PDB-3qyg: Crystal Structure of Co-type Nitrile Hydratase beta-E56Q from Pse...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qyg

タイトル

Crystal Structure of Co-type Nitrile Hydratase beta-E56Q from Pseudomonas putida.

要素

Co-type Nitrile Hydratase alpha subunit
Co-type Nitrile Hydratase beta subunit

キーワード

LYASE / nitrile hydratase / CO / Cobalt / Cysteine Sulfinic Acid

機能・相同性

機能・相同性情報

Nitrile hydratase, beta subunit / Nitrile Hydratase; Chain A / Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma / SH3 type barrels. - #50 / Cyclin A; domain 1 / SH3 type barrels. / Roll / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Beta ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Pseudomonas putida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Brodkin, H.R. / Novak, W.R.P. / Ringe, D. / Petsko, G.A.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Evidence of the Participation of Remote Residues in the Catalytic Activity of Co-Type Nitrile Hydratase from Pseudomonas putida.
著者: Brodkin, H.R. / Novak, W.R. / Milne, A.C. / D'Aquino, J.A. / Karabacak, N.M. / Goldberg, I.G. / Agar, J.N. / Payne, M.S. / Petsko, G.A. / Ondrechen, M.J. / Ringe, D.

履歴

登録	2011年3月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年3月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qyg.cif.gz	349.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qyg.ent.gz	281.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qyg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3qyg_validation.pdf.gz	486.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3qyg_full_validation.pdf.gz	497.4 KB	表示
XML形式データ	3qyg_validation.xml.gz	69.2 KB	表示
CIF形式データ	3qyg_validation.cif.gz	99 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/3qyg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/3qyg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3qxeC 3qyhC 3qz5C 3qz9C 1ireS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3qz5-4 3qyh-1 3qyh-3 3qyh-4 3qz9-3 3qz5-1 3sq8-2 3qz9-1 3odh-2 6mev-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Co-type Nitrile Hydratase alpha subunit

B: Co-type Nitrile Hydratase beta subunit

C: Co-type Nitrile Hydratase alpha subunit

D: Co-type Nitrile Hydratase beta subunit

E: Co-type Nitrile Hydratase alpha subunit

F: Co-type Nitrile Hydratase beta subunit

G: Co-type Nitrile Hydratase alpha subunit

H: Co-type Nitrile Hydratase beta subunit

ヘテロ分子

195 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Co-type Nitrile Hydratase alpha subunit

B: Co-type Nitrile Hydratase beta subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.9 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Co-type Nitrile Hydratase alpha subunit

D: Co-type Nitrile Hydratase beta subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.9 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Co-type Nitrile Hydratase alpha subunit

F: Co-type Nitrile Hydratase beta subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.9 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Co-type Nitrile Hydratase alpha subunit

H: Co-type Nitrile Hydratase beta subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	81.962, 137.549, 85.416
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.41, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
1	2
2	2
3	2
4	2

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain B and (resseq 1:17 or resseq 22:85 or resseq 103:141 or resseq 143:219 )
2	1	1	chain D and (resseq 1:17 or resseq 22:85 or resseq 103:141 or resseq 143:219 )
3	1	1	chain F and (resseq 1:17 or resseq 22:85 or resseq 103:141 or resseq 143:219 )
4	1	1	chain H and (resseq 1:17 or resseq 22:85 or resseq 103:141 or resseq 143:219 )
1	1	2	chain A and (resseq 4:43 or resseq 45:52 or resseq...
2	1	2	chain C and (resseq 4:43 or resseq 45:52 or resseq...
3	1	2	chain E and (resseq 4:43 or resseq 45:52 or resseq...
4	1	2	chain G and (resseq 4:43 or resseq 45:52 or resseq...

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Co-type Nitrile Hydratase alpha subunit 分子量: 24667.967 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: タンパク質	Co-type Nitrile Hydratase beta subunit 分子量: 24053.965 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-3CO / COBALT (III) ION 分子量: 58.933 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1052 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.73 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 50 mM HEPES pH 7.5 22% Polyacrylic acid 20 mM MgCl2 4% Acetone , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.95 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月11日
放射	モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→45.4 Å / Num. obs: 80874 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 24.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.151 / Net I/σ(I): 7.8
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.562 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 7283

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Ice	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1IRE

1ire

解像度: 2.3→45.37 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.51 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2238	4042	5 %
R_work	0.1961	-	-
obs	0.1975	80843	96.1 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 29.476 Å² / k_sol: 0.357 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.1796 Å²	-0 Å²	3.3423 Å²
2-	-	-6.7124 Å²	-0 Å²
3-	-	-	9.3499 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→45.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12931	0	28	1052	14011

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	13474
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.94	18414
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.631	4801
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	2030
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2408

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	B	1549	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	D	1549	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.055
1	3	F	1545	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.046
1	4	H	1540	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.046
2	1	A	1401	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	C	1401	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.046
2	3	E	1382	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.035
2	4	G	1382	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.036

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2974-2.3245	0.2827	117	0.2534	2175	X-RAY DIFFRACTION	78
2.3245-2.3528	0.3171	138	0.2608	2341	X-RAY DIFFRACTION	87
2.3528-2.3826	0.2896	128	0.2649	2436	X-RAY DIFFRACTION	88
2.3826-2.4139	0.335	142	0.2538	2437	X-RAY DIFFRACTION	90
2.4139-2.447	0.2831	104	0.2506	2492	X-RAY DIFFRACTION	91
2.447-2.482	0.2849	115	0.2521	2571	X-RAY DIFFRACTION	92
2.482-2.519	0.3011	146	0.251	2574	X-RAY DIFFRACTION	93
2.519-2.5584	0.2801	141	0.2376	2539	X-RAY DIFFRACTION	94
2.5584-2.6003	0.263	140	0.2401	2598	X-RAY DIFFRACTION	95
2.6003-2.6451	0.2873	171	0.2379	2633	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6451-2.6932	0.2439	117	0.2394	2673	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6932-2.745	0.2504	129	0.2218	2696	X-RAY DIFFRACTION	97
2.745-2.801	0.2917	144	0.227	2656	X-RAY DIFFRACTION	98
2.801-2.8619	0.2433	148	0.2198	2701	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8619-2.9285	0.2874	109	0.2253	2759	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9285-3.0017	0.2505	135	0.2162	2725	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0017-3.0829	0.2462	141	0.2135	2701	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0829-3.1736	0.2452	151	0.1971	2750	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1736-3.276	0.2054	145	0.1935	2741	X-RAY DIFFRACTION	99
3.276-3.393	0.1895	142	0.1805	2727	X-RAY DIFFRACTION	99
3.393-3.5288	0.1811	133	0.1717	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5288-3.6893	0.179	141	0.1629	2766	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6893-3.8838	0.1857	160	0.1627	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8838-4.1269	0.1719	168	0.1554	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1269-4.4453	0.1725	152	0.1457	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4453-4.8922	0.1941	150	0.1395	2759	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8922-5.599	0.1935	131	0.1602	2774	X-RAY DIFFRACTION	100
5.599-7.0499	0.1821	129	0.1685	2819	X-RAY DIFFRACTION	100
7.0499-45.3793	0.1448	175	0.1494	2797	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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