[日本語] English
万見
- PDB-3qw9: Crystal structure of betaglycan ZP-C domain -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qw9
タイトルCrystal structure of betaglycan ZP-C domain
要素Transforming growth factor beta receptor type 3
キーワードCYTOKINE RECEPTOR / immunoglobulin domain / Zona Pellucida / TGF-beta ligand co-receptor / protein polymerization
機能・相同性
機能・相同性情報


TGFBR3 PTM regulation / TGFBR3 regulates FGF2 signaling / negative regulation of apoptotic process involved in morphogenesis / TGFBR3 regulates activin signaling / response to luteinizing hormone / FGFR1b ligand binding and activation / FGFR1c ligand binding and activation / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / transforming growth factor beta receptor complex assembly / epicardium-derived cardiac fibroblast cell development ...TGFBR3 PTM regulation / TGFBR3 regulates FGF2 signaling / negative regulation of apoptotic process involved in morphogenesis / TGFBR3 regulates activin signaling / response to luteinizing hormone / FGFR1b ligand binding and activation / FGFR1c ligand binding and activation / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / transforming growth factor beta receptor complex assembly / epicardium-derived cardiac fibroblast cell development / Signaling by BMP / inhibin-betaglycan-ActRII complex / muscular septum morphogenesis / definitive erythrocyte differentiation / response to follicle-stimulating hormone / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / BMP binding / vasculogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / apoptotic process involved in morphogenesis / Signaling by Activin / transforming growth factor beta receptor activity / ventricular compact myocardium morphogenesis / regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / secondary palate development / negative regulation of epithelial cell migration / cardiac epithelial to mesenchymal transition / collagen metabolic process / transforming growth factor beta receptor binding / type II transforming growth factor beta receptor binding / transforming growth factor beta receptor activity, type III / activin binding / heart trabecula morphogenesis / glycosaminoglycan binding / positive regulation of BMP signaling pathway / heart trabecula formation / definitive hemopoiesis / transforming growth factor beta binding / negative regulation of extracellular matrix assembly / cardiac muscle cell proliferation / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / ventricular septum morphogenesis / negative regulation of SMAD protein signal transduction / blood vessel development / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / SMAD binding / fibroblast growth factor binding / roof of mouth development / outflow tract morphogenesis / positive regulation of SMAD protein signal transduction / blood vessel remodeling / blastocyst development / epithelial to mesenchymal transition / BMP signaling pathway / animal organ regeneration / vasculogenesis / coreceptor activity / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / response to prostaglandin E / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / negative regulation of cell migration / liver development / PDZ domain binding / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / negative regulation of epithelial cell proliferation / osteoblast differentiation / transmembrane signaling receptor activity / cell migration / heparin binding / protein-containing complex assembly / : / in utero embryonic development / response to hypoxia / cell population proliferation / receptor complex / intracellular signal transduction / immune response / external side of plasma membrane / negative regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / cell surface / endoplasmic reticulum / signal transduction / extracellular space / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Zona pellucida, ZP-C domain / : / : / : / ZP-N domain / Zona pellucida domain, conserved site / ZP domain signature. / Zona pellucida, ZP-C domain / ZP-C domain / Zona pellucida (ZP) domain ...Zona pellucida, ZP-C domain / : / : / : / ZP-N domain / Zona pellucida domain, conserved site / ZP domain signature. / Zona pellucida, ZP-C domain / ZP-C domain / Zona pellucida (ZP) domain / ZP domain profile. / Zona pellucida domain / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transforming growth factor beta receptor type 3
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Lin, S.J. / Jardetzky, T.S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Structure of betaglycan zona pellucida (ZP)-C domain provides insights into ZP-mediated protein polymerization and TGF-{beta} binding.
著者: Lin, S.J. / Hu, Y. / Zhu, J. / Woodruff, T.K. / Jardetzky, T.S.
履歴
登録2011年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_comp_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.02024年12月25日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Transforming growth factor beta receptor type 3
B: Transforming growth factor beta receptor type 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2384
ポリマ－40,1562
非ポリマー2,0822
水3,117173
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1940 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area17200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.527, 63.574, 107.217
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Transforming growth factor beta receptor type 3 / TGF-beta receptor type 3 / TGFR-3 / Betaglycan / Transforming growth factor beta receptor III / TGF- ...TGF-beta receptor type 3 / TGFR-3 / Betaglycan / Transforming growth factor beta receptor III / TGF-beta receptor type III


分子量: 20078.031 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 591-763 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Tgfbr3 / プラスミド: pBACgus-3 / 細胞株 (発現宿主): High5 / 発現宿主: Trichoplusia Ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P26342
#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)][alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 878.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-3][LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a1122h-1b_1-5]/1-2-1-3-2/a3-b1_a4-c1_a6-e1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)][alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1203.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-3][LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-2-1-3-4-4-2/a3-b1_a4-c1_a6-g1_c4-d1_d3-e1_d6-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{}[(6+1)][b-D-Manp]{}}}[(6+1)][b-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.85 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 16-18% PEG 6000, 0.1 M Citrate, 0.9-1.0M LiCl2, pH 5.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
41001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 8.3.111.11587
シンクロトロンSSRL BL11-121.06698
シンクロトロンSSRL BL9-231.13993
シンクロトロンSSRL BL11-140.91889
検出器
タイプID検出器日付
ADSC Q315r1CCD2009年8月26日
MARCCD 3252CCD2009年4月9日
MARCCD 3253CCD2009年4月15日
MARCCD 3254CCD2009年4月9日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
3SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
4SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.115871
21.066981
31.139931
40.918891
Reflection冗長度: 6.5 % / Av σ(I) over netI: 31.98 / 数: 207054 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Χ2: 2.67 / D res high: 1.84 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 31736 / % possible obs: 98.4
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.995099.910.0952.68317
3.964.9999.810.1232.82217.9
3.463.9699.510.2132.8718
3.153.4699.710.2682.67410.7
2.923.1598.910.0854.5944
2.752.9299.210.0993.9724
2.612.759910.1183.484.1
2.52.6198.710.1363.1124
2.42.598.510.1642.7224
2.322.499.410.1932.4474
2.252.329810.222.4694
2.182.2597.410.2362.3014
2.122.1898.610.2732.2184
2.072.129810.3151.9824
2.032.0797.110.3772.0044
1.982.0398.910.4321.8814
1.941.989610.5321.7044
1.911.9498.810.7362.1014
1.871.9196.110.9561.6424
1.841.8795.711.6113.8
反射解像度: 1.84→50 Å / Num. obs: 31736 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Χ2: 2.669 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.84-1.873.80.38414861.61195.7
1.87-1.9140.95615401.64296.1
1.91-1.9440.73615442.10198.8
1.94-1.9840.53215421.70496
1.98-2.0340.43215811.88198.9
2.03-2.0740.37715462.00497.1
2.07-2.1240.31515461.98298
2.12-2.1840.27316042.21898.6
2.18-2.2540.23615262.30197.4
2.25-2.3240.2215512.46998
2.32-2.440.19315962.44799.4
2.4-2.540.16415872.72298.5
2.5-2.6140.13615723.11298.7
2.61-2.754.10.11816063.4899
2.75-2.9240.09915943.97299.2
2.92-3.1540.08516194.59498.9
3.15-3.4610.70.26816202.67499.7
3.46-3.96180.21316342.8799.5
3.96-4.9917.90.12316702.82299.8
4.99-50170.09517722.68399.9

-
位相決定

位相決定手法: 多重同系置換・異常分散
Phasing set
ID
1
2
3
4
Phasing MIR解像度: 1.73→47.71 Å / FOM acentric: 0.171 / FOM centric: 0.245 / Reflection acentric: 31955 / Reflection centric: 3670
Phasing MIR der

Native set-ID: 1 / 解像度: 1.73→47.71 Å

IDDer set-IDPower acentricPower centricReflection acentricReflection centric
ISO_1100319343644
ISO_220.70.642126521060
ISO_330.7430.6755749636
ISO_440.3650.3749523889
Phasing MIR der shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Der-IDPower acentricPower centricReflection acentricReflection centric
7.6647.71ISO_100319183
5.457.66ISO_100641200
4.465.45ISO_100855198
3.874.46ISO_1001034203
3.463.87ISO_1001181206
3.163.46ISO_1001308199
2.933.16ISO_1001455210
2.742.93ISO_1001540197
2.582.74ISO_1001651198
2.452.58ISO_1001762198
2.342.45ISO_1001835192
2.242.34ISO_1001925193
2.152.24ISO_1002023193
2.072.15ISO_1002077185
22.07ISO_1002188192
1.942ISO_1002232176
1.881.94ISO_1002259173
1.831.88ISO_1002202143
1.781.83ISO_1001961113
1.731.78ISO_100148692
7.6647.71ISO_21.0560.99731992
5.457.66ISO_21.1060.821641103
4.465.45ISO_20.7530.604855103
3.874.46ISO_20.580.4721034101
3.463.87ISO_20.5480.4921181104
3.163.46ISO_20.5550.451307104
2.933.16ISO_20.5980.4791455106
2.742.93ISO_20.6410.4791540100
2.582.74ISO_20.6460.514165199
2.452.58ISO_20.6520.4651759101
2.342.45ISO_20.6510.48591047
2.242.34ISO_20000
2.152.24ISO_20000
2.072.15ISO_20000
22.07ISO_20000
1.942ISO_20000
1.881.94ISO_20000
1.831.88ISO_20000
1.781.83ISO_20000
1.731.78ISO_20000
7.6647.71ISO_30.9520.9131994
5.457.66ISO_30.980.828641103
4.465.45ISO_30.7560.7855103
3.874.46ISO_30.640.5541034100
3.463.87ISO_30.6430.4291181102
3.163.46ISO_30.6270.4821308103
2.933.16ISO_30.6240.45241131
2.742.93ISO_30000
2.582.74ISO_30000
2.452.58ISO_30000
2.342.45ISO_30000
2.242.34ISO_30000
2.152.24ISO_30000
2.072.15ISO_30000
22.07ISO_30000
1.942ISO_30000
1.881.94ISO_30000
1.831.88ISO_30000
1.781.83ISO_30000
1.731.78ISO_30000
7.6647.71ISO_40.5520.6431993
5.457.66ISO_40.5930.481641103
4.465.45ISO_40.4350.373855103
3.874.46ISO_40.3210.2631034101
3.463.87ISO_40.2710.191181104
3.163.46ISO_40.2340.1751307104
2.933.16ISO_40.2140.1511453106
2.742.93ISO_40.1970.1681536100
2.582.74ISO_40.1870.135119775
2.452.58ISO_40000
2.342.45ISO_40000
2.242.34ISO_40000
2.152.24ISO_40000
2.072.15ISO_40000
22.07ISO_40000
1.942ISO_40000
1.881.94ISO_40000
1.831.88ISO_40000
1.781.83ISO_40000
1.731.78ISO_40000
Phasing MIR shell
解像度 (Å)FOM acentricFOM centricReflection acentricReflection centric
7.66-47.710.9090.773320193
5.45-7.660.8480.697641200
4.46-5.450.7740.616855198
3.87-4.460.6870.5221034203
3.46-3.870.6030.4651181206
3.16-3.460.530.4451308199
2.93-3.160.3910.2861455210
2.74-2.930.3090.2681541199
2.58-2.740.2270.2211655203
2.45-2.580.1740.1471773202
2.34-2.450.0710.0541839197
2.24-2.34001925193
2.15-2.24002023193
2.07-2.15002077185
2-2.07002188192
1.94-2002232176
1.88-1.94002259173
1.83-1.88002202143
1.78-1.83001961113
1.73-1.7800148692

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / WRfactor Rfree: 0.2833 / WRfactor Rwork: 0.2142 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8247 / SU B: 9.632 / SU ML: 0.128 / SU R Cruickshank DPI: 0.1908 / SU Rfree: 0.1776 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.178 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2453 1278 5.1 %RANDOM
Rwork0.1859 ---
obs0.189 25073 98.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 95.33 Å2 / Biso mean: 39.447 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.03 Å20 Å20 Å2
2--0.4 Å2-0 Å2
3---0.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2664 0 140 173 2977
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0222901
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021942
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9822.023961
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.29734743
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5195336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.83724.261115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.36915467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0481510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2030.2486
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0213012
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02554
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.06321701
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2052660
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.90132784
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.31521200
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it10.84931176
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 76 -
Rwork0.228 1727 -
all-1803 -
obs--97.35 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 0.0935 Å / Origin y: 34.9376 Å / Origin z: 11.1624 Å
111213212223313233
T0.0723 Å2-0.0205 Å20.0109 Å2-0.0201 Å20.0188 Å2--0.0681 Å2
L3.0578 °2-0.8277 °2-0.1633 °2-0.7111 °2-0.2126 °2--0.9009 °2
S0.0444 Å °0.0406 Å °0.0018 Å °-0.0362 Å °-0.009 Å °-0.088 Å °0.0999 Å °-0.0181 Å °-0.0354 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A12 - 179
2X-RAY DIFFRACTION1B12 - 178

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る