ソフトウェア 名称 バージョン 分類 NB REFMAC5.5.0109精密化 Show PDB_EXTRACT3.1 データ抽出 Show SBC-Collectデータ収集 HKL-3000データ削減 HKL-3000データスケーリング HKL-3000位相決定 MLPHARE位相決定 直接法位相決定 SHELXDE位相決定 RESOLVE位相決定 ARP/wARPモデル構築 Cootモデル構築
精密化 構造決定の手法 : 単波長異常分散 / 解像度 : 1.845→71.725 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.963 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.947 / Occupancy max : 1 / Occupancy min : 0.3 / SU B : 5.948 / SU ML : 0.082 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / ESU R : 0.412 / ESU R Free : 0.124 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDEDRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.2043 2026 5 % RANDOM Rwork 0.1622 - - - all 0.1643 40380 - - obs 0.1643 40380 99.91 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.4 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso max : 90.71 Å2 / Biso mean : 30.9778 Å2 / Biso min : 15.21 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -1.4 Å2 0 Å2 0 Å2 2- - -1.4 Å2 0 Å2 3- - - 2.79 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 1.845→71.725 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 3516 0 30 322 3868
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.015 0.022 3758 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.362 1.974 5091 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg5.44 5 486 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg35.692 25.879 165 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg13.961 15 710 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg15.77 15 16 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.095 0.2 580 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.006 0.02 2774 X-RAY DIFFRACTION r_mcbond_it1.323 1.5 2344 X-RAY DIFFRACTION r_mcangle_it2.263 2 3793 X-RAY DIFFRACTION r_scbond_it3.379 3 1414 X-RAY DIFFRACTION r_scangle_it5.279 4.5 1298 X-RAY DIFFRACTION r_rigid_bond_restr1.648 3 3758
LS精密化 シェル 解像度 : 1.845→1.893 Å / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.256 147 - Rwork 0.171 2708 - all - 2855 - obs - 2855 99.76 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 6) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 0.4724 0.2843 -0.1426 0.3648 -0.0532 0.0486 -0.0069 0.0022 -0.0147 0.0034 0.0005 -0.0006 0.0026 -0.0005 0.0065 0.016 0.004 0.0009 0.0136 0.0012 0.0075 6.855 18.9038 27.342 2 0.4016 0.0242 0.2001 0.222 -0.0196 0.2928 -0.0107 -0.0375 0.0362 0.0064 0.0001 0.0159 -0.0254 -0.0094 0.0107 0.018 0.0023 0.0008 0.0149 -0.0039 0.0159 12.7538 43.262 21.0015 3 0.0381 0.0087 0.0147 0.0161 -0.0153 0.0311 -0.0003 -0.0042 0.0053 -0.0007 -0.0009 -0.0002 0.0002 -0.0006 0.0012 0.0176 0.0003 0.001 0.0191 0.0005 0.0121 -2.4037 26.0821 23.6011 4 0.0878 0.0087 0.0095 0.2172 0.088 0.1085 -0.0051 -0.0002 0.0155 -0.001 0.0054 0.0031 -0.0131 0.0028 -0.0003 0.014 0.0008 -0.0014 0.0174 0 0.0162 -23.3171 36.1815 6.7498 5 0.1549 0.129 -0.2165 0.2484 -0.17 0.329 -0.0046 -0.0176 -0.0172 -0.0119 -0.0087 -0.0172 0.0136 0.024 0.0132 0.015 -0.0001 0.0027 0.02 0.0001 0.0089 -13.2911 19.0124 -9.8066 6 0.1713 -0.0217 -0.046 0.0604 0.0229 0.1761 -0.001 0.0086 0.0425 -0.0044 -0.0036 -0.0087 -0.0127 0.0171 0.0046 0.0139 -0.0041 0.0004 0.0143 0.0014 0.0245 -12.1134 38.8497 2.5714
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 A4 - 94 2 X-RAY DIFFRACTION 2 A95 - 147 3 X-RAY DIFFRACTION 3 A148 - 230 4 X-RAY DIFFRACTION 4 B5 - 94 5 X-RAY DIFFRACTION 5 B95 - 147 6 X-RAY DIFFRACTION 6 B148 - 232