PDB-3r7c: The structure of a hexahestidine-tagged form of augmenter of live...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3r7c

タイトル

The structure of a hexahestidine-tagged form of augmenter of liver regeneration reveals a novel Cd(2)Cl(4)O(6) cluster that aids in crystal packing

要素

FAD-linked sulfhydryl oxidase ALR

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Novel Cd(2)Cl(4)O(6) cluster / Four-helical up-and-down bundle / all-helical FAD binding motif / FAD-linked sulfhydryl oxidase / liver regeneration / FAD binding / mitochondrial intermembrane space

機能・相同性

機能・相同性情報

flavin-dependent sulfhydryl oxidase activity / thiol oxidase / cellular response to toxic substance / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / positive regulation of DNA biosynthetic process / protein-disulfide reductase activity / cellular response to actinomycin D / liver development / liver regeneration / growth factor activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 / Cd-SAD / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Florence, Q.J. / Wu, C.-K. / Swindell II, J.T. / Wang, B.C. / Rose, J.P.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The structure of a hexahestidine-tagged form of augmenter of liver regeneration reveals a novel Cd(2)Cl(4)O(6) cluster that aids in crystal packing
著者: Florence, Q.J. / Wu, C.-K. / Habel, J.E. / Swindell II, J.T. / Wang, B.C. / Rose, J.P.

履歴

登録	2011年3月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年3月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月8日	Group: Refinement description / Structure summary / カテゴリ: audit_author / software / Item: _audit_author.name / _software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	3r7c_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
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CIF形式データ	3r7c_validation.cif.gz	31.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r7/3r7c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r7/3r7c	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1oqc
類似構造データ	1oqc-2 3g1t-d 1zjy-d 2f20-2 6y0z-d 6sdh-d 3f1k-d 2z1n-2 3q82-2 1zk4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: FAD-linked sulfhydryl oxidase ALR

B: FAD-linked sulfhydryl oxidase ALR

C: FAD-linked sulfhydryl oxidase ALR

D: FAD-linked sulfhydryl oxidase ALR

ヘテロ分子

70.7 kDa, 4 ポリマー
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1

A: FAD-linked sulfhydryl oxidase ALR

C: FAD-linked sulfhydryl oxidase ALR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: FAD-linked sulfhydryl oxidase ALR

B: FAD-linked sulfhydryl oxidase ALR

D: FAD-linked sulfhydryl oxidase ALR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.688, 99.688, 113.610
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	80
Space group name H-M	I4₁

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	FAD-linked sulfhydryl oxidase ALR / Augmenter of liver regeneration 分子量: 16612.527 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 74-198 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Alr, Gfer, Gfer (ALR) / プラスミド: pHrALR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: Q63042, thiol oxidase

#1: タンパク質

FAD-linked sulfhydryl oxidase ALR / Augmenter of liver regeneration

分子量: 16612.527 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 74-198 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Alr, Gfer, Gfer (ALR) / プラスミド: pHrALR / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: Q63042, thiol oxidase

-
非ポリマー , 5種, 258分子

#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.08 % 解説: A TOTAL OF 720 ONE-DEGREE OSCILLATION IMAGES WERE RECORDED FROM A SINGLE CRYSTAL GIVING A BIJVOET REDUNDANCY OF 15.44
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 20% PEGMME 2000, 0.1M NaOAC, 50 mM CdCl(2), see Reference 1, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K (see reference 1).

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年6月1日 / 詳細: YALE MIRRORS
放射	モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 42700 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 30.88 % / R_merge(I) obs: 0.089
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / R_merge(I) obs: 0.452 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345		データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法: Cd-SAD / 解像度: 2.4→19.64 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.211	2091	4.98 %
R_work	0.162	-	-
obs	0.165	41958	98.3 %
all	-	41958	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 25.99 Å² / k_sol: 0.34 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.2527 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.2527 Å²	-0 Å²
3-	-	-	4.5055 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3642	0	229	237	4108

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3990
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.146	5420
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.579	1484
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	515
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	691

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4003-2.456	0.2561	135	0.191	2567	X-RAY DIFFRACTION	95
2.456-2.5173	0.2897	133	0.1967	2644	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5173-2.5852	0.2856	143	0.1876	2600	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5852-2.6611	0.233	140	0.1813	2653	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6611-2.7468	0.2444	136	0.1685	2624	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7468-2.8447	0.2423	137	0.1729	2602	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8447-2.9582	0.2595	135	0.1729	2623	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9582-3.0924	0.2112	149	0.1674	2673	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0924-3.2547	0.2235	139	0.1563	2708	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2547-3.4576	0.1869	135	0.163	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4576-3.7229	0.2117	132	0.1617	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7229-4.0945	0.1822	147	0.1429	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0945-4.6799	0.1518	136	0.1209	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6799-5.87	0.1855	146	0.1547	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
5.87-19.6381	0.2036	148	0.1806	2710	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3581	-0.0942	0.0443	0.1557	0.0183	0.1276	0.1103	-0.0165	-0.0715	-0.0613	-0.0834	-0.0099	0.1007	-0.0073	-0.0021	0.0984	0.0013	0.0057	0.0796	-0.0009	0.0728	43.7887	28.8388	41.4438
2	0.3372	0.0669	0.1368	0.2643	0.1197	0.1152	0.0035	-0.0111	0.0683	0.0321	-0.1131	0.0685	-0.0044	0.0964	0.0507	0.0794	-0.0421	-0.0133	0.1859	0.0043	0.1046	44.3124	38.5352	47.3434
3	0.1061	0.0323	0.015	0.0115	-0	0.0127	-0.0573	0.1437	0.0534	-0.0608	0.0477	0.0077	-0.0693	0.0587	-0.0278	0.1002	-0.0437	0.0569	0.1369	0.1051	-0.0087	48.1183	37.3209	31.3697
4	0.1765	0.0273	0.0181	0.8215	-0.291	0.2024	-0.0054	-0.0144	-0.0003	0.1208	-0.0444	0.1076	-0.0295	0.0259	0.0171	0.1394	0.0048	-0.015	0.1428	-0.0161	0.1169	22.5283	45.077	66.7171
5	0.2162	0.0662	-0.0377	0.3264	-0.1059	0.1536	-0.0715	0.1021	0.1144	0.0374	0.1202	-0.0535	-0.0555	0.0262	0.0113	0.0767	-0.0203	-0.0062	0.0815	-0.0145	0.1533	33.902	48.8279	52.2108
6	0.0567	0.0377	-0.0758	0.0752	0.0097	0.1716	-0.067	-0.0318	-0.0358	0.0578	0.0463	-0.0053	0.0291	-0.0175	-0.0424	0.1659	0.0294	-0.0409	0.1256	0.0597	0.164	26.3838	33.5065	63.2314
7	0.0179	0.0471	-0.0016	0.1272	0.0072	0.026	-0.0134	0.0012	0.0396	-0.0321	0.04	-0.0326	0.0014	-0.0446	0.0028	0.1225	-0.0236	-0.0078	0.1585	-0.0438	0.1189	30.1464	38.1703	49.9996
8	0.1466	0.0721	0.0801	0.0363	0.0409	0.0747	-0.0672	0.096	0.0205	-0.0328	-0.0098	0.033	-0.0394	0.009	-0.0861	0.0327	-0.0188	-0.0584	0.0893	-0.0679	0.1338	20.4656	41.6269	52.5848
9	0.1705	0.0229	-0.0361	0.0642	0.0458	0.1812	-0.0665	-0.0012	-0.1023	-0.0379	0.0253	0.1045	-0.0632	-0.105	-0.0154	0.0931	0.0438	-0.0268	0.176	0.0138	0.2355	12.2734	51.2835	54.7869
10	0.0356	0.0278	-0.0242	0.0229	-0.0235	0.0652	-0.0196	0.0166	-0.0707	-0.0301	0.0434	-0.0542	0.0353	0.0315	0.0171	0.0929	0.0262	0.0358	0.0661	0.0139	0.1157	51.0609	21.0778	37.769
11	0.0366	-0.0552	0.0593	0.188	-0.0278	0.168	-0.0665	0.0093	0.0013	0.1416	-0.0245	0.0922	-0.026	0.0544	0.0096	0.1551	-0.04	0.0036	0.0958	0.0083	0.128	41.0728	22.865	53.447
12	0.3884	0.09	-0.5287	0.0387	-0.0609	1.1113	-0.1321	0.0045	-0.0964	-0.0167	-0.1081	-0.0716	0.2314	-0.0744	0.1553	0.1843	-0.0264	0.0744	0.1839	-0.0411	0.2677	38.4359	13.2671	39.5912
13	0.0988	0.0147	-0.0318	0.0025	0.0081	0.0906	-0.0376	-0.0328	-0.1334	0.0142	-0.0169	-0.0272	0.0791	-0.0106	0.0222	0.1979	0.0276	0.0386	0.0887	0.017	0.2009	47.9975	10.479	48.2591
14	0.7127	-0.2079	0.0618	0.1886	0.0534	0.0821	0.0074	0.0258	0.1308	0.0453	-0.0091	-0.1421	0.0065	0.0313	0.0047	0.1245	0.0415	-0.0588	0.2708	0.0452	0.2564	58.425	13.3495	50.7709
15	0.1212	0.1652	-0.0039	0.4231	0.0537	0.0513	0.0443	0.1702	-0.1195	-0.0296	-0.193	-0.2929	0.0249	0.1254	0.1019	0.3028	0.1091	-0.1689	0.5466	0.1094	0.5802	66.0245	16.7098	52.3698
16	0.0943	-0.0136	-0.0556	0.1705	-0.0964	0.1259	0.0149	-0.0062	0.0031	0.0559	0.1442	-0.022	-0.031	0.1108	0.2087	0.1376	0.0119	-0.0911	0.1193	-0.0673	0.1016	33.3346	47.9326	65.8725
17	0.947	0.2227	0.1441	0.2283	-0.3324	0.7819	0.0613	-0.047	0.2951	0.03	0.0548	-0.1304	-0.1999	0.0676	-0.0595	0.222	-0.0707	0.0877	0.119	-0.0277	0.3094	33.1226	61.8031	63.5339
18	2.7937	0.8308	0.0948	0.5684	0.5641	1.8865	0.0651	-0.0715	0.2456	-0.0044	0.0692	0.0743	0.0615	0.0826	-0.089	0.3965	-0.0407	-0.0832	0.366	-0.0788	0.3422	45.1922	50.701	68.8355
19	0.0129	0.0106	0.0039	0.0519	0.0343	0.0324	-0.0191	-0.0618	0.0182	0.0769	0.0161	0.0042	0.0514	0.0017	-0.0174	0.2523	0.009	-0.1758	0.0766	-0.0939	0.1337	33.3634	50.0495	79.5684

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESSEQ 14:59)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESSEQ 60:82)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESSEQ 83:124)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'B' AND (RESSEQ 14:35)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'B' AND (RESSEQ 36:59)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'B' AND (RESSEQ 60:68)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESSEQ 69:82)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESSEQ 83:101)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESSEQ 102:124)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'C' AND (RESSEQ 14:35)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'C' AND (RESSEQ 36:59)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'C' AND (RESSEQ 60:75)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN 'C' AND (RESSEQ 76:107)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN 'C' AND (RESSEQ 108:115)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN 'C' AND (RESSEQ 116:124)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN 'D' AND (RESSEQ 14:59)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN 'D' AND (RESSEQ 60:72)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN 'D' AND (RESSEQ 73:82)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	CHAIN 'D' AND (RESSEQ 83:124)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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