PDB-3r7a: Crystal structure of phosphoglycerate mutase from Bacillus anthra...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3r7a

タイトル

Crystal structure of phosphoglycerate mutase from Bacillus anthracis str. Sterne

要素

Phosphoglycerate mutase, putative

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / phosphoglycerate mutase / catalyzes the internal transfer of a phosphate group from C-3 to C-2 which results in the conversion of 3-phosphoglycerate (3PG) to 2-phosphoglycerate (2PG)

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of pentose-phosphate shunt / fructose-2,6-bisphosphate 2-phosphatase activity / negative regulation of glycolytic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus anthracis (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.845 Å

データ登録者

Chang, C. / Chhor, G. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of phosphoglycerate mutase from Bacillus anthracis str. Sterne
著者: Chang, C. / Chhor, G. / Clancy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2011年3月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年4月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3r7a.cif.gz	207.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3r7a.ent.gz	167.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3r7a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3r7a_validation.pdf.gz	448.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3r7a_full_validation.pdf.gz	451.9 KB	表示
XML形式データ	3r7a_validation.xml.gz	25.3 KB	表示
CIF形式データ	3r7a_validation.cif.gz	34.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r7/3r7a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r7/3r7a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6f49-4 3svn-3 5mbg-d 4ybm-1 5qio-d 3ess-d 5qiv-d 2q3a-d 3lbd-d 5pyz-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC100014

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (4) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (4) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphoglycerate mutase, putative

B: Phosphoglycerate mutase, putative

ヘテロ分子

53.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phosphoglycerate mutase, putative

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Phosphoglycerate mutase, putative

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.435, 101.435, 88.936
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-375- HOH
2	1	B-284- HOH

#1: タンパク質	Phosphoglycerate mutase, putative / Putative phosphoglycerate mutase 分子量: 26346.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Sterne / 遺伝子: BAS3287, BA_3545, GBAA3545, GBAA_3545 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: Q81YJ8, UniProt: A0A6L8PQE4*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 322 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.34 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1M Bis-Tris Propane pH 7.0, 2.5 M Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97912 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月9日
放射	モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97912 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.845→71.725 Å / Num. all: 40475 / Num. obs: 40445 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 16.1 % / R_merge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 46.4
反射シェル	解像度: 1.845→1.88 Å / 冗長度: 15.3 % / R_merge(I) obs: 0.747 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 1967 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
SHELXDE		位相決定
RESOLVE		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.845→71.725 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 5.948 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.412 / ESU R Free: 0.124
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2043	2026	5 %	RANDOM
R_work	0.1622	-	-	-
all	0.1643	40380	-	-
obs	0.1643	40380	99.91 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 90.71 Å² / B_iso mean: 30.9778 Å² / B_iso min: 15.21 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.4 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.4 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.845→71.725 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3516	0	30	322	3868

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	3758
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.362	1.974	5091
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.44	5	486
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.692	25.879	165
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.961	15	710
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.77	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	580
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2774
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.323	1.5	2344
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.263	2	3793
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.379	3	1414
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.279	4.5	1298
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.648	3	3758

LS精密化シェル

解像度: 1.845→1.893 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.256	147	-
R_work	0.171	2708	-
all	-	2855	-
obs	-	2855	99.76 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4724	0.2843	-0.1426	0.3648	-0.0532	0.0486	-0.0069	0.0022	-0.0147	0.0034	0.0005	-0.0006	0.0026	-0.0005	0.0065	0.016	0.004	0.0009	0.0136	0.0012	0.0075	6.855	18.9038	27.342
2	0.4016	0.0242	0.2001	0.222	-0.0196	0.2928	-0.0107	-0.0375	0.0362	0.0064	0.0001	0.0159	-0.0254	-0.0094	0.0107	0.018	0.0023	0.0008	0.0149	-0.0039	0.0159	12.7538	43.262	21.0015
3	0.0381	0.0087	0.0147	0.0161	-0.0153	0.0311	-0.0003	-0.0042	0.0053	-0.0007	-0.0009	-0.0002	0.0002	-0.0006	0.0012	0.0176	0.0003	0.001	0.0191	0.0005	0.0121	-2.4037	26.0821	23.6011
4	0.0878	0.0087	0.0095	0.2172	0.088	0.1085	-0.0051	-0.0002	0.0155	-0.001	0.0054	0.0031	-0.0131	0.0028	-0.0003	0.014	0.0008	-0.0014	0.0174	0	0.0162	-23.3171	36.1815	6.7498
5	0.1549	0.129	-0.2165	0.2484	-0.17	0.329	-0.0046	-0.0176	-0.0172	-0.0119	-0.0087	-0.0172	0.0136	0.024	0.0132	0.015	-0.0001	0.0027	0.02	0.0001	0.0089	-13.2911	19.0124	-9.8066
6	0.1713	-0.0217	-0.046	0.0604	0.0229	0.1761	-0.001	0.0086	0.0425	-0.0044	-0.0036	-0.0087	-0.0127	0.0171	0.0046	0.0139	-0.0041	0.0004	0.0143	0.0014	0.0245	-12.1134	38.8497	2.5714

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 94
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	95 - 147
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	148 - 230
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	5 - 94
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	95 - 147
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	148 - 232

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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