PDB-3qvv: Crystal structure of Ancestral variant b9 of SULT 1A1 in complex ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qvv

タイトル

Crystal structure of Ancestral variant b9 of SULT 1A1 in complex with PAP and 3-CyC

要素

Sulfotransferase 1A1

キーワード

TRANSFERASE / aryl sulfotransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

flavonol 3-sulfotransferase activity / aryl sulfotransferase / steroid sulfotransferase activity / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate binding / aryl sulfotransferase activity / Cytosolic sulfonation of small molecules / flavonoid metabolic process / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate metabolic process / sulfation / sulfotransferase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Alkolombri, U. / Elias, M. / Tawfik, D.S.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Directed evolution of sulfotransferases and paraoxonases by ancestral libraries.
著者: Alcolombri, U. / Elias, M. / Tawfik, D.S.

履歴

登録	2011年2月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年8月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qvv.cif.gz	250.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qvv.ent.gz	203.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qvv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qv/3qvv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qv/3qvv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3qvuC 1ls6S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3u3k-2 3u3j-1 3u3o-d 3ckl-1 1gj4-d 1ls6-d 5x2b-10 2a3r-1 1way-d 4jvm-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Sulfotransferase 1A1

B: Sulfotransferase 1A1

ヘテロ分子

69.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sulfotransferase 1A1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Sulfotransferase 1A1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.790, 71.910, 122.590
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Sulfotransferase 1A1 / ST1A1 / Aryl sulfotransferase 1 / HAST1/HAST2 / Phenol sulfotransferase 1 / Phenol-sulfating phenol ...ST1A1 / Aryl sulfotransferase 1 / HAST1/HAST2 / Phenol sulfotransferase 1 / Phenol-sulfating phenol sulfotransferase 1 / P-PST 1 / ST1A3 / Thermostable phenol sulfotransferase / Ts-PST 分子量: 34216.281 Da / 分子数: 2 / 断片: SULT1A1 / 変異: P10Q, M77N, E151D, S168C, V243I, F247I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SULT1A1, STP, STP1, OK/SW-cl.88 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P50225, aryl sulfotransferase
#2: 化合物	ChemComp-A3P / ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / アデノシン3′,5′-ビスりん酸タイプ: RNA linking / 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂
#3: 化合物	ChemComp-3QV / 7-hydroxy-2-oxo-2H-chromene-3-carbonitrile / 2-オキソ-7-ヒドロキシ-2H-1-ベンゾピラン-3-カルボニトリル分子量: 187.152 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₅NO₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.5 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: The protein was concentrated to 33mg.mL-1. Condition: 18-22% (w/v) PEG 3350 and 50mM Tris-HCL buffer pH 8. Crystals appeared after two days at 293 K. , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年2月13日 / 詳細: Osmic confocal mirrors
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→50.73 Å / Num. obs: 26722 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.61 % / R_sym value: 0.121 / Net I/σ(I): 8.83

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
StructureStudio		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1LS6

1ls6

解像度: 2.35→46.93 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 23.103 / SU ML: 0.246 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.488 / ESU R Free: 0.288 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27611	1337	5 %	RANDOM
R_work	0.2297	-	-	-
obs	0.23203	25385	100 %	-
all	-	15673	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.574 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.29 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	6.76 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→46.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4700	0	82	36	4818

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.022	4932
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.947	1.979	6704
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.991	5	574
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.637	23.874	222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.702	15	832
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.94	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.055	0.2	700
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	3758
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	998
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.001	1.5	2892
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.038	1.5	1140
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.726	2	4706
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.822	3	2040
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.19	4.5	1998
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.331	100	-
R_work	0.316	1889	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.2978	-0.1868	1.8316	0.924	-0.189	5.0212	-0.0745	-0.3112	-0.4197	0.0821	0.0261	0.1851	0.1216	-0.2308	0.0484	0.1231	-0.0042	0.021	0.0193	0.0078	0.1682	1.1351	18.2382	13.5583
2	6.3522	-0.3076	1.0979	1.019	-0.1888	4.8591	-0.092	-0.1324	-0.4453	0.0738	0.0215	0.2056	0.1408	-0.1832	0.0705	0.1173	-0.0155	0.0191	0.0102	0.0024	0.1508	31.754	53.9708	13.6811

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	8 - 295
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	8 - 295

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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