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万見
- PDB-3r2c: Crystal Structure of Antitermination Factors NusB and NusE in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r2c
タイトルCrystal Structure of Antitermination Factors NusB and NusE in complex with BoxA RNA
要素
  • 30S ribosomal protein S10
  • 5'-R(*GP*GP*CP*UP*CP*CP*UP*UP*GP*GP*CP*A)-3'
  • N utilization substance protein B
キーワードTRANSCRIPTION/RNA / cross species NusB-NusE-RNA interaction / transcription elongation / gene regulation / protein-RNA interaction / TRANSCRIPTION-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription antitermination / DNA-templated transcription termination / small ribosomal subunit / tRNA binding / structural constituent of ribosome / translation / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
N-utilizing Substance Protein B Homolog; Chain A / NusB-like / NusB antitermination factor / NusB/RsmB/TIM44 / NusB family / NusB-like superfamily / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S10, conserved site / Ribosomal protein S10 signature. / Ribosomal protein S10 ...N-utilizing Substance Protein B Homolog; Chain A / NusB-like / NusB antitermination factor / NusB/RsmB/TIM44 / NusB family / NusB-like superfamily / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S10, conserved site / Ribosomal protein S10 signature. / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S10 domain / Ribosomal protein S10 domain superfamily / Ribosomal protein S10p/S20e / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / RNA / RNA (> 10) / Small ribosomal subunit protein uS10 / Transcription antitermination protein NusB
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.902 Å
データ登録者Stagno, J.R. / Ji, X.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2011
タイトル: Structural basis for RNA recognition by NusB and NusE in the initiation of transcription antitermination.
著者: Stagno, J.R. / Altieri, A.S. / Bubunenko, M. / Tarasov, S.G. / Li, J. / Court, D.L. / Byrd, R.A. / Ji, X.
履歴
登録2011年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年10月5日Group: Database references
改定 1.32017年7月26日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.42017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / chem_comp_atom ...audit_author / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation_author / database_2 / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62023年9月13日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N utilization substance protein B
B: N utilization substance protein B
J: 30S ribosomal protein S10
K: 30S ribosomal protein S10
R: 5'-R(*GP*GP*CP*UP*CP*CP*UP*UP*GP*GP*CP*A)-3'
S: 5'-R(*GP*GP*CP*UP*CP*CP*UP*UP*GP*GP*CP*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,07618
ポリマ－60,8976
非ポリマー1,17912
水4,306239
1
A: N utilization substance protein B
J: 30S ribosomal protein S10
R: 5'-R(*GP*GP*CP*UP*CP*CP*UP*UP*GP*GP*CP*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,14410
ポリマ－30,4483
非ポリマー6967
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: N utilization substance protein B
K: 30S ribosomal protein S10
S: 5'-R(*GP*GP*CP*UP*CP*CP*UP*UP*GP*GP*CP*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9328
ポリマ－30,4483
非ポリマー4845
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.530, 113.008, 65.763
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.870, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABJK

#1: タンパク質 N utilization substance protein B / protein nusB


分子量: 17142.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: aq_133, nusB / プラスミド: pDest42 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O66530
#2: タンパク質 30S ribosomal protein S10 / protein nusE


分子量: 9501.236 Da / 分子数: 2 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: aq_008, NUSE, rpsJ / プラスミド: pDest42 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O66430

-
RNA鎖 , 1種, 2分子 RS

#3: RNA鎖 5'-R(*GP*GP*CP*UP*CP*CP*UP*UP*GP*GP*CP*A)-3'


分子量: 3804.296 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: BoxA RNA / 由来: (合成) Aquifex aeolicus (バクテリア)

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非ポリマー , 3種, 251分子

#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE RIBOSOME BINDING LOOP (UNP RESIDUES 47-68) OF CHAINS J AND K (NUSE) HAS BEEN REPLACED WITH A ...THE RIBOSOME BINDING LOOP (UNP RESIDUES 47-68) OF CHAINS J AND K (NUSE) HAS BEEN REPLACED WITH A SERINE (SER47)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.98 %
結晶化温度: 310 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M sodium acetate, 25% PEG8000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 310K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1
検出器タイプ: MAR 225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→40 Å / Num. obs: 42602 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Χ2: 1.6 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.9-1.972.80.5233541.25174.5
1.97-2.053.40.53738381.231185.1
2.05-2.1440.44741631.28192.2
2.14-2.254.70.35543611.422196.5
2.25-2.395.50.28844011.406197.9
2.39-2.585.90.22344181.299198.6
2.58-2.8460.16244991.43199.1
2.84-3.255.90.11144681.703199.1
3.25-4.095.80.06445282.109199.3
4.09-405.60.04745722.229199.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 44.8 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å37.56 Å
Translation2.5 Å37.56 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SERGUIデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3R2D

3r2d


解像度: 1.902→35.663 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.37 / FOM work R set: 0.8686 / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2018 2160 5.08 %
Rwork0.1693 --
obs0.171 42498 93.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.845 Å2 / ksol: 0.404 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 122.21 Å2 / Biso mean: 37.7366 Å2 / Biso min: 7.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.9657 Å20 Å2-6.5546 Å2
2---1.126 Å20 Å2
3----2.8397 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.902→35.663 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3525 376 78 239 4218
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074126
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0285605
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061639
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005638
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5161680
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9022-1.94640.292980.2582052215071
1.9464-1.99510.26551240.23122259238379
1.9951-2.04910.25231320.23052466259886
2.0491-2.10930.26041420.21542588273091
2.1093-2.17740.25511380.18872700283895
2.1774-2.25520.20571380.16692791292997
2.2552-2.34550.20981400.15142788292898
2.3455-2.45220.20581510.15752784293598
2.4522-2.58150.19811620.1612796295898
2.5815-2.74320.20861690.1612831300099
2.7432-2.95490.19861380.15432835297399
2.9549-3.25210.22171600.17352829298999
3.2521-3.72220.20161670.16252851301899
3.7222-4.68790.16131650.13992850301599
4.6879-35.66940.18011360.18252918305499
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4572-0.1150.28230.34220.01340.56440.0253-0.0127-0.0171-0.02560.010.01410.0293-0.018300.00850.00470.0220.04760.00110.04772.0473-24.693220.0385
20.4437-0.17790.22890.4380.11080.7587-0.0854-0.0360.008-0.0610.02710.0242-0.0757-0.021600.05990.0075-0.0150.04860.00290.050214.1246-18.288551.6574
30.2007-0.0921-0.03270.3114-0.10860.2087-0.08470.06340.04070.0628-0.0063-0.0793-0.22370.009400.1538-0.0204-0.02220.07160.0220.10028.8483-3.337524.5805
40.13370.1106-0.06330.1151-0.16650.23960.10180.0391-0.09080.00050.035-0.00720.30820.18700.19740.0765-0.06220.0872-0.03280.127418.3832-38.903942.1543
50.034-0.0731-0.02440.083-0.09290.17660.17510.0951-0.1039-0.5796-0.06250.23480.05110.060400.08670.00520.06320.1181-0.0190.00982.4505-27.26045.951
60.1365-0.00650.22380.2307-0.19820.1403-0.1428-0.0332-0.00740.080.0114-0.13880.05520.1309-00.1109-0.0033-0.00390.1507-0.01070.134127.0264-15.854557.5873
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:137)A1 - 137
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resid 1:140)B1 - 140
3X-RAY DIFFRACTION3(chain J and resid 3:82)J3 - 82
4X-RAY DIFFRACTION4(chain K and resid 3:81)K3 - 81
5X-RAY DIFFRACTION5(chain R and resid 1:9)R1 - 9
6X-RAY DIFFRACTION6(chain S and resid 1:10)S1 - 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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