PDB-3qw9: Crystal structure of betaglycan ZP-C domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qw9

タイトル

Crystal structure of betaglycan ZP-C domain

要素

Transforming growth factor beta receptor type 3

キーワード

CYTOKINE RECEPTOR / immunoglobulin domain / Zona Pellucida / TGF-beta ligand co-receptor / protein polymerization

機能・相同性

機能・相同性情報

TGF-beta receptor signaling activates SMADs / negative regulation of apoptotic process involved in morphogenesis / FGFR1b ligand binding and activation / FGFR1c ligand binding and activation / response to luteinizing hormone / epicardium-derived cardiac fibroblast cell development / transforming growth factor beta receptor activity, type III / Signaling by BMP / transforming growth factor beta receptor complex assembly / inhibin-betaglycan-ActRII complex ...TGF-beta receptor signaling activates SMADs / negative regulation of apoptotic process involved in morphogenesis / FGFR1b ligand binding and activation / FGFR1c ligand binding and activation / response to luteinizing hormone / epicardium-derived cardiac fibroblast cell development / transforming growth factor beta receptor activity, type III / Signaling by BMP / transforming growth factor beta receptor complex assembly / inhibin-betaglycan-ActRII complex / muscular septum morphogenesis / definitive erythrocyte differentiation / negative regulation of extracellular matrix assembly / response to follicle-stimulating hormone / response to prostaglandin E / BMP binding / vasculogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / Signaling by Activin / apoptotic process involved in morphogenesis / transforming growth factor beta receptor activity / secondary palate development / ventricular compact myocardium morphogenesis / regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / negative regulation of epithelial cell migration / collagen metabolic process / cardiac epithelial to mesenchymal transition / transforming growth factor beta receptor binding / negative regulation of SMAD protein signal transduction / type II transforming growth factor beta receptor binding / activin binding / heart trabecula morphogenesis / heart trabecula formation / positive regulation of BMP signaling pathway / glycosaminoglycan binding / transforming growth factor beta binding / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / definitive hemopoiesis / cardiac muscle cell proliferation / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / ventricular septum morphogenesis / roof of mouth development / BMP signaling pathway / blood vessel development / fibroblast growth factor binding / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / outflow tract morphogenesis / SMAD binding / positive regulation of SMAD protein signal transduction / blastocyst development / epithelial to mesenchymal transition / blood vessel remodeling / vasculogenesis / animal organ regeneration / coreceptor activity / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / liver development / negative regulation of cell migration / PDZ domain binding / transmembrane signaling receptor activity / osteoblast differentiation / negative regulation of epithelial cell proliferation / cell migration / heparin binding / protein-containing complex assembly / collagen-containing extracellular matrix / in utero embryonic development / receptor complex / cell population proliferation / response to hypoxia / intracellular signal transduction / immune response / external side of plasma membrane / negative regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / cell surface / signal transduction / endoplasmic reticulum / extracellular space / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Lin, S.J. / Jardetzky, T.S.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Structure of betaglycan zona pellucida (ZP)-C domain provides insights into ZP-mediated protein polymerization and TGF-{beta} binding.
著者: Lin, S.J. / Hu, Y. / Zhu, J. / Woodruff, T.K. / Jardetzky, T.S.

履歴

登録	2011年2月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年4月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_comp_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/3qw9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/3qw9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4oqs-d 4dnz-2 5y5j-1 7ao7-2 6f8a-1 4bf4-7 6g5q-1 1f25-d 4apy-d 6zhz-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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登録構造単位

A: Transforming growth factor beta receptor type 3

B: Transforming growth factor beta receptor type 3

ヘテロ分子

42.2 kDa, 2 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.527, 63.574, 107.217
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

Transforming growth factor beta receptor type 3 / TGF-beta receptor type 3 / TGFR-3 / Betaglycan / Transforming growth factor beta receptor III / TGF- ...

分子量: 20078.031 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 591-763 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Tgfbr3 / プラスミド: pBACgus-3 / 細胞株 (発現宿主): High5 / 発現宿主:

Trichoplusia Ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P26342

#2: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 878.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-3][LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a1122h-1b_1-5]/1-2-1-3-2/a3-b1_a4-c1_a6-e1_c4-d1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1203.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-3][LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/4,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-2-1-3-4-4-2/a3-b1_a4-c1_a6-g1_c4-d1_d3-e1_d6-f1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{}[(6+1)][b-D-Manp]{}}}[(6+1)][b-L-Fucp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.85 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 16-18% PEG 6000, 0.1 M Citrate, 0.9-1.0M LiCl2, pH 5.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
3	100	1
4	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	ALS	8.3.1	1	1.11587
シンクロトロン	SSRL	BL11-1	2	1.06698
シンクロトロン	SSRL	BL9-2	3	1.13993
シンクロトロン	SSRL	BL11-1	4	0.91889

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC Q315r	1	CCD	2009年8月26日
MARCCD 325	2	CCD	2009年4月9日
MARCCD 325	3	CCD	2009年4月15日
MARCCD 325	4	CCD	2009年4月9日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
3	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
4	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.11587	1
2	1.06698	1
3	1.13993	1
4	0.91889	1

Reflection

冗長度: 6.5 % / Av σ(I) over netI: 31.98 / 数: 207054 / R_merge(I) obs: 0.148 / Χ²: 2.67 / D res high: 1.84 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 31736 / % possible obs: 98.4

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.99	50	99.9	1	0.095	2.683	17
3.96	4.99	99.8	1	0.123	2.822	17.9
3.46	3.96	99.5	1	0.213	2.87	18
3.15	3.46	99.7	1	0.268	2.674	10.7
2.92	3.15	98.9	1	0.085	4.594	4
2.75	2.92	99.2	1	0.099	3.972	4
2.61	2.75	99	1	0.118	3.48	4.1
2.5	2.61	98.7	1	0.136	3.112	4
2.4	2.5	98.5	1	0.164	2.722	4
2.32	2.4	99.4	1	0.193	2.447	4
2.25	2.32	98	1	0.22	2.469	4
2.18	2.25	97.4	1	0.236	2.301	4
2.12	2.18	98.6	1	0.273	2.218	4
2.07	2.12	98	1	0.315	1.982	4
2.03	2.07	97.1	1	0.377	2.004	4
1.98	2.03	98.9	1	0.432	1.881	4
1.94	1.98	96	1	0.532	1.704	4
1.91	1.94	98.8	1	0.736	2.101	4
1.87	1.91	96.1	1	0.956	1.642	4
1.84	1.87	95.7	1		1.611	3.8

反射

解像度: 1.84→50 Å / Num. obs: 31736 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.076 / Χ²: 2.669 / Net I/σ(I): 11

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.84-1.87	3.8	0.384	1486	1.611	95.7
1.87-1.91	4	0.956	1540	1.642	96.1
1.91-1.94	4	0.736	1544	2.101	98.8
1.94-1.98	4	0.532	1542	1.704	96
1.98-2.03	4	0.432	1581	1.881	98.9
2.03-2.07	4	0.377	1546	2.004	97.1
2.07-2.12	4	0.315	1546	1.982	98
2.12-2.18	4	0.273	1604	2.218	98.6
2.18-2.25	4	0.236	1526	2.301	97.4
2.25-2.32	4	0.22	1551	2.469	98
2.32-2.4	4	0.193	1596	2.447	99.4
2.4-2.5	4	0.164	1587	2.722	98.5
2.5-2.61	4	0.136	1572	3.112	98.7
2.61-2.75	4.1	0.118	1606	3.48	99
2.75-2.92	4	0.099	1594	3.972	99.2
2.92-3.15	4	0.085	1619	4.594	98.9
3.15-3.46	10.7	0.268	1620	2.674	99.7
3.46-3.96	18	0.213	1634	2.87	99.5
3.96-4.99	17.9	0.123	1670	2.822	99.8
4.99-50	17	0.095	1772	2.683	99.9

-
位相決定

位相決定

手法:

多重同系置換・異常分散

Phasing set

ID
1
2
3
4

Phasing MIR

解像度: 1.73→47.71 Å / FOM acentric: 0.171 / FOM centric: 0.245 / Reflection acentric: 31955 / Reflection centric: 3670

Phasing MIR der

Native set-ID: 1 / 解像度: 1.73→47.71 Å

ID	Der set-ID	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	1	0	0	31934	3644
ISO_2	2	0.7	0.642	12652	1060
ISO_3	3	0.743	0.675	5749	636
ISO_4	4	0.365	0.374	9523	889

Phasing MIR der shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Der-ID	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
7.66	47.71	ISO_1	0	0	319	183
5.45	7.66	ISO_1	0	0	641	200
4.46	5.45	ISO_1	0	0	855	198
3.87	4.46	ISO_1	0	0	1034	203
3.46	3.87	ISO_1	0	0	1181	206
3.16	3.46	ISO_1	0	0	1308	199
2.93	3.16	ISO_1	0	0	1455	210
2.74	2.93	ISO_1	0	0	1540	197
2.58	2.74	ISO_1	0	0	1651	198
2.45	2.58	ISO_1	0	0	1762	198
2.34	2.45	ISO_1	0	0	1835	192
2.24	2.34	ISO_1	0	0	1925	193
2.15	2.24	ISO_1	0	0	2023	193
2.07	2.15	ISO_1	0	0	2077	185
2	2.07	ISO_1	0	0	2188	192
1.94	2	ISO_1	0	0	2232	176
1.88	1.94	ISO_1	0	0	2259	173
1.83	1.88	ISO_1	0	0	2202	143
1.78	1.83	ISO_1	0	0	1961	113
1.73	1.78	ISO_1	0	0	1486	92
7.66	47.71	ISO_2	1.056	0.997	319	92
5.45	7.66	ISO_2	1.106	0.821	641	103
4.46	5.45	ISO_2	0.753	0.604	855	103
3.87	4.46	ISO_2	0.58	0.472	1034	101
3.46	3.87	ISO_2	0.548	0.492	1181	104
3.16	3.46	ISO_2	0.555	0.45	1307	104
2.93	3.16	ISO_2	0.598	0.479	1455	106
2.74	2.93	ISO_2	0.641	0.479	1540	100
2.58	2.74	ISO_2	0.646	0.514	1651	99
2.45	2.58	ISO_2	0.652	0.465	1759	101
2.34	2.45	ISO_2	0.651	0.485	910	47
2.24	2.34	ISO_2	0	0	0	0
2.15	2.24	ISO_2	0	0	0	0
2.07	2.15	ISO_2	0	0	0	0
2	2.07	ISO_2	0	0	0	0
1.94	2	ISO_2	0	0	0	0
1.88	1.94	ISO_2	0	0	0	0
1.83	1.88	ISO_2	0	0	0	0
1.78	1.83	ISO_2	0	0	0	0
1.73	1.78	ISO_2	0	0	0	0
7.66	47.71	ISO_3	0.952	0.91	319	94
5.45	7.66	ISO_3	0.98	0.828	641	103
4.46	5.45	ISO_3	0.756	0.7	855	103
3.87	4.46	ISO_3	0.64	0.554	1034	100
3.46	3.87	ISO_3	0.643	0.429	1181	102
3.16	3.46	ISO_3	0.627	0.482	1308	103
2.93	3.16	ISO_3	0.624	0.452	411	31
2.74	2.93	ISO_3	0	0	0	0
2.58	2.74	ISO_3	0	0	0	0
2.45	2.58	ISO_3	0	0	0	0
2.34	2.45	ISO_3	0	0	0	0
2.24	2.34	ISO_3	0	0	0	0
2.15	2.24	ISO_3	0	0	0	0
2.07	2.15	ISO_3	0	0	0	0
2	2.07	ISO_3	0	0	0	0
1.94	2	ISO_3	0	0	0	0
1.88	1.94	ISO_3	0	0	0	0
1.83	1.88	ISO_3	0	0	0	0
1.78	1.83	ISO_3	0	0	0	0
1.73	1.78	ISO_3	0	0	0	0
7.66	47.71	ISO_4	0.552	0.64	319	93
5.45	7.66	ISO_4	0.593	0.481	641	103
4.46	5.45	ISO_4	0.435	0.373	855	103
3.87	4.46	ISO_4	0.321	0.263	1034	101
3.46	3.87	ISO_4	0.271	0.19	1181	104
3.16	3.46	ISO_4	0.234	0.175	1307	104
2.93	3.16	ISO_4	0.214	0.151	1453	106
2.74	2.93	ISO_4	0.197	0.168	1536	100
2.58	2.74	ISO_4	0.187	0.135	1197	75
2.45	2.58	ISO_4	0	0	0	0
2.34	2.45	ISO_4	0	0	0	0
2.24	2.34	ISO_4	0	0	0	0
2.15	2.24	ISO_4	0	0	0	0
2.07	2.15	ISO_4	0	0	0	0
2	2.07	ISO_4	0	0	0	0
1.94	2	ISO_4	0	0	0	0
1.88	1.94	ISO_4	0	0	0	0
1.83	1.88	ISO_4	0	0	0	0
1.78	1.83	ISO_4	0	0	0	0
1.73	1.78	ISO_4	0	0	0	0

Phasing MIR shell

解像度 (Å)	FOM acentric	FOM centric	Reflection acentric	Reflection centric
7.66-47.71	0.909	0.773	320	193
5.45-7.66	0.848	0.697	641	200
4.46-5.45	0.774	0.616	855	198
3.87-4.46	0.687	0.522	1034	203
3.46-3.87	0.603	0.465	1181	206
3.16-3.46	0.53	0.445	1308	199
2.93-3.16	0.391	0.286	1455	210
2.74-2.93	0.309	0.268	1541	199
2.58-2.74	0.227	0.221	1655	203
2.45-2.58	0.174	0.147	1773	202
2.34-2.45	0.071	0.054	1839	197
2.24-2.34	0	0	1925	193
2.15-2.24	0	0	2023	193
2.07-2.15	0	0	2077	185
2-2.07	0	0	2188	192
1.94-2	0	0	2232	176
1.88-1.94	0	0	2259	173
1.83-1.88	0	0	2202	143
1.78-1.83	0	0	1961	113
1.73-1.78	0	0	1486	92

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHARP		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / WR_factor R_free: 0.2833 / WR_factor R_work: 0.2142 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8247 / SU B: 9.632 / SU ML: 0.128 / SU R Cruickshank DPI: 0.1908 / SU R_free: 0.1776 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.178 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2453	1278	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1859	-	-	-
obs	0.189	25073	98.64 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 95.33 Å² / B_iso mean: 39.447 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.03 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.4 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2664	0	140	173	2977

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	2901
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1942
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.982	2.02	3961
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.297	3	4743
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.519	5	336
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.837	24.261	115
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.369	15	467
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.048	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.203	0.2	486
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	3012
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	554
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.063	2	1701
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.205	2	660
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.901	3	2784
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	8.315	2	1200
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	10.849	3	1176

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.33	76	-
R_work	0.228	1727	-
all	-	1803	-
obs	-	-	97.35 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 0.0935 Å / Origin y: 34.9376 Å / Origin z: 11.1624 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0723 Å²	-0.0205 Å²	0.0109 Å²	-	0.0201 Å²	0.0188 Å²	-	-	0.0681 Å²
L	3.0578 °²	-0.8277 °²	-0.1633 °²	-	0.7111 °²	-0.2126 °²	-	-	0.9009 °²
S	0.0444 Å °	0.0406 Å °	0.0018 Å °	-0.0362 Å °	-0.009 Å °	-0.088 Å °	0.0999 Å °	-0.0181 Å °	-0.0354 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	12 - 179
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	12 - 178

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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