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- PDB-3r1d: Crystal structure of GC(8BrG)GCGGCGGC duplex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r1d
タイトルCrystal structure of GC(8BrG)GCGGCGGC duplex
要素RNA (5'-R(*GP*CP*(GRB)P*GP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*C)-3')
キーワードRNA / CGG repeats / fragile X mental retardation / 8-bromoguanosine
機能・相同性BROMIDE ION / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Kiliszek, A. / Kierzek, R. / Krzyzosiak, W.J. / Rypniewski, W.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2011
タイトル: Crystal structures of CGG RNA repeats with implications for fragile X-associated tremor ataxia syndrome.
著者: Kiliszek, A. / Kierzek, R. / Krzyzosiak, W.J. / Rypniewski, W.
履歴
登録2011年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年9月14日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*GP*CP*(GRB)P*GP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*C)-3')
B: RNA (5'-R(*GP*CP*(GRB)P*GP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*C)-3')
C: RNA (5'-R(*GP*CP*(GRB)P*GP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*C)-3')
D: RNA (5'-R(*GP*CP*(GRB)P*GP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*C)-3')
E: RNA (5'-R(*GP*CP*(GRB)P*GP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,28415
ポリマ－18,3565
非ポリマー92810
水3,711206
1
A: RNA (5'-R(*GP*CP*(GRB)P*GP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*C)-3')
B: RNA (5'-R(*GP*CP*(GRB)P*GP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,7907
ポリマ－7,3422
非ポリマー4485
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1130 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area4240 Å2
手法PISA
2
C: RNA (5'-R(*GP*CP*(GRB)P*GP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*C)-3')
D: RNA (5'-R(*GP*CP*(GRB)P*GP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6305
ポリマ－7,3422
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1120 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area4200 Å2
手法PISA
3
E: RNA (5'-R(*GP*CP*(GRB)P*GP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*C)-3')
ヘテロ分子

E: RNA (5'-R(*GP*CP*(GRB)P*GP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,7266
ポリマ－7,3422
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area1120 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area4260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.565, 28.612, 61.833
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.98, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-214-

HOH

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要素

#1: RNA鎖
RNA (5'-R(*GP*CP*(GRB)P*GP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*C)-3')


分子量: 3671.106 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence is found in human mRNA
#2: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.25 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 10 mM MgCl2, cacodylate, 1.0 M Li2SO4, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.8126 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月22日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8126 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→20 Å / Num. all: 32941 / Num. obs: 32941 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 21.2 Å2 / Rsym value: 0.112 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 1.45→1.47 Å / 冗長度: 6.3 % / Num. unique all: 1627 / Rsym value: 0.62 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.45→19.967 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2702 671 2.06 %RANDOM
Rwork0.2321 ---
obs0.2329 32646 98.92 %-
all-32646 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.966 Å2 / ksol: 0.331 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1309 Å2-0 Å20.0486 Å2
2--0.102 Å2-0 Å2
3---0.0289 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→19.967 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1195 42 206 1443
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061846
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2822897
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.516730
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051364
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00574
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.45-1.5620.31481200.30496357X-RAY DIFFRACTION99
1.562-1.71910.30181380.24116397X-RAY DIFFRACTION100
1.7191-1.96760.29011340.24866277X-RAY DIFFRACTION98
1.9676-2.47830.30931320.24076370X-RAY DIFFRACTION99
2.4783-19.96840.24291470.21366574X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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