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Yorodumi- PDB-3qvo: Structure of a Rossmann-fold NAD(P)-binding family protein from S... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3qvo | ||||||
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Title | Structure of a Rossmann-fold NAD(P)-binding family protein from Shigella flexneri. | ||||||
Components | NmrA family protein | ||||||
Keywords | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
Function / homology | NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / 5-MERCAPTO-2-NITRO-BENZOIC ACID / : Function and homology information | ||||||
Biological species | Shigella flexneri 2a (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Cuff, M.E. / Xu, X. / Cui, H. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: TO BE PUBLISHED Title: Structure of a Rossmann-fold NAD(P)-binding family protein from Shigella flexneri. Authors: Cuff, M.E. / Xu, X. / Cui, H. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3qvo.cif.gz | 94.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3qvo.ent.gz | 73.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3qvo.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3qvo_validation.pdf.gz | 447 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3qvo_full_validation.pdf.gz | 448.8 KB | Display | |
Data in XML | 3qvo_validation.xml.gz | 10.5 KB | Display | |
Data in CIF | 3qvo_validation.cif.gz | 13.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qv/3qvo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qv/3qvo | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | THE AUTHOR STATES THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN. |
-Components
#1: Protein | Mass: 26416.154 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Shigella flexneri 2a (bacteria) / Strain: 2457T / Gene: S1416, SF2457T_2192 / Plasmid: p11 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 (DE3) / References: UniProt: E3Y2F5 |
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#2: Chemical | ChemComp-MNB / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.34 Å3/Da / Density % sol: 63.14 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.9 Details: 1M potassium/sodium phosphate pH 6.9, 1.25mM DNTB, 15% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97953, 0.97940 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 6, 2009 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Redundancy: 15.2 % / Av σ(I) over netI: 34.06 / Number: 236700 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Χ2: 1.32 / D res high: 2.35 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 15548 / % possible obs: 99.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 2.3→50 Å / Num. all: 16455 / Num. obs: 16455 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 11.6 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 8.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: MAD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD | D res high: 2.35 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.295 / FOM acentric: 0.329 / FOM centric: 0.131 / Reflection: 15423 / Reflection acentric: 12800 / Reflection centric: 2623 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set | Highest resolution: 2.35 Å / Lowest resolution: 50 Å
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Phasing MAD set shell |
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Phasing MAD set site | Atom type symbol: Se
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Phasing MAD shell |
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Phasing dm | Method: Solvent flattening and Histogram matching / Reflection: 15423 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 2.3→36.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 11.962 / SU ML: 0.135 / SU R Cruickshank DPI: 0.208 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.211 / ESU R Free: 0.189 Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 56.042 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→36.76 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.302→2.361 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 17.9993 Å / Origin y: 9.2326 Å / Origin z: 10.4409 Å
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