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- PDB-3qwa: Crystal structure of Saccharomyces cerevisiae Zeta-crystallin-lik... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qwa
タイトルCrystal structure of Saccharomyces cerevisiae Zeta-crystallin-like quinone oxidoreductase Zta1
要素Probable quinone oxidoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rossmann Fold / quinone oxidoreductases / NADPH binding / cytoplasm and nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


NADPH:quinone reductase / 2-alkenal reductase [NAD(P)+] activity / NADPH:quinone reductase activity / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / NADPH binding / cellular response to oxidative stress / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Quinone oxidoreductase/zeta-crystallin, conserved site / Quinone oxidoreductase / zeta-crystallin signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain ...: / Quinone oxidoreductase/zeta-crystallin, conserved site / Quinone oxidoreductase / zeta-crystallin signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable quinone oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Guo, P.C. / Ma, X.X. / Bao, Z.Z. / Chen, Y.X. / Zhou, C.Z.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural insights into the cofactor-assisted substrate recognition of yeast quinone oxidoreductase Zta1
著者: Guo, P.C. / Ma, X.X. / Bao, Z.Z. / Ma, J.D. / Chen, Y. / Zhou, C.Z.
履歴
登録2011年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable quinone oxidoreductase
B: Probable quinone oxidoreductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,1272
ポリマ－74,1272
非ポリマー00
水12,989721
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2390 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area28220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.970, 87.313, 100.514
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Probable quinone oxidoreductase / NADPH:quinone reductase / NADPH-dependent quinone reductase


分子量: 37063.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: S288C / 遺伝子: YBR0421, YBR046C, ZTA1 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P38230, NADPH:quinone reductase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 721 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.57 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 25% polyethylene glycol 3350, 0.2M MgCl2, 0.1M Tris-HCl pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 45227 / Num. obs: 45227 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 22.89
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.276 / Mean I/σ(I) obs: 7.73 / Num. unique all: 4464 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QOR

1qor


解像度: 2→35.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 10.102 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.187 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2468 2282 5 %RANDOM
Rwork0.21436 ---
obs0.21601 42929 99.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.604 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.32 Å20 Å20 Å2
2--0.8 Å20 Å2
3----1.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→35.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5190 0 0 721 5911
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0225294
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8871.9877158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1125661
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.43524.766214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.52415953
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.331518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.2807
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0213912
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.261.53289
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.46925308
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.4732005
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.8634.51850
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 166 -
Rwork0.223 3058 -
obs--97.02 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0515-0.0281-0.080.2668-0.19691.07550.01590.0088-0.00230.0165-0.01850.0269-0.03290.01510.00260.00800.0040.0088-0.00180.02715.741416.085120.1406
20.07050.03010.00640.077-0.00661.01620.0036-0.00370.00470.0055-0.0039-0.01720.0191-0.01530.00020.00490.0023-0.00280.0089-0.00340.0313-3.51841.6806-20.7188
30.01850.02970.05190.06530.04060.41790.0044-0.0011-0.00250.0008-0.00420.0017-0.0014-0.0154-0.00020.00210.0026-0.00270.0044-0.00390.00510.54828.8397-1.9689
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 334
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 334
3X-RAY DIFFRACTION3A335 - 721
4X-RAY DIFFRACTION3B335 - 720

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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