O27564
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.8 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7
詳細: 20% PEG 3350, 0.1 M CaCl2, 0.1 M MES, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K, pH 5.7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月26日
放射モノクロメーター: DOUBLE SILICON(111) CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→49.5 Å / Num. obs: 37176 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 11.3 % / Rsym value: 0.104 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 7.4 % / Rsym value: 0.468 / % possible all: 96.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→49.488 Å / SU ML: 0.46 / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2739 1832 5 %RANDOM
Rwork0.24 ---
obs0.2417 36614 98.09 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 25.413 Å2 / ksol: 0.295 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.102 Å2-0 Å20 Å2
2---0.102 Å2-0 Å2
3---0.204 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→49.488 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10043 0 12 0 10055
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00910169
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05413760
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4773800
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0711618
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031811
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1658X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B1658X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.063
13C1653X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.044
14D1656X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.065
15E1668X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.061
16F1646X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.053
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.90010.47681790.39183141X-RAY DIFFRACTION91
2.9001-3.01620.38051720.33593289X-RAY DIFFRACTION96
3.0162-3.15350.391760.2973433X-RAY DIFFRACTION98
3.1535-3.31970.32221860.27993434X-RAY DIFFRACTION99
3.3197-3.52760.32881780.26293468X-RAY DIFFRACTION100
3.5276-3.79990.27221610.23933521X-RAY DIFFRACTION100
3.7999-4.18210.25621940.22023497X-RAY DIFFRACTION100
4.1821-4.78680.20251940.18063566X-RAY DIFFRACTION100
4.7868-6.02920.23992010.21833605X-RAY DIFFRACTION100
6.0292-49.49570.22521910.22093828X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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