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万見
- PDB-3qzz: 3D Structure of Ferric Methanosarcina Acetivorans Protoglobin Y61... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qzz
タイトル3D Structure of Ferric Methanosarcina Acetivorans Protoglobin Y61W mutant in Aquomet form
要素Methanosarcina acetivorans protoglobin
キーワードOXYGEN BINDING / OXYGEN TRANSPORT / protoglobin / globin fold / METHANOGENESIS / ARCHAEA PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Protoglobin / Globin-sensor domain / Protoglobin / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Globin-sensor domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Methanosarcina acetivorans (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Pesce, A. / Tilleman, L. / Dewilde, S. / Ascenzi, P. / Coletta, M. / Ciaccio, C. / Bruno, S. / Moens, L. / Bolognesi, M. / Nardini, M.
引用
ジャーナル: Iubmb Life / 年: 2011
タイトル: Structural heterogeneity and ligand gating in ferric methanosarcina acetivorans protoglobin mutants.
著者: Pesce, A. / Tilleman, L. / Dewilde, S. / Ascenzi, P. / Coletta, M. / Ciaccio, C. / Bruno, S. / Moens, L. / Bolognesi, M. / Nardini, M.
#1: ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2008
タイトル: Archaeal protoglobin structure indicates new ligand diffusion paths and modulation of haem-reactivity
著者: Nardini, M. / Pesce, A. / Thijs, L. / Saito, J.A. / Dewilde, S. / Alam, M. / Ascenzi, P. / Coletta, M. / Ciaccio, C. / Moens, L. / Bolognesi, M.
履歴
登録2011年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methanosarcina acetivorans protoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6502
ポリマ－23,0341
非ポリマー6161
水64936
1
A: Methanosarcina acetivorans protoglobin
ヘテロ分子

A: Methanosarcina acetivorans protoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3014
ポリマ－46,0682
非ポリマー1,2332
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area6280 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area15800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.296, 48.730, 50.925
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.10, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Methanosarcina acetivorans protoglobin


分子量: 23033.898 Da / 分子数: 1 / 変異: C101S, Y61W / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanosarcina acetivorans (古細菌)
遺伝子: MA_2883 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TLY9
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.75 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 0.4 MONOBASIC AMMONIUM PHOSPHATE, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 7554 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.143 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.316 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→39.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.832 / SU B: 14.062 / SU ML: 0.333 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.363 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30592 344 4.6 %RANDOM
Rwork0.23828 ---
obs0.24132 7210 96.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.771 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.28 Å20 Å20.17 Å2
2--0.34 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→39.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1593 0 43 36 1672
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0221694
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0092.0192320
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.4935189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.06623.72186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.61515265
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.943159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2229
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211334
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9021.5950
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6221539
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6353744
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8434.5781
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.436 22 -
Rwork0.307 549 -
obs--98.45 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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