PDB-3rb8: Structure of the phage tubulin PhuZ(SeMet)-GDP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3rb8

タイトル

Structure of the phage tubulin PhuZ(SeMet)-GDP

要素

Putative uncharacterized protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Tubulin

機能・相同性

機能・相同性情報

establishment of localization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / host cell cytoplasm / GTPase activity / GTP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas phage 201phi2-1 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Agard, D.A. / Pogliano, J. / Kraemer, J.A. / Erb, M.L. / Waddling, C.A. / Montabana, E.A. / Wang, H. / Nguyen, K. / Pham, S.

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2012
タイトル: A phage tubulin assembles dynamic filaments by an atypical mechanism to center viral DNA within the host cell.
著者: Kraemer, J.A. / Erb, M.L. / Waddling, C.A. / Montabana, E.A. / Zehr, E.A. / Wang, H. / Nguyen, K. / Pham, D.S. / Agard, D.A. / Pogliano, J.

履歴

登録	2011年3月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年7月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月23日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3rb8.cif.gz	134.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3rb8.ent.gz	111.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3rb8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3rb8_validation.pdf.gz	794.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3rb8_full_validation.pdf.gz	797.6 KB	表示
XML形式データ	3rb8_validation.xml.gz	13.6 KB	表示
CIF形式データ	3rb8_validation.cif.gz	17.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rb/3rb8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rb/3rb8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3r4vC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3r4v-d 3j5v-d 1qnv-d 7c4b-d 1qml-d 3zbq-d 3equ-1 7c47-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (2) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

35.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.981, 76.062, 92.758
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Putative uncharacterized protein 分子量: 34990.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas phage 201phi2-1 (ファージ) 遺伝子: 201phi2-1p059 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B3FK34
#2: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.06 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 15% PEG 6000, 0.1M Hepes, 0.5M Ammonium Acetate, 0.05M MgCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.97201, 0.97969

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月28日

放射

モノクロメーター: Double flat crystal, Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97201	1
2	0.97969	1

反射

解像度: 2.4→46.379 Å / Num. all: 25117 / Num. obs: 23023 / % possible obs: 91.67 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
SOLVE		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.6→46.379 Å / SU ML: 0.34
Isotropic thermal model: Isotropic with TLS refinement with eleven groups
σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2373	1867	9.92 %	random
R_work	0.1633	-	-	-
obs	0.1706	18830	95.32 %	-
all	-	23023	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 40.427 Å² / k_sol: 0.313 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.2866 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.2448 Å²	-0 Å²
3-	-	-	8.5313 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→46.379 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2419	0	29	14	2462

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2487
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.141	3385
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.645	922
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	404
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	435

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
2.6-2.6705	0.3415	123	0.2491	1181	1181	85
2.6705-2.749	0.3643	134	0.2537	1203	1203	88
2.749-2.8377	0.3505	133	0.2336	1223	1223	90
2.8377-2.9392	0.3427	138	0.2158	1253	1253	91
2.9392-3.0568	0.2815	136	0.2125	1271	1271	94
3.0568-3.1959	0.3134	147	0.2061	1332	1332	97
3.1959-3.3643	0.324	151	0.1935	1360	1360	99
3.3643-3.5751	0.249	154	0.1838	1346	1346	98
3.5751-3.851	0.2044	157	0.15	1329	1329	99
3.851-4.2383	0.2244	141	0.1345	1376	1376	99
4.2383-4.851	0.1678	150	0.1095	1348	1348	100
4.851-6.1095	0.1969	147	0.1451	1378	1378	100
6.1095-46.3864	0.2029	156	0.1487	1363	1363	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4376	-0.1173	0.1835	0.2989	0.0534	0.3723	-0.2409	-0.0226	0.0966	0.375	0.0152	-0.2567	-0.4987	0.1391	-0.0396	0.6371	0.0575	-0.3866	0.2404	-0.0387	0.6271	4.4315	4.7768	-1.7166
2	0.2574	0.1223	-0.4037	0.9652	-0.9981	1.3724	-0.6739	0.0922	1.0339	-0.1421	-0.2885	-0.2168	-0.8433	0.1541	-0.3363	1.0642	0.1336	-0.6223	0.6127	-0.1859	1.0126	15.3378	1.2578	2.774
3	0.3878	-0.1716	0.1849	1.2592	-0.6157	0.3549	-0.1435	-0.3146	0.1726	0.7655	0.3376	-0.1374	-0.3441	-0.083	0.0542	0.6524	0.1498	-0.1345	0.4547	0.0115	0.337	5.8419	-7.5469	0.4418
4	1.1826	-0.1424	0.3951	1.3256	0.3443	0.3878	-0.0761	0.1502	0.052	0.4865	0.1355	-0.011	0.3279	0.097	-0.0291	0.3654	0.0489	-0.0838	0.2277	0.0166	0.2402	5.6162	-10.2373	-9.1494
5	0.0576	0.1788	0.0959	0.9841	-0.3975	1.3251	-0.2244	-0.142	0.0535	-0.0748	-0.0012	-0.3685	0.0384	0.1337	0.1099	0.4147	-0.0609	0.0416	0.4572	0.0634	0.3691	4.4398	-4.8005	-16.0528
6	0.0472	-0.2227	0.0754	1.0535	-0.3535	0.3613	-0.1019	-0.0518	0.2332	0.0428	-0.1802	-0.7389	-0.1497	0.2202	-0.3389	0.8194	-0.0155	-0.4026	-0.0133	0.1721	0.6451	3.3084	7.4044	-13.46
7	0.3312	-0.1326	0.3471	1.5603	0.4785	0.633	0.0613	-0.4202	-0.1868	-0.1545	-0.1649	1.0436	0.0081	-0.4157	0.063	0.3522	-0.0259	0.0556	0.6025	0.0397	0.6554	-12.403	-4.6901	-12.2029
8	0.5	-0.0394	-0.4166	0.9815	-0.1673	0.4134	-0.7129	0.4377	0.3982	-0.7006	-0.2493	0.088	-0.7716	0.1361	-1.1284	0.5746	0.0381	-0.6264	0.3561	0.1298	0.6366	-12.1523	3.536	-23.9418
9	1.3228	-0.51	-0.5542	1.2904	-0.341	0.5104	-0.4024	-0.0795	0.4734	-0.3468	0.0751	0.5228	-0.575	-0.5213	-0.5398	0.4966	0.1734	-0.2825	0.4976	-0.0677	0.6915	-13.2321	5.7334	-18.2082
10	0.4177	0.0838	-0.4826	0.9921	0.3668	1.5117	-0.3794	0.4884	0.1639	-0.1978	0.2387	-0.5352	-0.0032	0.2427	0.0568	0.4508	-0.1126	0.0226	0.6621	-0.0905	0.4001	15.431	-13.4639	-24.709
11	2.3849	-1.1648	-0.1854	2.991	0.1304	0.5958	-0.1396	0.3501	-0.5466	0.9078	0.1846	0.5487	0.439	-0.1196	0.0286	0.5422	-0.0496	-0.0752	0.5183	0.0672	0.5026	49.9479	-20.4309	-13.0733

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 2:32)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 33:59)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 60:94)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 95:143)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESSEQ 144:160)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESSEQ 161:178)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESSEQ 179:214)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN A AND (RESSEQ 215:238)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN A AND (RESSEQ 239:271)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN A AND (RESSEQ 272:294)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN A AND (RESSEQ 295:315)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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