PDB-3qwg: Crystal structure of EspRdelta10, C-terminal 10 amino acids delet...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qwg

タイトル

Crystal structure of EspRdelta10, C-terminal 10 amino acids deletion mutant of EspR transcription factor from Mycobacterium tuberculosis

要素

ESX-1 secretion-associated regulator EspR

キーワード

TRANSCRIPTION / N-terminal helix-turn-helix motif / Transcription factor

機能・相同性

機能・相同性情報

response to host immune response / nucleoid / regulation of protein secretion / peptidoglycan-based cell wall / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.992 Å

データ登録者

Blasco, B. / Pojer, F. / Cole, S.T.

引用

ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2011
タイトル: Atypical DNA recognition mechanism used by the EspR virulence regulator of Mycobacterium tuberculosis.
著者: Blasco, B. / Stenta, M. / Alonso-Sarduy, L. / Dietler, G. / Peraro, M.D. / Cole, S.T. / Pojer, F.

履歴

登録	2011年2月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年9月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年11月16日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qwg.cif.gz	88.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qwg.ent.gz	67.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qwg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/3qwg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/3qwg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3qf3SC 3qyxC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2kys-d 5k17-1 2o3l-2 2dge-3 6utc-d 2lan-d 3kxt-d 1rrz-d 4qoc-6 1svq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (2)

登録構造単位

A: ESX-1 secretion-associated regulator EspR

B: ESX-1 secretion-associated regulator EspR

27.3 kDa, 2 ポリマー
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1

A: ESX-1 secretion-associated regulator EspR

登録者が定義した集合体
13.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: ESX-1 secretion-associated regulator EspR

登録者が定義した集合体
13.6 kDa, 1 ポリマー
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3

A: ESX-1 secretion-associated regulator EspR

B: ESX-1 secretion-associated regulator EspR

ソフトウェアが定義した集合体
27.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	46.460, 55.370, 76.550
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	ESX-1 secretion-associated regulator EspR 分子量: 13628.368 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 2-122 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: espR, MT3964, Rv3849 / プラスミド: pHis9gw / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P96228, UniProt: P9WJB7*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

ESX-1 secretion-associated regulator EspR

分子量: 13628.368 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 2-122 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: espR, MT3964, Rv3849 / プラスミド: pHis9gw / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P96228, UniProt: P9WJB7*PLUS

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 31.9 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 20% PEG 4000, 100mM Tris-HCl, 200 mM LiSO4, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.0097 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0097 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.99→44.86 Å / Num. obs: 24707 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 9.83
反射シェル	解像度: 1.99→2.11 Å / 冗長度: 3.02 % / R_merge(I) obs: 0.387 / Mean I/σ(I) obs: 3.11 / Num. unique all: 3522 / % possible all: 82.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データスケーリング
CCP4		モデル構築
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
XDS		データ削減
CCP4		位相決定
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3QF3

3qf3

解像度: 1.992→44.86 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 2 / 位相誤差: 19.77 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2356	680	4.96 %
R_work	0.1826	-	-
obs	0.1852	13705	97.45 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 44.627 Å² / k_sol: 0.362 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.031 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.2098 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.2408 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.992→44.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1438	0	0	132	1570

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1476
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.945	2003
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.933	539
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	219
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	259

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9916-2.1453	0.2573	125	0.1991	2393	X-RAY DIFFRACTION	91
2.1453-2.3612	0.2735	151	0.1893	2577	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3612-2.7029	0.2627	143	0.1857	2619	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7029-3.4052	0.2183	121	0.1795	2652	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4052-44.8753	0.2214	140	0.1789	2784	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1535	-0.2154	1.0718	0.3988	0.1439	1.1583	-0.0603	-0.2123	0.1639	0.1244	0.0192	-0.1284	0.0942	-0.1321	0.0018	0.2149	0.0028	-0.0285	0.182	0.0034	0.1775	3.736	-10.5293	-11.0922
2	0.6438	0.3768	0.3262	2.3696	0.3426	1.0542	-0.0199	0.0369	0.1243	-0.3116	-0.141	0.4697	0.0343	0.1541	-0.0219	0.1666	0.0044	0.0509	0.1263	0.0249	0.1967	9.0605	-5.9417	-22.5696
3	0.2303	0.1839	0.1393	0.4242	0.1785	0.1074	0.0674	0.3064	0.0644	0.1087	-0.0091	-0.7606	-0.2272	0.6698	-0.1665	0.1598	-0.0681	-0.025	0.3167	0.0081	0.3803	18.0276	-11.1963	-13.2603
4	0.1561	-0.2273	-0.3167	1.0775	0.4491	0.6967	-0.0378	-0.3606	0.3828	-0.0652	-0.0129	-0.4137	-0.2871	0.0751	0.0196	0.1495	-0.0117	-0.0325	0.2436	-0.0345	0.2276	7.9027	-1.0899	-8.2053
5	0.0467	-0.0656	-0.008	0.3329	-0.2322	0.2725	-0.0521	-0.5257	-0.2775	0.0099	-0.1279	-0.2432	-0.0007	0.034	0.0647	0.3271	0.0046	0.1297	0.3471	0.0306	0.3117	-3.4686	-5.772	-2.9705
6	1.6156	0.388	-0.4089	0.2149	-0.5089	1.7307	-0.0754	0.139	-0.1362	0.2103	0.2109	0.1624	0.043	-0.1961	-0.0591	0.433	-0.1658	0.0973	0.7306	-0.1052	0.2764	-9.3789	-7.8919	-11.1032
7	0.6904	-0.2617	0.5149	0.6	0.2155	0.5584	-0.2119	0.2058	0.4739	-0.0026	0.0754	-0.2311	-0.1458	0.2057	0.035	0.1323	0.0079	-0.0266	0.1958	-0.0033	0.1855	10.1408	-22.112	-17.4025
8	1.2836	0.472	-0.1705	0.9265	-0.1485	0.9688	0.4097	0.02	-0.012	-0.0584	-0.4268	0.4302	-0.331	-0.3775	-0.0065	0.2597	0.0263	0.0355	0.1615	-0.014	0.1701	-1.1927	-22.7045	-13.6726
9	0.607	0.0861	0.2882	0.3229	0.2234	0.2287	-0.149	-0.4867	-0.0073	0.5053	-0.2126	0.0304	-0.2532	0.1467	-0.0977	0.587	-0.1059	0.064	0.2155	0.113	-0.1264	1.6295	-28.5206	-3.8235
10	0.1326	-0.1055	0.0143	0.3664	-0.0918	0.0331	-0.0156	-0.3553	0.1103	0.3144	0.1317	-0.2272	0.1164	0.1553	-0.0403	0.2639	0.0636	-0.0935	0.2511	-0.0271	0.214	12.4741	-20.9098	-4.1412
11	0.643	-0.093	0.7291	1.1896	0.0471	0.7586	0.0511	0.2605	-0.1958	0.2811	0.0318	-0.4032	0.4365	0.5955	0.0035	0.2403	0.0819	-0.0589	0.3031	-0.0244	0.2632	12.8925	-31.1881	-15.2355
12	0.7851	1.5147	-0.2706	3.0716	-0.2799	0.6727	-0.1202	0.1557	0.3927	-0.2142	0.0331	0.2636	0.0664	-0.1416	-0.0406	0.2778	-0.0215	0.1126	0.5199	-0.0459	0.4084	12.1726	-25.8397	-28.1142

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 4:22)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 23:41)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 42:56)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 57:82)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 83:91)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 92:96)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 4:20)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 21:34)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 35:45)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 46:56)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 57:83)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 84:93)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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