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- PDB-3r07: Structural analysis of an archaeal lipoylation system. A bi-parti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r07
タイトルStructural analysis of an archaeal lipoylation system. A bi-partite lipoate protein ligase and its E2 lipoyl domain from Thermoplasma acidophilum
要素
  • Lipoate-protein ligase A subunit 1
  • Putative lipoate-protein ligase A subunit 2
キーワードTRANSFERASE / Adenylate-forming enzyme / Ligase / bi-partite / ATP-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


lipoate-protein ligase / lipoate-protein ligase activity / lipoic acid binding / protein lipoylation / protein-containing complex / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Lipoate protein ligase, C-terminal / Bacterial lipoate protein ligase C-terminus / Lipoyl protein ligase A/B catalytic domain / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal domain / Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) catalytic domain profile. / Biotin/lipoate A/B protein ligase family / Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL), catalytic domain / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 ...: / Lipoate protein ligase, C-terminal / Bacterial lipoate protein ligase C-terminus / Lipoyl protein ligase A/B catalytic domain / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal domain / Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) catalytic domain profile. / Biotin/lipoate A/B protein ligase family / Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL), catalytic domain / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Enolase-like; domain 1 / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Lipoate-protein ligase A subunit 1 / Lipoate-protein ligase A subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoplasma acidophilum DSM 1728 (好酸性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Posner, M.G. / Upadhyay, U. / Crennell, S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural analysis of an archaeal lipoylation system. A bi-partite lipoate protein ligase and its E2 lipoyl domain from Thermoplasma acidophilum
著者: Posner, M.G. / Upadhyay, A. / Crennell, S. / Danson, M.J. / Bagby, S.
履歴
登録2011年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月23日Group: Structure summary
改定 1.22019年11月6日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: pdbx_database_related / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_related.db_name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年9月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipoate-protein ligase A subunit 1
C: Putative lipoate-protein ligase A subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6116
ポリマ－43,2562
非ポリマー3544
水84747
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1610 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area15870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.570, 118.570, 72.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Lipoate-protein ligase A subunit 1 / Lipoate--protein ligase subunit 1


分子量: 32695.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Co-expression
由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum DSM 1728 (好酸性)
株: ATCC 25905 / DSM 1728 / JCM 9062 / NBRC 15155 / AMRC-C165
遺伝子: lplA, Ta0514 / プラスミド: pET19b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HKT1, EC: 2.7.7.63
#2: タンパク質 Putative lipoate-protein ligase A subunit 2 / Lipoate--protein ligase subunit 2


分子量: 10561.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Co-expression
由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum DSM 1728 (好酸性)
株: ATCC 25905 / DSM 1728 / JCM 9062 / NBRC 15155 / AMRC-C165
遺伝子: Ta0513, Ta0513m / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HKT2, EC: 2.7.7.63
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.04 %
結晶化温度: 291 K / pH: 4.6
詳細: 40% v/v MPD, 0.1M sodium acetate, 0.02M calcium chloride, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月26日 / 詳細: VORTEX FLUORESCENCE DETECTOR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→38.81 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
BALBES位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ARS

2ars


解像度: 2.7→38.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 9.005 / SU ML: 0.192 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.305 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 789 5 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.2 15063 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å2-0.01 Å20 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→38.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2761 0 24 47 2832
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0222862
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5471.9713853
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4895350
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.47823.611144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.13915538
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5921527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2422
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022148
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.21193
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.21910
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1520.2111
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2440.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1960.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0121.51765
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.74222768
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.42731224
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8724.51080
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 69 -
Rwork0.251 1093 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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