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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3r50 | ||||||
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タイトル | Structure analysis of a wound-inducible lectin ipomoelin from sweet potato | ||||||
![]() | Ipomoelin | ||||||
![]() | Carbohydrate-binding protein / beta prism / Carbohydrate/Sugar Binding | ||||||
機能・相同性 | ![]() defense response to insect / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / response to wounding / carbohydrate binding / protein homotetramerization 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Liu, K.L. / Chang, W.C. / Jeng, S.T. / Cheng, Y.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Ipomoelin, a jacalin-related lectin with a compact tetrameric association and versatile carbohydrate binding properties regulated by its N terminus. 著者: Chang, W.C. / Liu, K.L. / Hsu, F.C. / Jeng, S.T. / Cheng, Y.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 160.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 127.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 463.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 478.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 33.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 47.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17345.420 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.16 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.005 M ferric chloride, 0.05 M sodium citrate, 5% jeffamine M-600 against a reservoir of 0.01 M ferric chloride, 0.1 M sodium citrate, 10% jeffamine M-600, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING ...詳細: 0.005 M ferric chloride, 0.05 M sodium citrate, 5% jeffamine M-600 against a reservoir of 0.01 M ferric chloride, 0.1 M sodium citrate, 10% jeffamine M-600, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月6日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.27→30 Å / Num. obs: 51599 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 28.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 18.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.27→2.35 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.457 / Mean I/σ(I) obs: 4.65 / Num. unique all: 5264 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1OUW 解像度: 2.27→26.21 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 344672.22 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 29.1792 Å2 / ksol: 0.279667 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.27→26.21 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.27→2.41 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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