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- PDB-3r3u: Crystal Structure of the Fluoroacetate Dehalogenase RPA1163 - WT/apo -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r3u
タイトルCrystal Structure of the Fluoroacetate Dehalogenase RPA1163 - WT/apo
要素Fluoroacetate dehalogenase
キーワードHYDROLASE / FAcD / Defluorinase / Alpha/Beta Hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


haloacetate dehalogenase / haloacetate dehalogenase activity
類似検索 - 分子機能
Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Fluoroacetate dehalogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Chan, P.W.Y. / Yakunin, A.F. / Edwards, E.A. / Pai, E.F.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2011
タイトル: Mapping the reaction coordinates of enzymatic defluorination.
著者: Chan, P.W. / Yakunin, A.F. / Edwards, E.A. / Pai, E.F.
履歴
登録2011年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fluoroacetate dehalogenase
B: Fluoroacetate dehalogenase
C: Fluoroacetate dehalogenase
D: Fluoroacetate dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,61311
ポリマ－136,2954
非ポリマー3187
水18,7181039
1
A: Fluoroacetate dehalogenase
B: Fluoroacetate dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,3366
ポリマ－68,1472
非ポリマー1884
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2700 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area21980 Å2
手法PISA
2
C: Fluoroacetate dehalogenase
D: Fluoroacetate dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,2775
ポリマ－68,1472
非ポリマー1303
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2620 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area21500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.230, 122.700, 132.660
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Fluoroacetate dehalogenase


分子量: 34073.660 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
株: CGA009 / 遺伝子: RPA1163 / プラスミド: p15TV-L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6NAM1, haloacetate dehalogenase
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1039 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.65 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 16-20% PEG3350, 0.2M NH4Cl, 0.1M sodium cacodylate. Microseeded using parent crystals grown with the supplementation of 4% sucrose, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9785646 Å
検出器日付: 2006年8月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785646 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→90.17 Å / Num. obs: 189118 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 26.758 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 17.95
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.55-1.590.4853.336711513867199.8
1.59-1.630.40446589313559199.8
1.63-1.680.3214.966393413156199.9
1.68-1.730.2596.086211112748199.8
1.73-1.790.2047.616062112434199.8
1.79-1.850.1579.515850611964199.8
1.85-1.920.11712.015687611647199.8
1.92-20.08715.335452811160199.8
2-2.090.0718.55222710688199.8
2.09-2.190.05921.455004510266199.8
2.19-2.310.05124.15475739775199.8
2.31-2.450.04526.41448759255199.8
2.45-2.620.04128.71419528687199.6
2.62-2.830.0430.8391928112199.6
2.83-3.10.07134.85608947514199.7
3.1-3.470.06638.296483168291100
3.47-40.05841.1577856031199.9
4-4.90.05241.94490105144199.5
4.9-6.930.05241.29377934001199

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→90.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 1.688 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.084 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2019 8616 5 %RANDOM
Rwork0.1702 ---
obs0.1718 172070 99.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 59.4 Å2 / Biso mean: 21.1938 Å2 / Biso min: 8.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.64 Å20 Å20 Å2
2---0.55 Å20 Å2
3----0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→90.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9452 0 7 1039 10498
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.0219966
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026840
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1221.94113597
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.123316490
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.43751227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.97622.611471
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.982151493
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3571578
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1460.21378
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.02111335
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022207
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4011.56092
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4691.52427
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.18429749
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.12333874
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7334.53848
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 595 -
Rwork0.262 12013 -
all-12608 -
obs--99.78 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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