+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3r3q | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of the yeast Vps23 UEV domain | ||||||
![]() | Suppressor protein STP22 of temperature-sensitive alpha-factor receptor and arginine permease | ||||||
![]() | PROTEIN TRANSPORT / endosomal sorting / ESCRT-I | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of protein polyubiquitination / ESCRT I complex / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / ATP export / protein targeting to vacuole / late endosome to vacuole transport / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / protein targeting to membrane / reticulophagy / ubiquitin binding ...negative regulation of protein polyubiquitination / ESCRT I complex / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / ATP export / protein targeting to vacuole / late endosome to vacuole transport / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / protein targeting to membrane / reticulophagy / ubiquitin binding / protein modification process / cytoplasmic side of plasma membrane / late endosome membrane / endosome / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ren, X. / Hurley, J.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for endosomal recruitment of ESCRT-I by ESCRT-0 in yeast. 著者: Ren, X. / Hurley, J.H. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 52.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 35.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 18009.535 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal UEV domain (UNP residues 1-160) / 変異: C133A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: STP22, VPS23, YCL008C, YCL8C / プラスミド: pGST2 / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|
-非ポリマー , 5種, 143分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/IMD.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/IMD.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-CL / | #4: 化合物 | ChemComp-IMD / #5: 化合物 | ChemComp-ACT / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.92 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.2 M zinc acetate, 0.1 M imidazole, 25% 1,2-propanediol, 10% glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月10日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.45→50 Å / Num. all: 28882 / Num. obs: 27632 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 10.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 22.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.48 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.689 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 1389 / % possible all: 98.9 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1UZX 解像度: 1.45→33.618 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 0.14 / 位相誤差: 15.43 / 立体化学のターゲット値: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.448 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.45→33.618 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|