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万見
- PDB-3r4c: Divergence of Structure and Function Among Phosphatases of the Ha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r4c
タイトルDivergence of Structure and Function Among Phosphatases of the Haloalkanoate (HAD) Enzyme Superfamily: Analysis of BT1666 from Bacteroides thetaiotaomicron
要素Hydrolase, haloacid dehalogenase-like hydrolase
キーワードHYDROLASE / haloalkanoate dehalogenase enzyme superfamily / phosphohydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatase activity / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hypothetical cof family signature 1. / Hypothetical Protein, Haloacid Dehalogenase-like Hydrolase; Chain: A; domain 2 - #10 / Cof family / Hypothetical cof family signature 2. / Hypothetical Protein, Haloacid Dehalogenase-like Hydrolase; Chain: A; domain 2 / HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIB / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily ...Hypothetical cof family signature 1. / Hypothetical Protein, Haloacid Dehalogenase-like Hydrolase; Chain: A; domain 2 - #10 / Cof family / Hypothetical cof family signature 2. / Hypothetical Protein, Haloacid Dehalogenase-like Hydrolase; Chain: A; domain 2 / HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIB / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hydrolase, haloacid dehalogenase-like hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Allen, K.N. / Lu, Z. / Dunaway-Mariano, D.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2011
タイトル: The X-ray crystallographic structure and specificity profile of HAD superfamily phosphohydrolase BT1666: Comparison of paralogous functions in B. thetaiotaomicron.
著者: Lu, Z. / Dunaway-Mariano, D. / Allen, K.N.
履歴
登録2011年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydrolase, haloacid dehalogenase-like hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2715
ポリマ－28,9581
非ポリマー3124
水5,981332
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.765, 70.666, 72.426
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Hydrolase, haloacid dehalogenase-like hydrolase


分子量: 28958.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
株: VPI-5482 / 遺伝子: BT1666, BT_1666 / プラスミド: PET15B-BT1666 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta DE3 plysS / 参照: UniProt: Q8A759
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.24 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris, 0.2 M ammonium sulfate, 25% w/v PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年3月16日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→50 Å / Num. all: 24886 / Num. obs: 24886 / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 1.82→1.89 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.557 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 2449 / Rsym value: 0.557 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1YMQ

1ymq


解像度: 1.82→18.107 Å / SU ML: 0.37 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.89 / σ(I): 2 / 位相誤差: 18.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1975 1264 5.09 %RANDOM
Rwork0.1643 ---
obs0.166 24832 99.4 %-
all-24886 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.679 Å2 / ksol: 0.321 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→18.107 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2030 0 16 332 2378
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062115
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0022873
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.65764
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073332
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005373
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8189-1.89160.28571150.20582488X-RAY DIFFRACTION50
1.8916-1.97760.22911330.1852590X-RAY DIFFRACTION52
1.9776-2.08170.21761580.16662576X-RAY DIFFRACTION52
2.0817-2.2120.20371410.15942616X-RAY DIFFRACTION53
2.212-2.38240.20081360.1552602X-RAY DIFFRACTION53
2.3824-2.62150.17511360.16622626X-RAY DIFFRACTION53
2.6215-2.99940.21731410.17232630X-RAY DIFFRACTION53
2.9994-3.77320.17621410.15552681X-RAY DIFFRACTION54
3.7732-18.10740.17821630.14352759X-RAY DIFFRACTION56
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.00080.04730.03210.04210.00580.04440.0593-0.1008-0.2226-0.0169-0.0618-0.0128-0.19140.145-00.1379-0.00380.0140.31890.01840.131220.3834-2.7473-32.9916
20.3528-0.2714-0.14290.27130.01080.1547-0.0024-0.16040.2072-0.0362-0.10470.028-0.23140.03190.00010.1832-0.0376-0.02450.24790.02960.130211.06629.8944-13.2396
30.8354-0.34910.22720.0952-0.21030.1805-0.01440.04240.1473-0.0089-0.00370.0661-0.0937-0.1083-0.00040.151-0-0.00330.23930.01760.097-3.51312.9681-14.7162
40.4296-0.1117-0.08280.08560.11260.2109-0.0684-0.09020.07160.03070.24890.26770.1077-0.4146-0.01010.1374-0.03950.00920.33810.03970.0985-13.5271-8.40882.8854
50.1107-0.1029-0.09030.12140.0844-0.00250.0505-0.58980.29960.07290.067-0.0318-0.191-0.05270.00050.1207-0.00440.01810.4358-0.07180.1372-6.74871.25169.8375
60.3009-0.05440.02880.10410.09250.11160.20690.03890.233-0.1293-0.0614-0.2677-0.2143-0.22310.00260.1606-0.0054-0.00280.3909-0.0570.1438-15.39012.01075.273
70.0159-0.01430.03280.04720.00190.0282-0.16450.15730.1302-0.2175-0.1567-0.1240.1375-0.1081-0.00010.17680.05090.01060.4589-0.00380.1575-20.0999-1.245-5.3088
80.11730.2171-0.10360.03250.20880.09210.0173-0.1832-0.09250.0705-0.0106-0.0985-0.0716-0.03580.06920.1020.0055-0.0060.3440.03990.0698-4.599-10.12632.944
90.6336-0.24120.3499-0.05990.02650.196-0.00330.0368-0.03150.0063-0.0653-0.01760.05050.071600.1078-0.00730.00970.21350.0040.06442.9503-7.1345-12.3582
100.2028-0.02910.01470.1710.06760.09670.0416-0.0694-0.03160.0023-0.1747-0.20230.08630.5887-00.1216-0.0181-0.00540.3830.05990.113118.91360.28-12.4035
110.04650.1569-0.11950.0343-0.0690.1273-0.1490.0229-0.5930.21840.53450.80040.2191-0.819700.2276-0.04930.01590.69550.1240.3574-2.3524-1.8802-6.2045
120.55290.0549-0.23340.0943-0.05880.5374-0.0141-0.03480.02820.0209-0.0124-0.0128-0.0012-0.01800.1284-0.0091-0.00250.2331-0.00050.08821.4055-2.3289-9.6648
130000000000000000.0627-0.0069-0.01640.18110.01420.06027.44090.4717-6.4397
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid -9:4)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 5:35)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 36:86)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 87:108)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 109:126)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 127:137)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 138:143)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 144:158)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 159:225)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 226:258)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain C and resid 1:3)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain E and resid 1:337)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 1:1)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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