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- PDB-3rbw: Crystal structure of Spire KIND domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rbw
タイトルCrystal structure of Spire KIND domain
要素Protein spire homolog 1
キーワードPROTEIN BINDING / C-lobe of protein kinases / actin nucleator / Fmn-family formins
機能・相同性
機能・相同性情報


formin-nucleated actin cable assembly / establishment of meiotic spindle localization / polar body extrusion after meiotic divisions / actin filament network formation / actin nucleation / Golgi vesicle transport / cleavage furrow formation / positive regulation of mitochondrial fission / positive regulation of double-strand break repair / intracellular transport ...formin-nucleated actin cable assembly / establishment of meiotic spindle localization / polar body extrusion after meiotic divisions / actin filament network formation / actin nucleation / Golgi vesicle transport / cleavage furrow formation / positive regulation of mitochondrial fission / positive regulation of double-strand break repair / intracellular transport / vesicle-mediated transport / cytoplasmic vesicle membrane / protein transport / actin binding / actin cytoskeleton organization / cell cortex / microtubule binding / mitochondrial outer membrane / cytoskeleton / innate immune response / perinuclear region of cytoplasm / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein Spire1 / Protein Spire / Kinase non-catalytic C-lobe domain / KIND domain / KIND domain profile. / kinase non-catalytic C-lobe domain / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein spire homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Vizcarra, C.L. / Kreutz, B. / Rodal, A.A. / Toms, A.V. / Lu, J. / Zheng, W. / Quinlan, M.E. / Eck, M.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / : 2011
タイトル: Structure of the Spire KIND domain and insights into its interaction with Fmn-family formins
著者: Vizcarra, C. / Kreutz, B. / Rodal, A. / Toms, A. / Lu, J. / Zheng, W. / Quinlan, M. / Eck, M.
履歴
登録2011年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Protein spire homolog 1
B: Protein spire homolog 1
C: Protein spire homolog 1
D: Protein spire homolog 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,1114
ポリマ-96,1114
非ポリマー00
905
1
A: Protein spire homolog 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0281
ポリマ-24,0281
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Protein spire homolog 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0281
ポリマ-24,0281
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Protein spire homolog 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0281
ポリマ-24,0281
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Protein spire homolog 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0281
ポリマ-24,0281
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.328, 66.265, 100.852
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D
13A
23B
33C
43D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1112A37 - 231
2112B37 - 231
1122C37 - 231
2122D37 - 231
1132A99 - 103
2132B99 - 103
3132C99 - 103
4132D99 - 103
1232A76 - 80
2232B76 - 80
3232C76 - 80
4232D76 - 80
1332A83 - 87
2332B83 - 87
3332C83 - 87
4332D83 - 87
1432A140 - 145
2432B140 - 145
3432C140 - 145
4432D140 - 145
1532A206 - 210
2532B206 - 210
3532C206 - 210
4532D206 - 210

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質
Protein spire homolog 1 / Spir-1


分子量: 24027.785 Da / 分子数: 4 / 断片: KIND domain (UNP residues 20-237) / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Spir1 KIND 20-237 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPIRE1, KIAA1135, SPIR1 / プラスミド: pET HisTT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q08AE8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.48 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION

-
データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→41 Å / Num. obs: 14983 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 14

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3r7g
解像度: 3.2→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 67.651 / SU ML: 0.504 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.613 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31501 743 5 %RANDOM
Rwork0.2606 ---
obs0.26325 14116 94.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 99.679 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.58 Å20 Å21.69 Å2
2---6.72 Å20 Å2
3---14.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4845 0 0 5 4850
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0214924
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3321.9616660
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9315596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.42423.241253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.615859
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9871558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2740
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213760
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4551.53040
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.77724865
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.42931884
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.7944.51795
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1A612TIGHT POSITIONAL0.030.05
1A603MEDIUM POSITIONAL0.040.5
1A612TIGHT THERMAL0.070.5
1A603MEDIUM THERMAL0.082
2C596TIGHT POSITIONAL0.020.05
2C594MEDIUM POSITIONAL0.030.5
2C596TIGHT THERMAL0.030.5
2C594MEDIUM THERMAL0.032
3A96TIGHT POSITIONAL0.040.05
3B96TIGHT POSITIONAL0.030.05
3C96TIGHT POSITIONAL0.030.05
3D96TIGHT POSITIONAL0.040.05
3A93MEDIUM POSITIONAL0.030.5
3B93MEDIUM POSITIONAL0.030.5
3C93MEDIUM POSITIONAL0.030.5
3D93MEDIUM POSITIONAL0.030.5
3A96TIGHT THERMAL0.590.5
3B96TIGHT THERMAL0.580.5
3C96TIGHT THERMAL0.580.5
3D96TIGHT THERMAL0.590.5
3A93MEDIUM THERMAL0.082
3B93MEDIUM THERMAL0.072
3C93MEDIUM THERMAL0.082
3D93MEDIUM THERMAL0.082
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.282 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.393 54 -
Rwork0.383 882 -
obs--82.39 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.59971.61170.74918.5237-0.60921.49290.03810.3535-0.1161-0.16330.1519-0.0069-0.28330.1036-0.190.4174-0.0760.11320.5121-0.02750.046722.8569-6.316642.3809
21.18970.17520.43952.79250.64012.1374-0.0123-0.0501-0.08440.2754-0.02210.3756-0.06420.06060.03450.4706-0.00450.14750.3524-0.0020.10118.7881-8.984352.2519
32.27970.9746-0.21385.58290.42540.80810.050.2734-0.0134-0.27280.124-0.1024-0.27020.0874-0.1740.404-0.0957-0.11730.39950.00430.532-2.5938-4.2375-6.7076
41.40360.42840.60432.35770.37532.48520.0281-0.00190.16490.2674-0.07410.1913-0.0484-0.01210.0460.35610.0265-0.06050.24260.00350.6839-6.5192-6.94773.1695
55.28820.2412-0.5993.29070.07362.0966-0.05180.530.1379-0.0593-0.09080.1358-0.25250.10440.14260.3863-0.08990.0540.41240.02620.3454-18.6022-21.047936.7879
68.47411.6798-1.88343.6496-0.48452.76080.0055-1.4446-0.455-0.1584-0.4313-0.1839-0.31130.22510.42580.24720.08280.00850.5190.01210.6176-29.221614.09912.5887
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A38 - 131
2X-RAY DIFFRACTION2A132 - 232
3X-RAY DIFFRACTION3B38 - 131
4X-RAY DIFFRACTION4B132 - 232
5X-RAY DIFFRACTION5C37 - 232
6X-RAY DIFFRACTION6D37 - 231

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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