[日本語] English
万見
- PDB-3r2u: 2.1 Angstrom Resolution Crystal Structure of Metallo-beta-lactama... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r2u
タイトル2.1 Angstrom Resolution Crystal Structure of Metallo-beta-lactamase from Staphylococcus aureus subsp. aureus COL
要素Metallo-beta-lactamase family protein
キーワードHYDROLASE / Metallo-beta-lactamase Family Protein / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


sulfur dioxygenase activity / glutathione metabolic process / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Persulfide dioxygenase-like, MBL-fold metallo-hydrolase domain / : / Rhodanese-like domain / Oxidized Rhodanese; domain 1 / Rhodanese Homology Domain / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain / Metallo-beta-lactamase superfamily ...Persulfide dioxygenase-like, MBL-fold metallo-hydrolase domain / : / Rhodanese-like domain / Oxidized Rhodanese; domain 1 / Rhodanese Homology Domain / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Metallo-beta-lactamase family protein / Metallo-beta-lactamase family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Halavaty, A. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Kiryukhina, O. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: 2.1 Angstrom Resolution Crystal Structure of Metallo-beta-lactamase Family Protein from Staphylococcus aureus subsp. aureus COL
著者: Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Halavaty, A. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Kiryukhina, O. / Papazisi, L. / Anderson, W.F.
履歴
登録2011年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Metallo-beta-lactamase family protein
B: Metallo-beta-lactamase family protein
C: Metallo-beta-lactamase family protein
D: Metallo-beta-lactamase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)209,22914
ポリマ－208,8484
非ポリマー38010
水21,8701214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9950 Å2
ΔGint-150 kcal/mol
Surface area52220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.484, 92.484, 385.395
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

-
要素

#1: タンパク質
Metallo-beta-lactamase family protein


分子量: 52212.102 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: COL / 遺伝子: SACOL0046 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: Q5HJV1, UniProt: A0A0H2X0Y8*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.66 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Protein: 7.6mG/mL, 0.25M Sodium chloride, 0.01M Tris, pH 8.3. Screen: Classics II, H1, 0.2M Magnesium chloride, 0.1M Tris, pH 8.5, 25% (w.v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月17日 / 詳細: Beryllium lenses
放射モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 98474 / Num. obs: 98474 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 28.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 20.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.486 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 4798 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHENIXモデル構築
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→29.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 8.15 / SU ML: 0.098
Isotropic thermal model: Atomic Thermal Factors Individually Refined
交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19727 4909 5 %RANDOM
Rwork0.15638 ---
all0.15845 93414 --
obs0.15845 93414 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.322 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.37 Å20 Å2-0 Å2
2--0.37 Å2-0 Å2
3----0.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10720 0 10 1214 11944
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02111537
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027587
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3981.93615717
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.838318608
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.37951450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.30325.13577
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.734151881
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0621534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.21668
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02113239
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022319
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0081.57063
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2791.52879
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.78211449
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.75534474
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2484.54268
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.157 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 343 -
Rwork0.185 6667 -
obs-6667 98.69 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8445-0.23080.34530.9802-0.23651.2426-0.0502-0.1363-0.10590.04380.08630.103-0.0019-0.1364-0.0360.00760.01860.01620.06560.04590.0518-34.384834.324429.6004
21.6009-0.5550.97731.2405-0.23041.6155-0.2191-0.10760.24690.13630.0671-0.0641-0.429-0.09870.15190.17850.0734-0.01810.12910.0010.0812-27.405148.847740.7592
31.07690.1964-0.66921.1346-0.51751.35530.0212-0.08060.00790.0166-0.0449-0.1217-0.12470.11970.02360.03620.0186-0.00250.05630.01890.0795-25.771251.01819.2353
40.8709-0.0499-0.17150.961-0.23531.2613-0.0128-0.08210.02220.06990.006-0.1256-0.03120.11110.00690.02470.0263-0.02360.10.01510.0589-2.149229.708632.7369
52.6184-1.2645-0.361.9907-0.41881.4677-0.0826-0.2108-0.3460.15270.12190.08480.1647-0.0359-0.03930.09250.0301-0.02870.12690.05030.0922-12.429218.081445.4994
60.95450.03680.74371.15110.31863.2283-0.0256-0.0594-0.1927-0.09640.030.04820.6663-0.2495-0.00440.2136-0.03020.03060.12840.02240.1667-6.957410.383513.7424
71.16340.0111-0.25630.7730.20071.06980.07320.19980.0414-0.1224-0.02790.0494-0.0049-0.0356-0.04530.06460.0538-0.01340.07520.01770.0656-27.764736.5665-21.1509
82.8505-0.5608-0.18511.31990.40911.8430.07560.3984-0.4801-0.1374-0.12080.27950.3342-0.23820.04520.20610.0307-0.05350.2166-0.10680.1686-26.918320.5351-32.3921
91.40630.63990.49951.7111-0.05722.96660.1480.0291-0.19710.0403-0.0279-0.0510.4792-0.0253-0.12010.09290.0005-0.02780.0035-0.00210.1107-36.361519.9774-1.4848
100.9376-0.09320.24910.9337-0.02191.59170.10140.1029-0.1296-0.0892-0.1125-0.0480.20170.10.01110.08770.07190.03030.1128-0.02250.09150.450320.0952-17.1036
111.98930.4448-0.61341.2909-0.64241.40030.04610.19550.186-0.0924-0.0907-0.1741-0.21630.18160.04460.18160.0720.04310.20710.0170.11222.534234.3633-30.7913
120.8918-0.0367-0.11831.71970.44271.10520.02260.01640.1276-0.0621-0.001-0.0048-0.03610.1381-0.02160.0039-0.00480.00970.12190.02670.09094.798139.81481.6002
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 152
2X-RAY DIFFRACTION2A153 - 238
3X-RAY DIFFRACTION3A239 - 346
4X-RAY DIFFRACTION4B-3 - 152
5X-RAY DIFFRACTION5B153 - 238
6X-RAY DIFFRACTION6B239 - 346
7X-RAY DIFFRACTION7C-1 - 152
8X-RAY DIFFRACTION8C153 - 235
9X-RAY DIFFRACTION9C236 - 346
10X-RAY DIFFRACTION10D-1 - 152
11X-RAY DIFFRACTION11D153 - 238
12X-RAY DIFFRACTION12D239 - 346

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る